Biyolojik Bilgisayar (Biocomputers) Nedir?

Hücrelerinizin ya da iç organlarınızın metabolizmasını kontrol edebildiğinizi hayal edin. Bahar alerjisi veya gıda intoleransı gibi kontrol dışı gelişen rahatsızlıkları ve hatta diyabet gibi kronik hastalıkları bile mevcut ilaç ve tedavi yöntemlerinden daha hızlı ve etkili olarak hayatımızdan çıkarabilmek yaşam kalitemizi oldukça iyileştirirdi, öyle değil mi?

Kulağa imkânsız gelse bile “Biyobilgisayarlar” ile bütün bunları ve daha fazlasını yapabilmek gelecekte mümkün olabilir. Günümüz bilgisayarlarından daha farklı temeller üzerine oluşturulmuş biyobilgisayarlar gelecekteki tedavi ve terapi yöntemlerine kullanışlı bir alternatif sunuyor.

Son zamanlarda bilim kurgu yapımlarında da sıkça yer verilen bu terim, ilk olarak 90’lı yılların başında bilim insanları tarafından bir fikir olarak ortaya atılmıştır. Bu fikri öne süren bilim insanları, temel hücre hareketlerini kullanarak basit mantıksal işlemlerin yaptırılabileceğini öngörmüşlerdir. 1998 yılında ise bu hipotez kısmen başarılı olmuştur. O günden itibaren biyolojik bilgisayar denilen şey; “RNA, DNA ve protein dizilerinden oluşan, bazı hastalıkların gelişimlerini izlemek için insan vücuduna enjekte edilen, basit matematiksel işlemleri yapabilen bilgisayar” olarak adlandırılmıştır. Çeşitli organizmaların DNA’larının tamamını veri olarak kullanmayı deneyen bilim insanları mantık işlemlerini biyolojik ortamda yaptırmayı başarmıştır; fakat bu mantık işlemleri yalnızca basit toplama çıkarma gibi işlemlerle sınırlı kalmıştır.

Birkaç yıl boyunca araştırmacılar, biyolojik temelli malzemelere standart bilgisayarların yapabildiği mantık işlemlerini deyim yerindeyse “öğretmeye” çalışmışlardır. Normal bilgisayarlarda elektrik akımını ve verileri iletebilme özelliğine sahip transistorların çalışma prensibine benzer şekilde, bir protein olan enzimlerin aktivasyon enerjilerini manipüle etmeyi başarmışlardır. Bu transistor enzimler, ufak bir enerji değişimiyle dahi DNA dizisindeki iki geni uyarıp uyum içerisinde çalışmalarını sağlayabilmiştir. Embriyonik dönemde genetik hastalıkların teşhis ve tedavi imkanı bulabileceğini düşünebiliyor musunuz?

Fakat bir bilgisayar oluşturmak için daha fazlası gerekmiştir. İşlenen verileri depolamak için gereken depolama birimlerine ihtiyaç duyulduğunu fark eden bilim insanları, bunun için farklı önerilerde bulundular. DNA veya RNA dizileri alternatifleri, Harvard’lı bilim insanları tarafından laboratuvar ortamında test edilmiştir. DNA dizileri biyokimyasal olarak RNA dizilerinden daha dayanıklı ve kararlı yapıda olduğu için depolama birimi olarak uygun bir adaydır. Böylelikle bir biyobilgisayar oluşturmak için gerekli elementlerin neredeyse tamamı bulunmuş ve test edilmiştir.

2016 yılında ise İngiltere, Almanya ve İsveç’ten uluslararası bir ekip, standart elektronik süper bilgisayarlardan çok daha az enerji kullanarak karmaşık matematik problemlerini çözebilen bir model biyolojik süperbilgisayar geliştirdiklerini duyurmuştur. Fakat ekipteki bilim insanları, modelin halen pratik olarak eksiklerinin bulunduğunu ve aktif kullanım için en az beş ila on yıl daha geliştirilmeye ihtiyaç duyulduğunu eklemişlerdir.

