Çocuk felcine neden olan virüs Gazze’de bulundu.

Çocuklar, Gazze Şeridi’ndeki Nuseirat mülteci kampındaki bir çöplükte çöpleri ayırıyor. Yerinden edilmiş birçok Filistinli, lağım suları ve büyüyen çöp yığınlarıyla kirlenmiş suların yakınındaki çadır kamplarında yaşıyor.ABDEL KAREEM HANA/AP

Aralıksız bombardımanlar ve topçu saldırıları, kitlesel yerinden edilmeler, sağlık sisteminin çöküşü ve açlığın yanı sıra, Gazze’deki çocuklar şimdi ek bir sağlık felaketiyle karşı karşıya: felçli çocuk felci riski.

16 Temmuz’da Gazze Sağlık Bakanlığı, Gazze’nin iki vilayeti olan Han Yunus ve Deir el-Balah’taki bölgelerde Haziran ayı sonlarında toplanan altı atık su örneğinde çocuk felci virüsü tespit edildiğini duyurdu ve bu da virüsün orada dolaştığının bir göstergesi.

Şimdiye kadar, virüsün neden olduğu herhangi bir felç vakası bildirilmedi, ancak Gazze Şeridi’ndeki kaos göz önüne alındığında, tespit edilemeyen bazıları olabilir, diyor Dünya Sağlık Örgütü (WHO) merkezli uluslararası bir ortaklık olan Küresel Çocuk Felcini Yok Etme Girişimi’nden (GPEI) Hamid Jafari. DSÖ’nün Doğu Akdeniz bölgesindeki çocuk felci operasyonlarını yöneten Jafari, çocuk felci de dahil olmak üzere tüm hastalıkların sürveyansının savaş nedeniyle ciddi şekilde kesintiye uğradığını söylüyor. DSÖ Sözcüsü Christian Lindmeier, 5 yaşın altındaki on binlerce çocuğun şu anda çocuk felcine yakalanma riski altında olduğunu ve Gazze’nin ötesine uluslararası yayılma olasılığının göz ardı edilemeyeceğini söyledi.

Virüs ne kadar yayıldı?

DSÖ, UNICEF, Birleşmiş Milletler Filistinli Mültecilere Yardım ve Bayındırlık Ajansı (UNRWA) ve Gazze Sağlık Bakanlığı bu sorunun cevabını bulmak için çabalıyor. Gözden kaçmış olabilecek herhangi bir felçli vakayı bulmak için aktif gözetim de dahil olmak üzere bir risk değerlendirmesi başlattılar. (Çocuk felci virüsü ile enfekte olan çocukların sadece küçük bir kısmı felç olur, ancak salgın ne kadar büyükse, bu tür vakaların ortaya çıkma riski de o kadar artar.)

DSÖ’nün GPEI direktörü Aidan O’Leary, birden fazla bölgedeki tespitlerin iletimin devam ettiğini ve zaten yaygın olabileceğini gösteriyor. Jafari, tüm izolatların genetik olarak bağlantılı olmasına rağmen, aynı kaynaktan ortaya çıktıklarını göstermesine rağmen, aralarında virüsün bir süredir dolaştığını belirtmek için yeterli nükleotid farkı olduğunu söylüyor. GPEI’ye göre, genetik dizilim, bunların 2023’ün ikinci yarısında Mısır’da dolaşan bir türle de yakından ilişkili olduğunu ve Eylül 2023 gibi erken bir tarihte Gazze’ye sokulmuş olabileceğini gösteriyor.

Virüs neden şimdi Gazze’de yayıldı?

Çocuk felci virüsü, enfekte bir çocuğun dışkısı ile temas veya dışkı ile kontamine olmuş su veya yiyecek tüketimi yoluyla “fekal-oral” yolla bulaşır. Yerinden edilmiş 1,9 milyon Gazzelinin yaşadığı koşullar (temiz su ve sanitasyona çok az erişimi olan ve arıtılmamış kanalizasyonların çadırlar arasında açıkça aktığı hijyenik olmayan kamplara tıkıştırılmış) virüsün gelişmesi için ideal bir ortam yaratıyor.

