3D baskılı kan damarları, yapay organları gerçeğe yaklaştırıyor…

Yeni baskı yöntemi, kalp dokusunda insan damar sisteminin yapısını in vitro olarak kopyalayan dallanan damarlar oluşturur

Laboratuvarda yetiştirilen organlar, henüz elde edilmemiş olan organ mühendisliğinin uzun süredir devam eden bir ‘kutsal kâsesi’dir, ancak yeni araştırmalar, co-SWIFT adı verilen yeni bir 3D baskı yöntemi kullanarak bu hedefi gerçeğe büyük bir adım daha yaklaştırmıştır. co-SWIFT, düz kas hücreleri ve endotel hücreleri ile canlı insan kalp dokusuna aşılanan çift katmanlı damarların dallanma ağlarını basar ve hatta hastaya özgü vasküler yapıları çoğaltabilir, bu da bir gün kişiselleştirilmiş tıp için kullanılabileceğini gösterir.

Vücut dışında büyüyen fonksiyonel insan organları, organ nakli tıbbının uzun zamandır aranan ve hala belirsiz olan bir “kutsal kâse” dir. Harvard’ın Wyss Biyolojiden Esinlenen Mühendislik Enstitüsü ve John A. Paulson Mühendislik ve Uygulamalı Bilimler Okulu’ndan (SEAS) yapılan yeni araştırmalar, bu arayışı tamamlamaya büyük bir adım daha yaklaştırıyor.

Bilim insanlarından oluşan bir ekip, düz kas hücrelerinin farklı bir “kabuğuna” sahip birbirine bağlı kan damarlarından ve sıvının içinden geçebileceği içi boş bir “çekirdeği” çevreleyen endotel hücrelerinden oluşan vasküler ağları 3D yazdırmak için yeni bir yöntem yarattı. Bu vasküler mimari, doğal olarak oluşan kan damarlarınınkini yakından taklit eder ve implante edilebilir insan organları üretebilme yolunda önemli bir ilerlemeyi temsil eder. Başarı, Advanced Materials dergisinde yayımlandı.

“Önceki çalışmalarda, canlı bir hücresel matris içindeki içi boş kanalları modellemek için “fonksiyonel dokuda kurban yazı” (SWIFT) olarak bilinen yeni bir 3D biyo-baskı yöntemi geliştirdik. Burada, bu yönteme dayanarak, doğal kan damarlarında bulunan çok katmanlı mimariyi özetleyen, birbirine bağlı bir endotel oluşturmayı kolaylaştıran ve kan akışının iç basıncına dayanacak şekilde daha sağlam hale getiren koaksiyel SWIFT’i (ko-SWIFT) tanıtıyoruz” dedi ilk yazar Paul Stankey, SEAS’ta ortak kıdemli yazar ve Wyss Core Fakülte üyesi Jennifer Lewis’in laboratuvarında yüksek lisans öğrencisi, Dr.D.

Ekip tarafından geliştirilen en önemli yenilik, basılı kapları oluşturan “mürekkepler” için bağımsız olarak kontrol edilebilen iki sıvı kanalına sahip benzersiz bir çekirdek kabuk nozuluydu: kollajen bazlı bir kabuk mürekkebi ve jelatin bazlı bir çekirdek mürekkebi. Nozülün iç çekirdek haznesi, kabuk haznesinin biraz ötesine uzanır, böylece nozül, insan dokularının ve organlarının perfüzyon yoluyla yeterli oksijenlenmesi için birbirine bağlı dallanma ağları oluşturmak üzere önceden basılmış bir kabı tamamen delebilir. Kapların boyutu, baskı sırasında baskı hızı veya mürekkep akış hızları değiştirilerek değiştirilebilir.

