ABD Tarım Bakanlığı Antioksidan Zengini Mor Domatesi Onayladı. için yorumlar kapalıgdo
ABD’de 10 yıldan uzun süren besin açısından daha zengin mor domates üretme aşamasının sonuna gelindi. ABD Tarım Bakanlığı (USDA) genetiği değiştirilerek daha fazla antioksidan üreten mor domatesleri onayladı. Bu domatesler önceki çeşitlerine göre 10 kat daha fazla antioksidan madde üretiyor. 2008lerde Nature Biotechnology dergisinde yayınlanan bir makalede, özellikle bir domates türünün gen düzenlemesiyle daha fazla antioksidan üretebileceği raporlanmıştı.
Antosiyaninler yaban mersini ve kırmızı lahana gibi birçok meyvede doğal olarak mevcut. Mor pigment içeren besinlerin kalp hastalığı ve diyabet riskini azalttığı söyleniyor. Bazı domates türleri doğal olarak mor olduğundan, düşük seviyede antosiyanin içeriyor ve bazı besin bilimciler bu seviyelerin birkaç genetik ayarlamayla arttırılabileceğini düşünüyor. Aslan ağzı bitkisinden alınan iki gen mor domatese eklendi. Bu gen bitkinin antosiyanin üretme kabiliyetini arttırdı ve domatese zengin bir mor renk verdi. 2008’de yayınlanan bir raporda antosiyaninli domatesle beslenen kanserli farelerin, normal diyetle beslenen farelere göre % 30 uzun yaşadığı bulundu.
Bitki biyoloğu Cathie Martin 2008’de “Bu , kronik hastalıkların etkisini azaltarak beslenme yoluyla sağlığı geliştirme potansiyeli sunan metabolik mühendisliğin ilk örneklerinden biri. Ayrıca GDO’nun (genetiği değiştirilmiş organizma)olarak ilk örneği. Tüm tüketiciler için gerçekten potansiyel bir fayda sağlayacak bir özelliğe sahip,” demişti. Son birkaç yılda, geliştirilmiş domates için bir dizi kullanım türleri araştırıldı. Bilim insanları başlangıç olarak kanser veya kalp hastalaraı için klinik bağlamlarda test edilebilecek antosiyanin açısından zengin bir domates suyu üretmeye odaklandı.
Sonrasında yıllar süren düzenleyeci proseslerden sonra USDA’nın onayıyla GDOlu mor domateslerin raflarda yer almasına az kaldı. Bu onay sayesinde artık mor domatesler ABD’nin herhangi bir yerinde bile yetiştirilebilecek. GDO’lu mor domatesler ilk olarak İngiltere’de keşfedildikten sonra artık belki de raflarda satılabilecek.
Dünya’da ilk kez bir kişi CRISPR 2.0 genetik baz düzenleme tedavisiyle kurtuldu. İngiltere’de yapılan tedavi sayesinde lösemiden kurtulan kız çocuğu testler sonucu artık temiz çıkıyor. Tedavi edilemeyen T hücreli akut lenfoblastik lösemi, donörden alınan baz düzenlemeli (CAR) T immün hücreleri yardımıyla temizlendi. College London Üniversitesi’nden projede yer alan Waseem Qasim, “Bu, uzman ekipler ve altyapı ile laboratuvardaki en son teknolojileri kullanımının, hastalar için gerçek sonuçlarla nasıl ilişkilendirebileceğimizin harika bir gösterimidir.
Bugüne kadar en gelişmiş hücre mühendisliğimiz ve diğer yeni tedavilerin sonucunda hasta çocukların bir geleceği olabiliyor,” diyor. Bu yeni teknoloji sadece 5 yaşında ve CRISPR 2.0 olarak tanımlanıyor. Daha önceki CRISPR kes-yapıştır gen tekniklerine göre, bu yeni teknik çok hassas ve hedef odaklıdır. İnsan genomu A,C,T ve G harflerinden oluşan 3 milyar baz çiftini içerir. Baz düzenleme ile DNA’ya hasar vermeden tek bir harfte değişiklik yapılabilir. Daha önceki CRISPR tedavileri silgi, kalem gibiydi ve baz dizilerindeki harfleri tek tek silerek, hücresel mekanizmaları değiştirmeye yarıyordu. “Baz editörleri sayesinde DNA’da hassas nükleotit değişimleri yapılabilse de, hücresel makine bu değişiklikleri onarmaya zorlandığından bazen hatalar olabiliyordu. İşte baz editörü özelliğinde yapılan iyileştirmeler istenilen değişimlerin tam olarak doğru olarak yapılabilmesini sağlayacaktır.