BM Su, Sanitasyon ve Hijyen Kümesi’nin bir tahminine göre, savaşın başladığı Ekim 2023’ten bu yana Gazze’deki su ve sanitasyon tesislerinin %70’i önemli ölçüde hasar gördü ve nüfusun yoğun olduğu bölgelerde veya yakınında yaklaşık 340.000 ton katı atık birikti. Haziran ayında Oxfam, Han Yunus’un batısında yer alan ve yakın zamanda İsrail saldırısına uğrayan sözde “güvenli bölge” Al-Mawasi’de her 4130 kişiye sadece bir tuvalet düştüğünü tahmin ediyordu.

Çocuk felcine neden olan virüs Gazze’de bulundu. İşte bu yüzden bu korkunç haber | Bilim | ACAR (science.org): Çocuk felcine neden olan virüs Gazze’de bulundu.

Deniz tabanında keşfedilen gizemli oksijen kaynağı — bilim adamlarını şaşırtıyor!

Kimyasal bir reaksiyon, su moleküllerini bölerek oksijen üretiyor olabilir, ancak enerji kaynağı bilinmemektedir.

eniz tabanında bir ‘karanlık oksijen’ kaynağı keşfedildi.Kredi bilgileri: Cavan/Getty

Pasifik Okyanusu’nun dibinde, toplam güneş ışığı eksikliğinin fotosentezi imkansız hale getirdiği derinliklerde bir şey büyük miktarlarda oksijen pompalıyor.

Araştırmacılar, bu fenomenin, su moleküllerinin bölünmesini katalize ederek oksijen üretiminde rol oynayabilecek polimetalik nodüller adı verilen eski, erik büyüklüğünde oluşumlarla dolu bir bölgede keşfedildiğinden şüpheleniyor. Bulgular Nature Geoscience’da yayınlandı1.

“Gezegende fotosentez dışında başka bir oksijen kaynağımız var” diyor İngiltere’nin Oban kentindeki İskoç Deniz Bilimleri Derneği’nde deniz tabanı ekolojisti olan ortak yazar Andrew Sweetman – bu oksijen üretiminin arkasındaki mekanizma bir sır olarak kalsa da. Bulguların, yaşamın nasıl başladığını anlamak ve bölgedeki derin deniz madenciliğinin olası etkisi için de etkileri olabileceğini söylüyor.

Odense’deki Güney Danimarka Üniversitesi’nde biyojeokimyacı olan Donald Canfield, gözlemin “büyüleyici” olduğunu söylüyor. “Ama bunu sinir bozucu buluyorum, çünkü çok fazla soru ortaya çıkarıyor ve çok fazla cevap vermiyor.”

Sweetman ve işbirlikçileri ilk olarak 2013 yılında saha çalışması sırasında yanlış bir şey fark ettiler. Araştırmacılar, Hawaii ve Meksika arasında Hindistan’dan daha büyük bir alan olan ve metal açısından zengin nodüllerin madenciliği için potansiyel bir hedef olan Clarion-Clipperton Bölgesi’ndeki deniz tabanı ekosistemlerini inceliyorlardı. Bu tür keşifler sırasında ekip, otomatik deneyler yapmak için deniz tabanına batan bir modül serbest bırakır. Yazarlar, bir kez orada, modülün deniz tabanının küçük bölümlerini – bir miktar deniz suyu ile birlikte – kapatmak ve “deniz tabanının kapalı bir mikrokozmosunu” oluşturmak için silindirik odaları aşağı indirdiğini yazıyor. İniş aracı daha sonra kapalı deniz suyundaki oksijen konsantrasyonunun birkaç güne kadar olan sürelerde nasıl değiştiğini ölçer.