Yeni co-SWIFT yönteminin işe yaradığını doğrulamak için, ekip önce çok katmanlı kaplarını şeffaf granül bir hidrojel matrisine bastı. Daha sonra, damarları, canlı kas dokusunun yoğun, lifli yapısını kopyalayan gözenekli kollajen bazlı bir malzemeden oluşan uPOROS adı verilen yakın zamanda oluşturulmuş bir matrise bastılar. Bu hücresiz matrislerin her ikisinde de dallanan vasküler ağları başarılı bir şekilde basabildiler. Bu biyomimetik kaplar basıldıktan sonra, matris ısıtıldı, bu da matris ve kabuk mürekkebindeki kollajenin çapraz bağlanmasına ve kurban jelatin çekirdek mürekkebinin erimesine neden oldu, bu da kolayca çıkarılmasını sağladı ve açık, perfüze edilebilir bir damar sistemi ile sonuçlandı.

Kaynak : https://www.sciencedaily.com/releases/2024/08/240807225648.htm

Covid varyantı JN.1, sadece bir mutasyon nedeniyle baskın hale gelmiş olabilir

Covid-19 varyantı JN.1, spike proteinindeki kritik bir mutasyon nedeniyle antikorlardan kaçmış ve küresel olarak yayılmış olabilir.

JN.1, birçok insanın aşılanmasına ve daha önce covid-19 enfeksiyonu geçirmesine rağmen geniş çapta yayıldı.

Bir mutasyon için çok önemli olabilirdi. COVID-19 Salgını JN.1 varyantı geçen yıl dünya çapında hızla yayıldı ve virüsün ne kadar hızlı adapte olabileceğini gösterdi.

“JN.1’deki tek bir mutasyon, antikor tepkisinden kaçması için anahtardı ve bu yüzden küresel olarak yayılabildi” diyor Emanuele Andreano İtalya’daki Toscana Yaşam Bilimleri Vakfı’nda.

Omicron varyantının bir alt varyantı olan JN.1, ilk olarak Ağustos 2023’te Lüksemburg’da tespit edildi. Ocak ayının sonunda, yüzde 88’ini oluşturuyordu, ABD, İngiltere ve Avustralya’da kaydedilen enfeksiyonların sırasıyla yüzde 85 ve yüzde 77’si. Selefi BA.2.86, bilinen küresel enfeksiyonların yüzde 5’inden fazlasını hiçbir zaman oluşturmadı.

JN.1 ve onun soyundan gelenler dünya çapında en çok bildirilen covid-19 varyantları olmaya devam ederken, Andreano ve meslektaşları nasıl bu kadar geniş bir alana yayıldığını araştırmak istedi. Genetik dizileme daha önce, virüsün konakçı hücreleri enfekte etmek için kullandığı spike proteinindeki BA.2.86 ile karşılaştırıldığında ek bir mutasyona işaret ediyordu.

Daha fazla bilgi edinmek için Andreano ve meslektaşları 899 tür analiz etti. Antikor daha önce tümü iki veya üç doz mRNA covid-19 aşısı almış ve önceki varyantlarla enfeksiyonları doğrulanmış 14 kişiden toplanan kan örneklerinden.

Devamını oku https://www.newscientist.com/article/2443341-covid-variant-jn-1-may-have-become-dominant-due-to-just-one-mutation

DNA Dizileme Yöntemleri

Bu yazımızda DNA dizileme yöntemlerine ilişkin bir takım bilgiler paylaşmayı hedefliyoruz. DNA dizileme neden yapılır, hangi teknikler kullanılır, bizlere nasıl bir fayda sağlar gibi farklı alt başlıklarda kısaca konuyu toparlayacağız.

DNA dizilemeyi basitçe şu şekilde tanımlayabiliriz; bir DNA ipliğinde bulunan 4 farklı bazın (A,G,C,T), kesin ve doğru bir sırada dizilenmesine DNA dizilimi (DNA sequencing) denir.