DNA’da iz kalmayacağından, yan etkilerin oluşturabileceği potansiyel etkileri azaltacaktır,” diyor Hertfordshire Üniversitesi’nden genetikçi Alena Pance. CRISPR 2.0 ile Tedavi İyi Sonuçlar Verdi Bu örnek çalışmada ise T hücresi akut lenfoblastik lösemi hastası 13 yaşındaki kızın tedavisinde baz düzenleme kullanıldı. Tedavisi edilemeyen bu kanser türünde, hastanın T hücreleri yeterli oluşamadığından diğer kan hücrelerini bozmaktaydı. Bilim insanları son birkaç yıl için kanser tedavilerinde çığır açıcı buluşlara imza attı. Hastanın T hücrelerini genetiğini düzenleyerek kanser hücrelerini seçici bir şekilde programlamak çok da yeni bir teknik değil. Buna rağmen, akut lenfoblastik lösemili T hücrelerinde genetik düzenleme yapmak büyük sorun. Çünkü, normalde T hücrelerinin genetiğini düzenlediğimizde, diğer modifiye T hücrelere saldırarak birbirilerini yok ediyorlardı. İşte bunları engellemek ve yeni bir tedavi geliştirmek için, hücrelerde aşağıdaki işlemler geliştirildi. Bir donörden alınan T-hücrelerinin saklanabilmesi ve eşleşmeden kullanılabilmesi için mevcut reseptörlerin çıkarılması – onları “evrensel” hale getirir.
Hücreleri T-hücreleri (CD7 T-hücresi işaretleyici) olarak tanımlayan CD7 adlı bir ‘işareti’ kaldırmak. Bu adım olmadan, T hücrelerini öldürmeye programlanmış T hücreleri, ürünü ‘dost ateşi’ yoluyla yok edecekti. CD52 adlı ikinci bir ‘marker’ kaldırılıyor. Bu da düzenlenen hücrelerin tedavi sürecinde hastaya verilen bazı güçlü ilaçlara karşı görünmez olmasını sağlar. Lösemik T-hücreleri üzerindeki CD7 T-hücresi reseptörünü tanıyan bir Kimerik Antijen Reseptörünün (CAR) eklenmesi. Hücreler CD7’ye karşı silahlanır ve T hücreli lösemiyi tanır ve savaşır. Yeni baz düzenleme teknolojisinde ise araştırmacılar, sağlıklı bir donörden elde edilen T hücrelerine eşsiz modifikasyonlar yaptı.
Baz düzenlemeleriyle birkaç anahtar marker değişerek, immün hücrelerini T hücreleri olarak tanımlayabildiler. Yani düzenlenmiş hücreler, diğer T hücreleri için görünmez hale geldi. Diğer baz, donörden alınan markerı kaldırılmış T hücrelerini düzenleyerek; hücreleri evrensel bir tedaviye dönüştürüyor. Böylece tedavi birçok hasta için kullanıma hazır bir ilaç haline geliyor. Böylece T hücresi tedavilerini pahalı ve yavaş doğası tersine çevrilebiliyor. University College London’da gen terapisi profesörü olan Simon Waddington, önceki gen terapilerinde bazı etkileyici başarılara imza atıldığını fakat tedavileri oluşturmanın zahmetli ve uzun sürecinin geniş çaplı uygulanabilirli sınırladığını söyledi.