Oksijen akımları

Suya oksijen salan herhangi bir fotosentetik organizma olmadan ve gazı tüketen diğer organizmalarla birlikte, odaların içindeki oksijen konsantrasyonları yavaşça düşmelidir. Sweetman, Güney, Arktik ve Hint okyanuslarının bölgelerinde ve Atlantik’te yaptığı çalışmalarda bunun gerçekleştiğini gördü. Dünyanın dört bir yanında, deniz tabanı ekosistemleri varlıklarını yüzeyden gelen akıntılar tarafından taşınan oksijene borçludur ve kesilirse hızla ölürler. (Bu oksijenin çoğu Kuzey Atlantik’ten kaynaklanır ve ‘küresel bir konveyör bandı’ ile dünyanın dört bir yanındaki derin okyanuslara taşınır.)

Ancak Clarion-Clipperton Bölgesi’nde, aletler tutulan suyun oksijen açısından daha fakir değil, daha zengin hale geldiğini gösterdi. İlk başta, Sweetman okumaları bir sensör arızasına bağladı. Ancak bu fenomen, 2021 ve 2022’deki sonraki geziler sırasında meydana gelmeye devam etti ve alternatif bir teknikle yapılan ölçümlerle doğrulandı. Sweetman, “Birdenbire, sekiz yıl boyunca okyanus tabanının 4.000 metre aşağısındaki bu potansiyel olarak şaşırtıcı yeni süreci görmezden geldiğimi fark ettim” diyor.

Deniz tabanında bulunan ve araştırmacıların oksijen üretiminde rol oynayabileceğini düşündükleri polimetalik bir nodül.Kredi bilgileri: Camille Bridgewater

Sweetman, üretilen oksijen miktarlarının küçük olmadığını söylüyor: odalardaki gaz, alg bakımından zengin yüzey sularında görülenlerden daha yüksek konsantrasyonlara ulaşıyor. Sweetman’ın araştırdığı diğer bölgelerin hiçbiri polimetalik nodüller içermiyordu, bu da bu kayaların bu ‘karanlık oksijen’ üretiminde önemli bir role sahip olduğunu gösteriyor.

Bu hipotezin ilk testi olarak, ekip deniz tabanında bulunan koşulları gemilerindeki bir laboratuvarda yeniden yarattı. Polimetalik nodüller de dahil olmak üzere deniz tabanından toplanan örnekleri izlediler ve oksijen konsantrasyonunun en azından bir süreliğine arttığını gördüler. “Bir noktaya kadar oksijen üretmeye başlarlar. Sonra dururlar,” diyor Sweetman – muhtemelen su moleküllerinin bölünmesini sağlayan enerji tükendiği için. Bu, bu enerjinin nereden geldiği sorusunu bırakıyor. Eğer nodüllerin kendileri pil gibi davranıyor olsaydı – kimyasal bir reaksiyondan enerji üretiyor olsaydı – uzun zaman önce tükenmiş olurdu.

Deniz tabanında keşfedilen gizemli oksijen kaynağı — bilim adamlarını şaşırtıyor (nature.com): Deniz tabanında keşfedilen gizemli oksijen kaynağı — bilim adamlarını şaşırtıyor!

Genomik ve Proteomik Nedir? Genler, Biyoteknolojide Nasıl Kullanılır?

DNA’nın keşfedilmesiyle başlayan nükleik asit çalışmaları, genlerin ve küçük fragmentlerin incelenmesiyle devam etmiş ve şimdi de genomik alanında hız kazanmaktadır. Genomik, tam bir gen setinin nükleotit dizilimi, organizasyonu, tür içindeki ve diğer türler arası etkileşimleri dahil olmak üzere tüm genomun incelenmesidir. DNA dizileme teknolojisinin gelişimi, genomikteki ilerlemelere öncülük etmiştir. Tıpkı bilgi teknolojilerinin dünyadaki konumlar hakkında ayrıntılı bilgi almamızı sağlayan Google Haritalar’a yol açması gibi, genomik bilgi de farklı organizmaların DNA’larının benzer haritalarını oluşturmak için kullanılmaktadır.