Öncelikle insanlarda genetik yapıya  geri dönüş yapalım ve bazı sayısal bilgilerden söz edelim. Bildiğiniz gibi insanlar 23 çift kromozoma yani toplamda 46 kromozoma sahiptirler ve bu kromozomlar 50,000,000 dan 300,000,000 a kadar değişen baz çifti (A-T, G-C bazlarının karşılıklı ipliklerde kimyasal bağlarla -hidrojen bağı-  birleşerek oluşturdukları çift yapı) içerirler. Bu da yaklaşık olarak 3,2 milyar DNA bazına tekabül eder.  Sayıyı düşündüğümüz zaman oldukça uzun bir DNA zincirine sahip olduğumuz hakkında doğrudan çıkarım yapabiliriz. Peki bu uzunlukta bir DNA ipliğini baştan sona sürekliliğini bozmadan dizilemek mümkün müdür? Günümüzde geliştirilmiş olan tekniklere bakacak olursak, cevabımız hayır. DNA dizilimi yapılabilmesi için öncelikle bu uzun iplikli molekülü küçük parçalara bölmemiz gerekir. Daha sonra tüm kısa DNA parçalarının dizilemesi yapılır ve bilim insanları elde edilen verileri birleştirerek genetik bir harita oluşturur. Günümüzde bir insanın genomu -3,2 milyar baz- saatler içerisinde dizilenebilir.

SANGER Dizileme

Genom dizileme, mutasyonları direk olarak saptama adına önemli bir tekniktir. Tarihte geliştirilen ilk en doğru DNA dizileme tekniği Sanger dizilemedir. 1977 yılında Frederick Sanger tarafından geliştirilen bu metodun prensibi dideoksi nükleotitler ile zincir sonlandırmadır.

Dideoksi nükleotit, DNA zincirindeki şeker molekülünün 2’ ve 3’ karbon uçlarında hidroksil grubunu bulundurmayan nükleotitlerdir. Bu yapı taşları DNA zincirine eklendiği anda hidroksil grubu eksikliği nedeni ile DNA ipliğine başka bir nükleotit eklenemez ve zincir sonlanmış olur. Bu metodu uygulamak için dört farklı tüpe dizilemek istenilen alanı içeren DNA parçaları (PCR malzemeleri kullanılarak aynı sekans çoğaltılır ve birden fazla DNA parçası elde edilir), primer, nükleotitler, DNA polimeraz enzimi(yeni ipliği sentezlemek için) ve dideoksi nükleotitler eklenir. Her tüpe bir tür dideoksi nükleotit eklenir. Dizi okumasını sağlamak amacıyla dideoksi nükleotitlere işaretleme yapılır. Gelişen yöntemler ile floresan boyalı işaretlemeler yapılmaktadır. Elimizdeki tüm malzemeler dört farklı tüpte birleştirilir. Sonuç olarak farklı uzunluklarda parçalar elde edilir. Burada önemli olan nokta her tüpe yalnızca bir tür dideoksi nükleotit eklenmiş olmasıdır. Örneğin 1. tüpe ddATP, 2. tüpe ddGTP 3.tüpe ddCTP, 4.tüpe ddTTP eklenir. 

Bu dideoksi nükleotitler çoğaltılmış olan DNA molekülünü farklı uzunluklarda sonlandırır. Daha sonra dizilemeyi yapmak amacıyla kapiler jel elektroforezinde DNA parçaları yürütülür. Kısa parçalar uzun parçalara göre hızlı bir şekilde hareket ederler. Lazer ışınları ile gerçekleştirilen yansıma kromatogram ile DNA dizisinin okunmasında görev alır.  Jel sonuçlarına göre aşağıdan başlayarak yukarı doğru lazer ile işaretlenmiş parçalar saptanır ve elde edilen veriler ile istediğimiz DNA sekansını dizilemeyi başarıyla tamamlamış oluruz.

Sanger dizileme yönteminin birçok avantajı ve dezavantajı bulunmaktadır. Avantajlarından bahsedecek olursak; Eğer yalnızca belli spesifik bir gen dizilemesine bakılmak isteniyorsa, gen dizisindeki kısa bir bölgeye bakılmak isteniyorsa, bilinen bir mutasyon için dizileme isteniyorsa, tüm genomu dizilemek yerine Sanger metodunu kullanmak daha hızlı ve ucuz bir yöntem olabilir. Hata oranı en düşük olan dizileme yöntemidir. Ancak dezavantajlarına değinmek gerekirse; tüm bir genom dizilenmek istendiğinde oldukça pahalı bir yöntemdir. Her bir reaksiyonda 250-500 baz çifti dizilemesi yapılabilir. Dizilerin kısa olması sebebiyle çok sayıda DNA parçası çoğaltımı gerektirir bu da maliyeti yükseltir. Geliştirilmiş olan diğer yöntemlere göre daha yavaştır. İnsan genom projesinde de genom dizilimi Sanger metodu ile yapılmıştır ve 13 yıl sürmüştür.