Bir hastadan immün hücrelerinin alınması, bu spesifik hücrelerin genetiğinin değiştirilmesi ve ardından bunların hastaya geri nakledilmesi yavaş ve zaman alan bir süreçtir. “Bu çalışmada hücre bankası kurularak, birçok hastanın tedavisi tek bir bankadan sağlanabilir. Bu sayede ölçeklenebilir, ticari açıdan uygun ve standart bir tıbbi ürün olanağı doğuyor,” diyor Waddington. Türünün ilk örneği olan bu baz düzenlemeli T hücresi tedavisinin klinik denemeleri devam ediyor. İlk hastadan gelen sonuçlar gerçekten büyüleyici.
Genç hasta tüm geleneksel tedavileri tüketmişti ve araştırmaya alınmadan önce palyatif bakım yolunda ilerliyordu. Alyssa adlı hasta, deneysel tedaviyi aldıktan sonraki bir ay içinde lösemiden tamamen kurtuldu. Bugün Alyssa’nın hastalığı halen remisyon sürecinde. Ön klinik deneme, önümüzdeki yıllarda 10 hastayı daha eklemeyi hedefliyor. Ayrıca bu lösemi tedavisi, baz düzenleme teknolojisi için buzdağının sadece tepesi denilebilir. En azından farklı üç deneme daha yapılacak.
Yeni denemeler orak hücreli anemi, yüksek kolesterol ve beta-talasemi adı verilen bir kan hastalığını tedavi etmek için genetik baz düzenleme kullanılacak. Eğer tedaviler başarılı olursa, daha ucuz ve uygun bir şekilde insanlar tedavi edilerek, rutin hayatlarına dönebilecek.
Alzheimer Geni Taşısanız da Alzheimer Riskini Düşürebilirsiniz için yorumlar kapalıAlzheimer, bilim, DENEY, gen
Marvel Sinematik Evreni’ndeki Thor karakteriyle ünlenen Chris Hemsworth, Alzheimer riskini arttıran, APOE4 geninden iki kopyasını barındırdığını söyledikten sonra , oyunculuğa ara vereceğini duyurdu. Alzheimer geniAPOE3 geninin bir kopyasına sahip olmak, Alzheimer riskini 2-3 kat arttırırken iki kopyasına sahip olmak 10-15 kat artırıyor. Fakat bu “risk”in anahtarı işte burada. Kopyalardan bir ya da daha fazlasına sahip olmak Chris’te ya da başka birisinde bunamanın en yaygın şekli olan Alzheimer’ın aynı şekilde gelişeceğini garantilemiyor. Paylaşılan Haberlere Göre; Hemsworth’un gelişen Alzheimer hakkında endişelerini milyonlarla paylaşma konusunda istekliliği alkışlanmalıdır.
Bu da, hepimize sağlığımızı ve gelecekte hastalanma riskimizi azaltmamız için göz açmamızı hatırlatıyor. Alzheimer ve bunama genel olarak, dünya çapında sağlık sistemlerine meydan okuyacak şekilde ayarlanmıştır. Sadece Avustralya’da 500,000 bin bunama hastası olan insanlar yaklaşık 1.6 milyon bakıcı tarafından ilgileniyor. 2036 yılına kadar günlük 450 kişiye teşhis konulacağı tahmin ediliyor. Böylece APOE4’ün bunama hastalığına sebep olan uyarıcı risk, vakaların önlenmesinde önemli olabilir.
Fakat her APOE4 genine sahip olan herkeste Alzheimer gelişmez. Bu, bazı insanlarda Alzheimer hastalığına neden olan, bazılarında ise olmayan genle etkileşime giren çevresel faktörlerin bir kombinasyonu olabileceği anlamına gelir. APOE4’ün Alzheimer İle Ne İlgisi Var? Çoğu Avustralyalı APOE3 ya da APOE2 genlerine sahiptir. Hemsworth gibi genetikten sahip olan APOE4 genin, Beyazlardaki oranı yalnızca %15 civarındandır. APOE gen tipi kolesterol ve trigliseritler gibi lipitlerin(yağların) metabolizmayı modüle etmedeki rolleriyle bilinir.