Genom Haritalaması

Genom haritalaması, her bir kromozom üzerindeki genlerin yerini bulma işlemidir. Oluşturulan haritalar, sokaklarda gezinmek için kullandığımız haritalara benzetilebilir. Genetik harita, genleri ve bunların kromozom üzerindeki konumlarını gösteren bir çizimdir. Genetik haritalar büyük resme bakmamızı sağlarken (eyaletler arası karayolları haritası gibi) detaylara işaret etmek için genetik belirteçler kullanır (yer işaretleri gibi). Genetik bir belirteç, ilgili özellik ile genetik bağlantı gösteren bir kromozom üzerindeki bir gen veya dizidir. Genetik belirteç, ilgilenilen genle kalıtsal olma eğilimindedir ve mayoz sırasındaki rekombinasyon sıklığı aralarındaki mesafenin bir ölçüsüdür. İlk genetikçiler buna bağlantı analizi adını vermişlerdir.

Fiziksel haritalar, kromozomların daha küçük bölgelerinin mahrem ayrıntılarına girer (ayrıntılı bir yol haritasına benzer). Fiziksel bir harita, genler veya genetik belirteçler arasındaki fiziksel mesafenin nükleotid cinsinden temsilidir. Genomun tam bir resmini oluşturmak için hem genetik bağlantı haritaları hem de fiziksel haritalar gerekmektedir. Tam bir genom haritasına sahip olmak, araştırmacıların tek tek genleri incelemesini kolaylaştırmaktadır. Araştırmacılar tarafından, insan genom haritaları, kanser, kalp hastalığı ve kistik fibroz gibi hastalıklarla ilişkili hastalığa neden olan genleri belirlemek için kullanılmaktadır. Ek olarak, genom haritalaması, kirleticileri temizleme ve hatta kirliliği önleme yeteneğine sahip mikroorganizmalar gibi faydalı özelliklere sahip organizmaları tanımlamaya yardımcı olmak için de kullanılabilmektedir. Bitki genom haritalaması içeren araştırmalar, daha yüksek mahsul verimi sağlayan yöntemlerin veya iklim değişikliğine daha iyi uyum sağlayan bitkilerin geliştirilmesini amaçlamaktadır.

Genetik haritalar taslağı, fiziksel haritalar ise ayrıntıları göstermektedir. Büyük resmi göstermek için ise her iki genom haritalama tekniğinin de neden önemli olduğunu anlamak kolaydır. Her iki teknikten elde edilen bilgiler, genomu incelemek için birlikte kullanılmaktadır. Genomik haritalama, araştırma için kullanılan farklı model organizmalarla birlikte kullanılabilmektedir. Genom haritalama hala geliştirilen bir süreçtir ve daha ileri teknikler geliştirildikçe daha fazla ilerleme beklenmektedir. Genom haritalama, mevcut her veri parçasını kullanarak karmaşık bir yapbozu tamamlamaya benzer. Tüm dünyadaki laboratuvarlarda üretilen haritalama bilgileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) gibi merkezi veri tabanlarına girilir. Bilgilerin araştırmacılar ve genel halk için daha kolay erişilebilir olması için çaba gösterilmektedir. Yollarda gezinmek için kağıt haritalar yerine küresel konumlandırma sistemlerini kullanmamız gibi, NCBI da veri madenciliği sürecini basitleştirmek için bir genom görüntüleme aracı kullanmamıza olanak sağlamaktadır.

https://evrimagaci.org/genomik-ve-proteomik-nedir-genler-biyoteknolojide-nasil-kullanilir-13778: Genomik ve Proteomik Nedir? Genler, Biyoteknolojide Nasıl Kullanılır?

Bağışıklık sistemi tepkisine bağlı uzun süreli COVID akciğer hasarı

Kronik inflamasyonla ilişkili bir proteinin inhibe edilmesi, COVID-19’lu farelerde akciğer sağlığını iyileştirir.

SARS-CoV-2 virüs parçacıkları (mavi) ile enfekte olmuş bir hücre (kırmızı).Kredi: NIAID/Ulusal Sağlık Enstitüleri/SPL

Akciğerlerde iltihabı başlatmaya yardımcı olan bir sinyal molekülü, bazı uzun süreli COVID semptomlarını şiddetlendirmede önemli bir rol oynayabilir, bu durumdaki kişilerden alınan akciğer örneklerini analiz eden bir çalışma bulur.