DNA Dizileme Yöntemleri (biyoinformatikdunyasi.blogspot.com): DNA Dizileme Yöntemleri

Omik Nedir?

Biyoloji bilim dalında, ek olarak kullanılan “–omik”, geniş biyolojik moleküllerin incelenmesi adına yapılan çalışmaları ifade eder. Birden fazla farklı teknolojilerin bir araya getirilerek moleküller arasındaki ilişkileri, moleküllerin rollerini ve bir organizmayı yapan tüm hücrelerin etkilerini araştırmak, omik denilen terim ile ifade edilir.

Omik teknolojilere örnek verecek olursak; genomik, proteomik, metabolomik, transkriptomik, epigenomik gibi birçok alan mevcuttur.

Omik teknolojiler, bir tür içinde veya farklı türler arasındaki DNA, RNA, protein ve hücresel moleküller arasında bulunan farklılıkları incelemek için ihtiyaç duyulan araçları sağlar. Omik deneyler, hücre içindeki fonksiyonel ve yapısal değişikliklerle çok büyük veriler üretebilir.

Genomik

Genomik, organizmaların tüm genomlarını fonksiyonel ve yapısal olarak inceleyen ve genetikte bulunan öğeleri birleştiren bilim dalına denir. Bu bilim dalı, rekombinant DNA, biyoinformatik ve DNA dizileme metodlarının kombinasyonunu kullanarak, dizileme ve bir araya toparlamayı gerçekleştirerek genoma ait yapıyı ve fonksiyonları analiz eder. Klasik genetikteki  bir tek geni incelemek yerine bütün genomu inceleyen genomik dalı, organizmaya ait tüm DNA dizilerinin kullanımı ile bunu gerçekleştirir.

Genomik dalının önemli bir bölümü kromozomlardaki kalıtımın ana birimi olan  genomik DNA nın dizisini belirlemektir. Tarihsel olarak bakıldığı zaman DNA dizilemesi adına yapılan çalışmalar 1970 li yıllara kadar uzanmaktadır. DNA yapısının keşfi ile bu moleküle olan merak yıldan yıla artmıştır ve DNA nın dizilemesini gerçekleştirmek için bir çok yöntem geliştirilmiştir. 2003 yılında insan genomunun dizilenmesi ile insana ait genetik haritanın ortaya çıkarılması bu alanda çok büyük bir yankı uyandırmıştır.

Genomik bilim dalının gelişmesiyle birlikte bu alana ait birçok alt dal da oluşmaya başladı. Bunlardan en önemlileri fonksiyonel genomik, karşılaştırmalı genomik, yapısal genomik ve farmakogenomiktir. Fonksiyonel genomik, DNA, RNA ve proteinlere ait dizilerin analiz edilerek, hücredeki rollerini belirlemede kullanılır.  Farklı bilgisayar algoritmalarının ve veritabanlarının moleküler biyolojide uygulanması ile analizler gerçekleştirilir. Karşılaştırmalı genomik, organizmalardaki evrimsel ilişkileri inceleyerek aradaki farklılıklar hakkında bilgi sunar.  Aynı zamanda farklı organizmaların birbirine olan genetik benzerliği hakkında da birçok veri elde edilebilir. Bu aşamalar genom dizisinin tamamının bilinmesi ile daha net ve güvenilir sonuçlar verir. Farmakogenomik dalı kişiye özel tıp terimi ile bağdaştırılabilir, çünkü bir ilacın kişi üzerindeki etkisinin incelenmesini sağlar. İlaçlar her bireyde aynı etkiyi göstermeyebilir. Bu nedenle farmakogenomik çalışmaların önemi ve katkısı ilaçların bireyler üzerindeki etkisini veya toksisitesini anlamada çok büyüktür.