APOE proteinin farklı versiyonlarının sentezini yapıdaki ince farklılıklar ile kodlar. APOE proteinleri kandaki lipoproteinlerin ayrılmaz bir parçası haline gelir. Bunlar, doktorunuzun kalp hastalığı riskinizi değerlendirmek için ölçtüğü yağ taşıyan parçacıklardır. APOE proteinleri beyinde lipit seviyesini ayarlamak için benzer bir fonksiyona sahiptir. Fakat Alzheimer bağlamında, araştırmalar beyin hücresindeki bütünlüğün etkileri üzerinde çalışıyorlar. Toplanan kanıtlar, APOE4 ‘ün beyin iltihabı ve hücresel hasar ile ilişkili olduğunu göstermektedir.
Alzheimer’dan Korunabilir Miyiz? 1.Kılcal Damarlarınıza İyi Bakın Beyinde hasarlı ve kan sızdıran damarlar (kılcal damarlar) iltihap oluşumuna, beyin hücrelerinin ölümüne ve bilişsel bozukluk oluşturma eğilimindedir. Aslında beyin hasarına sebep olan Alzheimer hastalığın en erken sinyali,hasarlı kılcal damarlardır. APOE4 gen tarafından dizginlenmiş protein, beyindeki kılcal damarları daha az destekleyebilir. APOE4’ün kandaki spesifik lipoprotein ve protein komplekslerinin miktarını artırır ve beyin kılcal damarlarına sessizce zarar vererek bunların sızmasına neden olduğunu öne sürdük. Ayrıca doymuş yağlar açısından zengin olan Doğu tarzı yiyeceklerle beslenen farelerde daha fazla kılcal damar sızıntısı görüyoruz.
APOE proteinlerinin lipid metabolizmasına nasıl aracılık ettiği ve insanlarda kılcal damar sağlığı arasındaki ilişki ne yazık ki tam olarak anlaşılamamıştır. Fakat biz, kalbe iyi gelen yiyecekleri tüketmenin beyne de iyi gelmesi gerektiğini güvenle söylemek için altmış yıllık araştırma bilgisine sahibiz. Özellikle de APOE4 genine sahip insanlar için geçerlidir. Eğer APOE4 genine sahipseniz ve Alzheimer riskini azaltmak istiyorsanız sağlıklı bir diyet yapmanız iyi bir başlangıçtır olacaktır. 2. Beyninize Müsaade Edin
Dünyanın İlk Topikal Gen Tedavisi Sayesinde Yıllardır İyileşmeyen Yaralar İyileşiyor. için yorumlar kapalıbilim, DENEY, Gen Tedavisi
Dünyanın ilk topikal gen tedavi jeli; 3.faz denemelerinde nadir görülen bir çocuk cilt hastalığı olan epidermolizis büllozada muhteşem sonuçlar verdi. Onlarca yıldır iyileşmeyen cilt yaraları bu tedavi sayesinde iyileştirilebildi. Geliştirilen bu gen terapi jeli sayesinde, COL7A1 mutasyonuyla nedeniyle doğuştan kolajen proteini üretemeyen çocukların cilt yaraları iyileşti. Distropik Epidermolizis Bülloza(DEB) nadir görülen bir cilt hastalığıdır. COL7A1 gen mutasyonu nedeniyle vücut kolajen proteini üretemediğinden, vücutta sıvı dolu kabarcıklar ve iyileşmesi zor yaralar oluşur. İşte yeni gen terapisinde COL7A1 protein kopyaları doğrudan yaralı dokuya aktarılıyor.
Bu sayede cildin iyileşmesi için gereken anahtar kolajen proteinlerinin üretimi tetiklenerek, cildin iyileşmesi sağlanıyor. Replike olmayan modifiye herpes virüsü yardımıyla, tedavi immün sistemi savunmalarından kurtularak vücudun diğer bölgelerine kolayca yayılıyor. “20 yıldır sırtımda olan büyük yara tedaviden 4 ay sonrasında iyileşmeye başladı. Altı ay sonrasında ise yara tamamen iyileşti ve yıllardır çektiğim acımı dindirdi,” diyor Mascoli. Maalesef jelin etkileri kalıcı değil, bu nedenle bazı hastaların tedavi kesildiğinde yaraları yeniden çıkmaya başladı. Araştırmacılar bu durumun beklendiğini fakat jelin tekrar uygulamasının herhangi bir yan etkisi görülmediğini belirtiyor.