Bulgular, 17 Temmuz’da Science Translational Medicine’de yayınlandı1, bilim insanlarının beyin sisi, yorgunluk, nefes darlığı ve akciğer hasarı gibi semptomlara neden olan ve COVID-19’un arkasındaki virüs olan SARS-CoV-2 ile enfeksiyondan sonra aylar veya yıllar boyunca devam edebilen uzun süreli COVID için daha etkili tedaviler geliştirmelerine yardımcı olabilir.

COVID-19’lu farelerde interferon gama (IFN-γ) adı verilen molekülü inhibe ederek, “enfeksiyondan sonra kronik koşulları azaltabildik”, diyor Charlottesville’deki Virginia Üniversitesi’nde immünoloji araştırmacısı olan ortak yazar Jie Sun. “Gelecekte, uzun süreli COVID’nin potansiyel tedavisi için bu yolu hedefleyebiliriz.”

Enflamasyon proteini

IFN-γ, vücudun enfeksiyonlarla savaşmak için saldığı birçok proteinden biridir. T hücreleri olarak bilinen beyaz kan hücreleri tarafından salındığında, diğer bağışıklık hücrelerine sinyaller gönderir ve iltihabı teşvik eder. Kısa vadede bu, iyileşme sürecini desteklemek için enfekte bölgeye kan akışını artırır – ancak kronik iltihaplanma hücrelere ve dokulara zarar verebilir.

Önceki araştırmalar, uzun süreli COVID’li kişilerin yüksek IFN-γ seviyelerine sahip olduğunu göstermiştir2ve kanıtlar ayrıca proteinin alveollerdeki yaralanmalara katkıda bulunabileceğini düşündürmektedir3 — Akciğerlerdeki gazları kan dolaşımına girip çıkaran hassas hava keseleri. Ancak bu çalışmalar, IFN-γ’nin uzun süreli COVID ile ilişkili akciğer hasarının bir nedeni mi yoksa sadece başka bir mekanizmanın göstergesi mi olduğunu belirleyemedi.

Bağışıklık sistemi tepkisine bağlı uzun süreli COVID akciğer hasarı (nature.com): Bağışıklık sistemi tepkisine bağlı uzun süreli COVID akciğer hasarı

Latin Amerika’da yayılan virüs ölü doğumlara ve doğum kusurlarına neden olabilir.

Brezilya sağlık bakanlığı, doktorlara az bilinen Oropouche virüsü ile enfekte olan hamile kadınları yakından izlemelerini söyledi.

2015-2016 Zika salgını, 2018’de fotoğraflanan bu çocuk da dahil olmak üzere binlerce Brezilyalı çocuğun hatalı biçimlendirilmiş bir beyinle doğmasına neden oldu. Şimdi, bilim adamları Oropouche virüsünün benzer sorunlara neden olabileceğinden endişe ediyorlar. MAURO PIMENTEL/AFP ARACILIĞIYLA GETTY IMAGES

Brezilyalı bilim adamları, Güney ve Orta Amerika’da yükselişte olan ve yeterince anlaşılmayan Oropouche virüsünün, anne karnında enfekte olan bebeklerde ölü doğumlara ve nörolojik kusurlara neden olabileceği konusunda alarm verdiler. Brezilya sağlık bakanlığı, 12 Temmuz’da yayınlanan teknik bir notta, enfekte annelerden doğan yenidoğanlarda dört mikrosefali vakası (bir tür azalmış beyin gelişimi) ve virüsle ilişkili olabilecek bir fetal ölüm bildirdi.

Bağlantı henüz doğrulanmadı, ancak bakanlık, sağlık uzmanlarının Oropouche ile enfekte olmuş hamile kadınları yakından izlemesini tavsiye ediyor. Rio de Janeiro Federal Üniversitesi’nden virolog Almicar Tanuri, “Vakalar endişe verici ve uyanık olmak için bir işaret” diyor, ancak kesin sonuçlar çıkarmak için henüz çok erken olduğunu kabul ediyor. 17 Temmuz’da yayınlanan bir Epidemiyolojik Uyarıda, Pan Amerikan Sağlık Örgütü (PAHO) diğer ülkelerden benzer vakalara karşı tetikte olmalarını istedi.