Eğer biyomühendisler, bilgisayar, yazılım mühendisleri ve biyoinformatikçiler bu projede başarılı olursa bilim tarihinin en ilginç temel taşlarından olacağını iddia eden araştırmacılar da mevcuttur. Öyle ki kanser gibi son yüzyılın en kritik hastalıklarını dahi erken teşhis edebilmek ve tedavi edebilmenin mümkün olabileceği söyleniyor.

Kaynak: https://www.bilimup.com/biyolojik-bilgisayar-biocomputers-nedir

Genetik Hastalıklarda Molekül İçi Epistatik Etkileşimler

SOYUT

Hastalıkla ilişkili genlerdeki amino asit değişimlerinin yapısal ve işlevsel etkisini etkileyen temel faktörlerden biri, arka plandaki genetik varyasyondur. Aynı gendeki birlikte evrimleşen pozisyonlar arasındaki epistatik etkileşimler, her bir bölgenin etkileşimde bulunduğu ortaklarla karşılıklı bağımlılığına yol açar. Bu etkileşimlerin rolünü destekleyen kanıtlar, insan dışı türlerin genomunda insan hastalıklarıyla ilişkili alellerin ortaya çıkmasıyla örneklendirilmiştir. Bu olguya çeşitli açıklamalar katkıda bulunabilse de, bir olasılık, patojenik etkiyi tamamen veya kısmen geri kazandırabilen ve protein yapısının ve düzgün işlevinin korunmasına katkıda bulunan telafi edici etkileşimli bölgelerin ortaya çıkmasıdır. Bu etkileşimler, burada belirli proteinler için literatür verilerinin analizi yoluyla yeniden ele alınan genetik bağlamlar yaratır; özellikle de doğuştan metabolizma hatalarında rol oynayan proteinlere odaklanır.

Daha fazlasını oku

PKOS’ta ekstraselüler sıvı miRNA’ları

Soyut

Polikistik over sendromu (PKOS), hem üreme hem de metabolik işlevleri etkileyen yaygın bir endokrin rahatsızlıktır. Kapsamlı araştırmalara rağmen, PKOS’un kesin nedenleri hala belirsizliğini korumaktadır. Son çalışmalar, gen ekspresyonunu düzenleyen küçük, kodlamayan RNA’lar olan mikroRNA’ların (miRNA’lar) PKOS’u anlamak için kritik öneme sahip olabileceğini göstermektedir.

Daha fazlasını oku

Mitokondriyal hastalık riskini azaltan öncü teknolojiyle doğan bebeklerde ilk sonuçlar

Birleşik Krallık, 2015 yılında mitokondri bağışı teknolojisi olan pronükleer transferin kullanımına izin veren yasayı çıkaran ilk ülke oldu. Bu teknik, in vitro fertilizasyon (tüp bebek) yoluyla, yüksek risk altında olan ve tedavisi olmayan kadınlardan doğan bebeklerde mitokondriyal DNA hastalıklarının bulaşmasını sınırlamak için tasarlanmıştır. New England Journal of Medicine’de (NEJM) yayınlanan iki çalışma, bugüne kadar uygulanan ilk tedavilerin sonuçlarını açıklamaktadır. Bu tedaviler sonucunda mitokondri bağışı yoluyla sekiz bebek dünyaya gelmiş ve hastalık riski azalmıştır.