İşte bu da uzun süreli jel tedavisinin sağlanabileceğini gösteriyor. İlaç şirketi Krystal Biotech, pazar onayı için ABD Gıda ve İlaç İdaresi (FDA) ile yakın ilişkiler yürütüyor. Bu nedenle 2023’ün ilk çeyreğinde bir karar çıkması bekleniyor. DEB hastalığına spesifik olan bu teknolojinin ilk örneği olan bu tedavinin birçok uygulaması geliştirilebilir. Hipotetik olarak bu teknoloji ile tedavi edilebilecek, tek gen mutasyonlarının neden olduğu bir dizi başka epidermolizis bülloza cilt bozukluğu da vardır. Geliştirilen bu formdaki gen jel terapisi cilt altına nüfuz etmediğinden, sadece ciltteki mevcut yaralar tedavi edilebiliyor. Gelecekte farklı cilt hastalıkları için farklı taşınım modülleri geliştirilebilir. Araştırma The New England Journal of Medicine dergisinde yayınlandı.
Bilim İnsanları fMRI ve Yapay Zekayla Düşünce Okumayı Başardı için yorumlar kapalıbilim, fMRI, teknoloji, yapay zeka
Bilim insanları , insan beyin taramaları(fMRI) ve yapay zeka modelleme kullanarak insanların düşüncelerini okumaya bir adım daha yaklaştı. Normalde bir dil dekoderi kullanmaktaki ana fikir , iletişim yeteneğini kaybeden insanlara yardım etmek. Fakat bu teknoloji, ABDli bilim insanları arasında mental gizliliğe ilişkin soru işaretlerini beraberinde getirdi. Bu korkuları gidermek içinse, bu teknolojinin mümkün kılınması için kişinin saatlerce fonksiyonel manyetik rezonans taraması(fMRI) yapılması gerektiğinin altı çiziliyor. Yani kişinin rızası olmadan dekoderin kullanılması mümkün değil.
Daha önceki araştırmada beyin implantı sayesinde, uzun süredir konuşamayan ya da bir şeyler yazamayan kişilerin kelimeler ve hatta cümleler kurmasına yardımcı olduğu gösterilmişti. Bu beyin-bilgisayar arayüzleri (interface) beynin kelime oluştururken, ağzı kontrol eden bölgesine odaklanıyor. ABD Teksas Üniversitesi’nden nöro-bilimci ve araştırmanın yardımcı yazarı ekibin dil dekoderi için tümüyle farklı bir seviyede çalıştığını ifade ediyor. “Bizim sistemimiz fikirler, semantikler ve anlam açısından gerçekten farklı bir seviyede çalışıyor,” diyor Huth. Nature Neuroscience dergisindeki araştırmaya göre, invazif olmayan beyin implantları açısından sürekli dili yeniden oluşturabilen ilk sistemdir.
Bir Dilden Ötesi Araştırmada üç kişi toplamda 16 saat boyunca, fMRI makinesinin içinde New York Times’ın Modern Love gibi podcastlerini dinledi. Araştırmacılar bu sayede; kelimelerin, ifadelerin ve anlamların, beynin dili işlediği bilinen bölgelerinde nasıl tepkilere yol açtığını haritaları gözlemledi. Araştırmacılar bu veriyi kullanarak, GPT-1 nöral dil ağı modelini besledi. Bu ağ Chat GPT’nin atasıdır. Bu model kişinin beyninin algılanan konuşmaya nasıl cevap verdiğini tahmin ederek, en yakın cevabı bulana kadar seçenekleri daraltıyor. Modelin doğruluğunu test etmek için her katılımcı fMRI makinesinde yeni bir hikaye dinledi. Çalışmanın ilk yazarı Jerry Tang, kod çözücünün “kullanıcının duyduğu şeyin ana fikrini kurtarabileceğini” söyledi. Örneğin, katılımcı “Daha ehliyetim yok” ifadesini duyduğunda, model “daha araba sürmeyi öğrenmeye bile başlamadı” şeklinde geri dönmüştür.