Vakalar, araştırmacılara Amerika’da sivrisinek kaynaklı bir hastalık olan Zika salgınları sırasında benzer sorunları hatırlatıyor. Brezilya’da 2015 ve 2016 yıllarında büyük bir Zika salgını sırasında 3500’den fazla bebek mikrosefali vakası kaydedildi ve tahmini 1,5 milyon insan enfekte oldu.

Ani ateş, baş ağrısı, kas ve eklem ağrısı, baş dönmesi, mide bulantısı ve kusmaya neden olabilen Oropouche virüsü, öncelikle Amerika’nın her yerinde bulunan toplu iğne başı büyüklüğünde bir tatarcık olan Culicoides paraenesis tarafından bulaşır. Oropouche ateşi vakaları 2022’nin sonlarından bu yana arttı. Brezilya, bu yıl şimdiye kadar 7044 doğrulanmış vaka ile en çok etkilenen ülke oldu – 2023’ün tamamında kaydedilen sayının sekiz katından fazla. Çoğu vaka hafiftir, ancak virüs bazı hastalarda nörolojik hasara neden olabilir.

Geçen ay, bakanlığın notuna göre, Pará eyaletindeki Evandro Chagas Enstitüsü’ndeki araştırmacılar, nörolojik hasara neden olabilecek viral enfeksiyonlar için araştırılan ancak diğer dört böcek kaynaklı viral hastalık için negatif test edilen hastalardan yakın zamanda saklanan örneklerin retrospektif bir analizini yaptılar: dang humması, chikungunya, Zika ve Batı Nil. Oropouche’a karşı antikorlar için pozitif test eden mikrosefali ile doğan dört bebek belirlediler. Antikorlar kanlarında ve beyin omurilik sıvısında bulundu, bu da virüsün anneden fetüse doğrudan geçtiğini gösteriyor.

Latin Amerika’da yayılan virüs ölü doğumlara ve doğum kusurlarına neden olabilir | Bilim | ACAR (science.org): Latin Amerika’da yayılan virüs ölü doğumlara ve doğum kusurlarına neden olabilir.

Ortalama bir ağaç gövdesinde 1 trilyondan fazla mikrop yaşıyor

Renkli mantarlar hastalık belirtisi olabilir. Ancak sağlıklı ağaçların bile odunlarının içinde yaşayan çeşitli mikroplar vardır.

Ortalama bir ağacın içindeki odun çorak görünebilir, ancak inanılmaz derecede çeşitli bir yaşam yelpazesine ev sahipliği yapar. Şimdiye kadar yapılan en kapsamlı araştırmaya göre, 1 trilyondan fazla mantar, bakteri ve diğer mikroplar, çeşitli ağaç türlerine göre uzmanlaşmış benzersiz topluluklardan oluşan, ortalama gövdenin içinde yaşıyor.

Mikropların bazıları, patojenleri savuşturmak veya öldürmek için probiyotikler için aday olabilir, diyor İspanyol Ulusal Araştırma Konseyi’nde çalışmaya dahil olmayan bir mikrobiyolog olan Jesús Mercado-Blanco. Bu nedenle, bioRxiv’de bir ön baskı olarak yayınlanan çalışmanın, dünyadaki savunmasız ağaçları korumanın yeni yollarına yol açabileceğini söylüyor.

Mikroplar bitki yaşamının önemli bir parçasıdır. Topraktaki mantarlar, örneğin köklerin suya ve besin maddelerine erişmesine yardımcı olur ve yapraklardaki faydalı bakteri ve mantarlar, zararlı mantar veya bakterilerin neden olduğu enfeksiyonu önleyebilir. Ancak, büyük miktarda biyokütle oluşturan sağlıklı ahşabın içinde yaşayan mikroplar hakkında çok az şey biliniyor. Gezegendeki tahmini 10 trilyon ağaç, hayvanlarda bulunan 2 gigatonu gölgede bırakan 450 gigaton karbon içerir.