Daha fazlasını oku

Gen Haritalama ve DNA Dizileme Nedir? Sonuçların Analizi ve Genetik Varyant Türleri

Gen Haritalama ve DNA Dizileme Kavramları

Gen haritalama ve DNA dizileme/sekanslama farklı kavramlardır. Şöyle özetleyebiliriz:

  • Gen Haritalama: Genlerin bir kromozom üzerindeki yerlerini ve birbirlerine olan uzaklıklarını belirler. Daha genel bir harita sunar ve hastalıklarla ilişkilendirilen gen bölgelerinin bulunmasına yardımcı olur.
  • DNA Dizileme/Sekanslama: Genetik materyaldeki baz çiftlerinin (A, T, C, G) tam sırasını belirler. Gen haritalamadan daha ayrıntılıdır ve genlerin yapısını, mutasyonları ve varyasyonları tespit etmeyi sağlar.

Örnekle açıklarsak: Gen haritalama, bir kitabın içindeki bölümlerin hangi sırayla olduğunu anlamaktır; DNA dizileme/sekanslama ise, o kitabın tüm kelimelerini ve cümlelerini okumaktır.

Daha fazlasını oku

Bakterileri ‘Otostop Yapıp’ Gezerken İzleyin

Bu patojenik bakteri, yayılmasına yardımcı olan maya kümelerine tutunabiliyor.

Mikroorganizmaların ufak dünyası, büyük bir ölüm kalım savaşında rekabet eden mikroplarla dolu. Bu küçük yaşam formları bölge için rekabet ediyor, birtakım kirleticilerle besleniyor, düşmanlarına kimyasal kusuyor ve bulundukları alandan faydalanarak üstünlük kazanıyorlar.

Daha fazlasını oku

Şempanze grupları farklı ritimlere sahip davul

Özet:
Bilişsel bilim insanları ve evrimsel biyologlardan oluşan bir ekip tarafından yapılan yeni araştırma, şempanzelerin davul vuruşları arasında düzenli boşluk kullanarak ritmik olarak davul çaldığını ortaya koyuyor. Sonuçları, doğu ve batı şempanzelerinin – iki farklı alt tür – ayırt edilebilir ritimlere sahip davul olduğunu gösteriyor. Araştırmacılar, bu bulguların insan müzikalitesinin yapı taşlarının şempanzelerin ve insanların ortak bir atasında ortaya çıktığını öne sürdüğünü söylüyor.

Daha fazlasını oku

Kediler ve Köpekler Nasıl Birbirlerine Benzeyecek Şekilde Evrimleşiyor?

Ve yeni araştırmaya göre bu neden insanlığın suçu?

Yeni araştırmanın gösterdiğine göre evcilleştirme, kediler ve köpekleri daha çeşitli ama aynı zamanda ilginç bir şekilde benzer hale de getirdi; sağlık ve iyilikleri için ciddi sonuçlarla birlikte tabii ki.

Daha fazlasını oku

Genetik test nedir?

Genetik test, bir kişiyi genetik bir rahatsızlığa yakalanma açısından daha yüksek risk altına sokabilecek DNA’daki değişiklikleri ve varyasyonları araştırır.

  • Genetik testler, örneğin genetik bir rahatsızlığı doğrulamak veya dışlamak için bir kişinin DNA’sındaki farklılıkları arar.
  • Klinik testler genellikle kişiyi teste hazırlamak ve sonuçları açıklamak için bir doktor veya genetik danışman eşliğinde yapılır.
Daha fazlasını oku

Evrim: DNA ve Yaşamın Birliği

Evrim: DNA ve Yaşamın Birliği,  DNA ve kalıtımla kavramsal bir bağlantıyı koruyarak evrimde genetiğin temel rolünü keskin bir şekilde aydınlatan sekiz haftalık, kapsamlı bir müfredat birimidir. Kağıt tabanlı ve etkileşimli multimedya dersleri aracılığıyla, birim öğrencileri sorgulamaya, modeller kullanmaya, kalıpları belirlemeye, yayınlanmış bilimsel çalışmalardan beceri düzeyine uygun verileri analiz etmeye ve kanıta dayalı argümanlar oluşturmaya dahil ederek Yeni Nesil Bilim Standartları (NGSS) ile uyumludur.

Daha fazlasını oku