Araştırmacılar, kod çözücünün “ben” veya “o” gibi şahıs zamirleriyle mücadele ettiğini de kabul ediyor. Fakat katılımcılar kendi hikayelerini düşündüklerinde veya sessiz filmleri izlediklerinde bile, kod çözücünün “özü” kavrayabildiğini ifade ediyor. Huth, “Bu, “dilden daha derin bir şeyi çözdüğümüzü, sonra onu dile dönüştürdüğümüzü” gösterdi. Huth, fMRI taramasının tek tek sözcükleri yakalamak için çok yavaş olması nedeniyle, “birkaç saniye içinde bir bilgi yığını, bir karmaşa” topladığını söyledi. Böylece, kesin kelimeler kaybolsa bile fikrin nasıl geliştiğini görebiliriz,”diyor.
Dünyada İlk Kez Ana Rahmindeki Bebeğin Ölümcül Beyin Hasarı Tedavi Edildi !!!! için yorumlar kapalıbilim, DENEY, gen
Brigham ve Kadın Hastanesi’nden cerrahlar, beyindeki potansiyel olarak ölümcül bir genetik kusuru tedavi etmek için ana rahminde bir bebeği tedavi etti. Galen veni anevrizmal malformasyonu adı verilen genetik bozukluk genelde bebek doğduktan sonra ameliyat edilerek tedavi edilmeye çalışılıyor. Galen veni anevrizmal malformasyonu (VOGM) bebeklerin beyin gelişimi esnasında kan damarlarında oluşan bir anomaliden kaynaklanıyor.
Arterlerin şekli bozularak, kılcal damarlar yerine, toplardamarlara bağlanması nedeniyle beyne giden kan akışının hızını bozuyor. İşte bu beyinde ekstra bir basınç yaratarak, çeşitli beyin hasarlarına ve de kalp yetmezliğine neden olabilmektedir. Hatta bazı vakalarda doğumdan sadece birkaç gün sonra fatal olabilmektedir. En yaygın VOGM tedavisi ise embolizasyondur. Doğum hemen sonra bozulmanın olduğu bölgeye bir katater yerleştirilir ve istenmeyen damar bağlantısını bloke edecek bir madde enjekte edilerek, kan akışı düzeltilir. Fakat bu operasyon yapılana kadar zaten bir miktar hasar gerçekleşmiştir. Dünyada ilk kez ,Brigham ve Kadın Hastanesi ve Boston Çocuk Hastanesi’nden cerrahlar, ultrason kılavuzluğunda rahimde bir VOGM embolizasyonu gerçekleştirdiler.
Fetüs rahimdeyken plasenta dolaşımını kullandığından, kalbi ve beyni hasardan korunur. Bu hipotezden dolayı, doğumdan önce bu operasyon gerçekleşirse, çok daha faydalı olacaktır. Operasyon fetüs 34 hafta, 2 günlükken gerçekleştirildi ve başarılı olmuşa benziyor. Bebek Mart’ın ortalarında doğdu ve emar taramalarında inme,sıvı toplanması veya kanama benzeri genel VOGM semptomlarına rastlanmadı. Çalışmanın baş yazarı Darren Orbach, “Tedavi edilen ilk vakamızda, genellikle doğumdan sonra görülen agresif bozunmanın ortaya çıkmadığını görmekten dolayı sevinç içindeyiz. Altı haftadır bebeğin ilaçsız, normal yemek yiyerek, kilo alarak ve eve dönerek oldukça iyi ilerlediğini bildirmekten memnuniyet duyuyoruz. Beyin üzerinde herhangi bir olumsuz etki belirtisi yoktur,” diyor.
Ekip yöntemin güvenirliğinin sadece bir vakayla anlaşılamayacağını, yöntemin güvenirliği ve etkinliği için daha fazla hastada denenmesi gerektiğini belirtiyor. Bu yeni tedavi, Galen Veni Anevrizmal Malformasyonu tedavisinde yeni bir sayfa açabilir. Bu sayede Galen veni anevrizmal malformasyonuyle doğan çocuklarda; uzun süreli beyin hasarı, sakatlık veya ölüm azaltılabilir.