Yeni çalışmada, Yale Üniversitesi doktora öğrencisi Jonathan Gewirtzman, moleküler biyoloji alanında uzmanlaşmış başka bir Yale doktora öğrencisi olan Wyatt Arnold ile bir araya geldi. İkili, meşe, akçaağaç ve çam da dahil olmak üzere 15 yaygın ağaç türünü incelemek için Connecticut’taki bir araştırma ormanına gitti. 158 ağacın gövdesinden kurşun kalemden daha ince çekirdekler alarak odun örnekleri aldılar. Ayrıca her ağacın etrafından toprak örnekleri aldılar. Tahtadan ve topraktan DNA çıkardıktan sonra, genetik materyali 16s ve ITS adı verilen anahtar işaretleyici genlerin dizilimi için bir laboratuvara gönderdiler. Arnold bu verileri aldı ve bilinen mikrop türlerinden alınan dizilerle eşleştirdi.

Tipik bir ağacın içindeki prokaryotik mikropların (benzer görünen ancak farklı evrimsel geçmişleri olan bakteri ve arkeler) sayısının kabaca bir tahminini elde etmek için, Gewirtzman ve Arnold, çekirdeklerden 1 gram odundaki bolluklarıyla başladılar. Bunu 5 tonluk bir ağacın ağırlığıyla çarparak 1 trilyon prokaryot elde ettiler. (Bu, ökaryot olan ve bolluğu genetik verilerden güvenilir bir şekilde hesaplanamayan mantarları içermez.) Bu kulağa çok gibi gelebilir, ancak insan sindirim sistemi bir ağaç gövdesinden yaklaşık 38 kat daha fazla prokaryotik hücre içerir.

Tıpkı çeşitli hayvanların ne yediklerine bağlı olarak kendi farklı mikrobiyomlarına sahip olmaları gibi, 15 ağaç türünün de ormanlarında yaşayan benzersiz toplulukları vardı. Örneğin akçaağaç ağaçları, akçaağaç şurubunun yapıldığı tatlı özsuyuyla beslenebilecek çok daha fazla şeker yiyen uzmana sahipti. Bu arada, doğu baldıran otu gibi çürümeye direndiği bilinen ağaç türleri, en düşük mikrop bolluğuna sahipti.

Ortalama bir ağaç gövdesinde 1 trilyondan fazla mikrop yaşıyor | Bilim | ACAR (science.org): Ortalama bir ağaç gövdesinde 1 trilyondan fazla mikrop yaşıyor

Biyoinformatik Veri Üretme Dinamiği ve Geleceğe Dair Perspektif

Sadece insan genomu düşünüldüğünde genom sekanslama ve bilgi üretmede fiyat düşüşü bilgisayar teknolojilerindeki gelişmenin 5 katı hızla gerçekleşmektedir. Kişilerin özel olarak kendi genomlarını sekanslamanın ötesinde hastalık ve diğer genetik faktörlerin araştırılması için de laboratuvarlarda yoğun bir sekanslama ve veri üretme işlemi devam etmektedir. Üretilen bu verinin analiz edilmesi bir tarafa sadece saklanması ciddi bir sorun teşkil etmektedir ve bu verinin kaydedilmeksizin bütünüyle ve kolaylıkla depolanması için birçok sistem önerilmiştir. Basitçe rakamlara dönüştürülecek olursa her bir basın dijital depolanması yaklaşık 2 bit yer tutmaktadır. İnsanda 3.200.000.000 kadar baz vardır ve sadece bir insana ait DNA bilgisinin dijital kodu 800MB civarında yer tutmaktadır. Ancak bu temiz genomun elde edilmesi sırasında aynı bölgenin tekrar tekrar okunması gerekmektedir. Eldeki en iyileri teknoloji olan Illummina cihazı insan genomu için yaklaşık 100 GB veri üretmektedir. Dünyada yaşayan tüm insanın genom verilerinin depolanması dünyadaki tüm dijital veri depolama araçlarından daha fazladır. Buna diğer canlılarda devam eden sekansama çalışmaları da eklenince sorunun ne kadar büyük olduğu anlaşılacaktır. Bundan dolayı etkin veri depolama ile ilgili olarak farklı önerilerde dile getirilmektedir.
Makine sayısındaki bu artışla beraber özellikle de illumina sakatlama platformunun ortaya çıkması ile beraber sekanslama fiyatlarında sert düşüş buna paralel olarak da sekanslardan genomlarda artış gözlenmiştir.