Araştırma Stroke dergisinde yayınlandı. Kaynak: Brigham and Women’s Hospital
Buzullarda Hapsolmuş Antik Mikroplar, Yok Oluşa Neden Olabilir Mi? için yorumlar kapalıbilim, DENEY, mikroplar
Eriyen buzlarda hapsolmuş ölümcül organizmaların dünyayı yok oluşa götürmesi bilim kurgu gibi geliyor. Peki ya öyle değilse , gerçekten ölümcül mikroorganizmalar milyonlarca yıldır buzların içinde bekliyorsa? İşte gerçekten böyle bir olasılık var. 2003 yılında Çinghay-Tibet platosunda alınan buz sondajlarından bir bakteri çıktı. Bu derinlikteki buzlar 750,000 yıldan daha yaşlı. 2014’de Sibirya’da permafrost topraktan 30,000 yıllık dev zombi fitovirüs siberium çıkarıldı.
2016’da ise Batı Sibirya’da şarbon(bacillum anthracis bakterisi neden oluyor) salgını sonucu binlerce ren geyiği ölürken, onlarca insan etkilendi. Hatta geçenlerde bilim insanları, Yüksek Arktik’teki (kuzey kutbu bölgesi ) göl sedimentlerinden izole ettiği virüslerle potansiyel yaşayan konaklar arasında kaydadeğer bir genetik uyum olabileceğini buldu.
Bacillus anthracis,şarbona neden olan bir toprak bakterisidir. Credit: William A. Clark/USCDCP
Dünya hızla ısınırken, Arktik gibi soğuk bölgelerde ısınmanın 4 kata kadar daha hızlı olabileceği ifade ediliyor. Tahminlere göre her yıl buzullardan 4 sextilyon (4,000,000,000,000,000,000,000) microorganizma serbest kalıyor. Bu sayı tüm evrende tahmin edilen yıldız sayısı kadar. Buna rağmen, eriyen buzdan salınan çok sayıda mikroorganizmaya (modern türleri potansiyel olarak enfekte edebilen patojenler dahil) rağmen, hiç kimse bunun modern ekosistemler için oluşturduğu riski tahmin etmiyordu.
PLOS Computational Biology dergisinde yayınlanan yeni bir çalışmada , öngörülemeyen antik virüslerin yayılmasının neden olduğu ekolojik riskleri hesapladık. Simülasyonlarımız, uykuda olan tek bir patojenin %1 oranındaki simüle salınımların, büyük çevresel hasara ve dünya genelinde ev sahibi organizmaların yaygın şekilde kaybolmasına neden olabileceğini gösteriyor. Modern Simülasyonlar Kullanıldı Bir tür eski patojenin modern biyolojik topluluklara yayılmasını simüle eden deneyler yapmak için Avida yazılımı kullanıldı. Daha sonra bu istilacı patojenin modern konak bakteri çeşitliliği üzerindeki etkilerini binlerce simülasyonda ölçtük ve bunları hiçbir istilanın olmadığı simülasyonlarla karşılaştırdık.
İstilacı patojenler genellikle simüle edilmiş modern dünyada hayatta kaldı ve gelişti. Patojenin yeni ortamda dominant hale gelmesinin yaklaşık %3’ünde, bu durumda modern konak çeşitliliğinde büyük olasılıkla kayıplara neden oldular. En kötü (yine de makul belki de) senaryoda, istila, kontrollere kıyasla konak topluluğun boyutunu %30 oranında azalttı. Bu küçük patojen fraksiyonundan kaynaklanan risk küçük görünebilir, ancak bunların simüle edilmiş ortamlarda yalnızca belirli bir patojenin yayılmasının sonuçları olduğunu unutmayın. Gerçek dünyada yayılan çok sayıda antik mikropla, bu tür salgınlar önemli bir tehlikeyi temsil ediyor.
GeneCards ile bir gen hakkında özet bilgiler alabilirsiniz. Örneğin bir genin kromozom üzerindeki yeri, genin fonksiyonu, protein kodlayıp kodlamadığı, hastalıklarla olan ilişkisi gibi çeşitli bilgileri elde edebilirsiniz.
Genbank, NCBI’da bulunan ve nükleotid dizilerinin depolandığı bir veri tabanıdır.
ABD Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi’nde(NCBI)[ncbi] bulunan Genbank veri tabanı, belki de en iyi bilinen nükleotid dizi veri tabanıdır.
NCBI’daki DNA dizi veri tabanı olan GenBank[genbank] veri tabanında, ücretsiz olarak erişilebilir toplam nükleotid sayısı Ağustos 2016’da 196 milyon DNA dizisinde 218 milyar baz olarak açıklanmıştır.
Dizi verilerinin Genbank’a girişi web sayfasından[bankit] veya büyük veri setleri söz konusu ise e-posta yoluyla[sequin] herkes tarafından yapılabilmektedir. Yeni dizi verilerinin herhangi bir bilimsel dergide yayınlanabilmesi için ilk olarak Genbank’a veya Genbank ile ilişkili veri tabanlarından birine[örn. Avrupa Nükleotid Arşivi(ENA) veya Japoya Veri Tabanı[DDBJ]] veri girişinin yapılması gerekir.
EBI’de dünyanın en büyük tekrarsız ver tabanı olan UniProtKB[uniprot] toplam 65 milyon protein dizisi içermektedir. EBI, SIB ve GeorgeTown Üniversitesi’nin ortak veri tabanı olup, Swissprot, TrEMBL ve PIR veri tabanlarına ait bilgilerin tamamını içermektedir ve protein bilgisinin merkezi havuzu olarak hizmet etmektedir.
Verilen bir genin fonksiyonunu ve protein sekansını UniProt üzerinden bulabiliriz.
Gen Fonksiyonu Bulmak
Protein Lipoprotein lipase proteinin fonksiyonlarını bulmak için Uniport veri tabanını ve protein adını kullanacağız. İlgili proteinin fonksiyonunu bulmak için sırasıyla:
Arama kutucuğuna Protein Lipoprotein lipase yazınız ve arama butonuna tıklayınız.
İlgili proteini bularak kutucuğun yanındaki (P06858) ismi üzerine tıklayarak detaylarına bakabiliriz.
Gelen sayfadan Function sekmesine bakıyoruz.
Trigliserit metabolizmasında anahtar enzim. Dolaşımdaki şilomikronlardan ve çok düşük yoğunluklu lipoproteinlerden (VLDL) trigliseritlerin hidrolizini katalize eder ve böylece kan akımından lipidlerin temizlenmesinde, lipid kullanımında ve depolanmasında önemli bir rol oynar (PubMed:8675619, PubMed:11342582, PubMed:27578112). Hem fosfolipaz hem de trigliserit lipaz aktivitelerine sahip olmasına rağmen, öncelikle düşük fakat saptanabilir fosfolipaz aktivitesine sahip bir trigliserit lipazdır (PubMed:7592706, PubMed:12032167). Kılcal damarlardaki trigliserit açısından zengin lipoprotein parçacıklarının marjinasyonuna aracılık eder (PubMed:24726386). GPIHBP1 ve hücre yüzeyi heparan sülfat proteoglikanlarına (PubMed:11342582, PubMed:27811232) bağlanarak vasküler endotelin luminal yüzeyindeki etki alanına alınır.
Protein Sekansını Bulmak
Protein sekansını elde etmek için Uniprot ID‘sini ve uniprot veri tabanını kullanacağız. Uniprot ID’si P06858 ‘in protein sekansını elde etmek için sırasıyla:
Arama kutucuğuna P06858 yazınız ve arama butonuna tıklayınız.
Protein ID’si ile arama yaptıktan sonra gelen yeni sayfada, protein sekansını FASTA formatında elde etmek için sırasıyla:
Sol tarafta bulunan menüden Sequence‘i seçiniz,
FASTA formatında dosyayı indirmek için Download butonuna tıklayınız.
Tüm adımları sorunsuz bir şekilde tamamladıktan sonra FASTA formatına erişmiş olmanız gerekir. İsterseniz dosyayı bilgisayarınıza kaydedebilir ya da kopyalayıp kullanabilirsiniz.
![ABD Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nde(NCBI)[ncbi] bulunan Genbank veri tabanı](https://biyoinformatik.net/images/ncbi-genbank-8958.jpg)