Şekil) Bir genoma ait sekanslama maliyetlerindeki düşüşün tarihsel seyri (Kaynak : Illummina web kaynaklarından değiştirilerek)

Kaynak : Şakiroğlu, M. 2021.”Genomik Analizler İçin Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ Ankara 1-4

İnsan hava yolu epitelinde SARS-CoV-2’nin neden olduğu başlatıcı hücre ölümü olayı!

SARS-CoV-2 enfeksiyonu, hastalığın şiddetine katkıda bulunan çoklu hücre ölüm yollarını tetikler. Burada, Liang ve ark. SARS-CoV-2 enfeksiyonu sırasında ve COVID-19 hastalarından otopsi yapılan akciğerlerde anjiyotensin dönüştürücü enzim 2 (ACE2) eksprese eden hücrelerde ve birincil insan hava yolu epitelyal (HAE) hücre kültürlerinde karakterize hücre ölümü mekanizmaları. Nekrotoz, hücre ölümünün birincil şekliydi ve viral Z-RNA’nın Z-DNA bağlayıcı protein-1’e (ZBP-1) bağlanmasıyla indüklendi. Enfekte ve seyirci hücrelere apoptoz uygulandı, ancak sınırlayıcı seyreltme analizi, apoptozun bir seyirci etkisi olduğunu gösterdi. Delta varyantı, Omicron ile karşılaştırıldığında çok daha fazla Z-RNA/ZBP-1 etkileşimine ve nekrotoza neden oldu, bu nedenle daha yüksek hastalık şiddeti ile ilişkili bir mekanizma olduğunu düşündürdü. —Christiana N. Fogg

Virüs kaynaklı hücre ölümü, COVID-19 patolojisine önemli bir katkıda bulunur. Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2’nin (SARS-CoV-2) neden olduğu hücre ölümü, miyeloid hücrelerde iyi çalışılmıştır, ancak birincil konakçı hücre tipi olan anjiyotensin dönüştürücü enzim 2’de (ACE2) daha az çalışılmıştır. SARS-CoV-2, HAÖ organotipik kültürlerinde apoptoz, nekrotoz ve piroptozu indükler. Tek hücreli ve sınırlayıcı seyreltme analizi, enfekte hücrelerde nekrotozun birincil hücre ölümü olayı olduğunu, enfekte olmayan seyircilerin apoptoza maruz kaldığını ve piroptozun enfeksiyon sırasında daha sonra ortaya çıktığını ortaya koydu. Mekanik olarak nekrotoz, COVID-19 hastalarından alınan HAÖ ve akciğer dokularında viral Z-RNA’nın Z-DNA bağlayıcı protein 1’e (ZBP1) bağlanmasıyla indüklenir. İnsanlarda Omicron’dan (B1.1.529) daha şiddetli hastalığa neden olan Delta (B.1.617.2) varyantı, hayvan modellerinde büyüklük sıralarında daha büyük Z-RNA/ZBP1 etkileşimleri, nekrotoz ve hastalık şiddeti ile ilişkilidir. Böylece Delta, sağlam ZBP1 aracılı nekrotozu ve daha fazla hastalık şiddetini indükler.

SARS-CoV-2’nin insan hava yolu epitelinde neden olduğu başlatıcı hücre ölümü olayı | Bilim İmmünolojisi (science.org): İnsan hava yolu epitelinde SARS-CoV-2’nin neden olduğu başlatıcı hücre ölümü olayı!