Proteomik

Proteom bir organizmada veya sistemde üretilen protein dizisine verilen isimdir. Proteomik ise geniş manada proteomun incelenmesini sağlayan bilim dalıdır. Proteom sabit değildir. Yani hücreden hücreye farklılık gösterebilir ve zamanla değişebilir. Proteomik dalının kullanım alanları şöyledir; 

  •  Proteinlerin nerede ve ne zaman üretildiğini belirlemek
  •  Protein üretiminin oranını belirlemek
  • Yapısal olarak proteinlerin nasıl değiştiğini incelemek
  • Metabolik yolaklarda proteinlerin fonksiyonunu belirlemek
  • Proteinlerin birbiri arasındaki etkileşimini incelemek

Proteomu derinlemesine araştırmak adına yüksek verimli teknolojiler geliştirilmiştir. Bu teknolojiler sayesinde birçok veri üretilebilmektedir. Bu verilerin saklanması ve depolanması için farklı veritabanları bulunmaktadır. (Bu veritabanlarından bir sonraki yazımızda bahsedeceğiz.)

Metabolomik

Metabolomik, belirli bir zamanda,  bir biyolojik sistemdeki küçük metabolik moleküllerin (örneğin vitaminler) sistematik olarak  kimliklerinin ve  miktarının belirlenmesini inceleyen  bilim  dalıdır. 

Küçük moleküller  metabolik  yolakları  takip ederek bir hücre içerisinde bulunan diğer biyolojik moleküllerle  etkileşim halinde enerji aktarımını sağlar. Küçük moleküllerin tamamına metabolom denir.

Metabolom  zamana bağlı  olarak  değişkenlik gösterebilir. Metabolomik bilim dalı, hücre ve dokuların belli başlı biyokimyasal aktivitelerini yansıttığı için güçlü bir araçtır.

Transkriptomik

Transkriptomik, genom tarafından belli koşullar altında üretilen RNA transkript setinin tamamını inceleyen bilim dalına verilen addır. Bu bilim dalında da diğer omik alanlarında olduğu gibi yüksek verimli metodlar (örneğin mikrodizi analizleri) kullanılır. 

Transkriptomların karşılaştırılması ile ayrı hücre populasyonlarındaki farklı ifade edilen genlerin belirlenmesi gerçekleştirilir. Ayrıca farklı tedavi yöntemlerinde genlerin nasıl ekspresyon yaptığı da anlaşılabilir.

Bu bilim dalı özellikle transkriptlerin çevresel etkilerden, ilaçlardan, gelişmeden ve hormonlardan nasıl etkilendiği üzerindeki araştırmalar üzerine yoğunlaşır.  

Kaynakta belirtilen kaynakçalar:

Sherry L. Ward, PhD, MBA. ‘OMICS, BIOINFORMATICS, COMPUTATIONAL BIOLOGY.201. 

          www.alttox.org/mapp/emerging-technologies/omics-bioinformatics-computational-biology/

  • What is Genomics? (2012) 

          www.genomic.org.uk/

  • Anthony J.F. Griffiths.Genomics.University of British Columbia, Vancouver.2016
  • What is Proteomics?       

          www.ebi.ac.uk/training/online/course/proteomics-introduction-ebi-resources/what-proteomics

  • Metabolomics 

          www.nature.com/subjects/metabolomics

  • Transcriptomics

          www.nature.com/subjects/transcriptomics

  • Centre for Omics Sciences

          www.omicscentre.com/

Kaynak : Bu veriler https://biyoinformatikdunyasi.blogspot.com/2018/10/omik-veri.html ‘ den alınmıştır.

Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri, Genomik ve Proteomik Analizler.

Moleküler biyoloji, canlı organizmaların yapısını, işlevini ve evrimini anlamak için moleküllerin yapısını, işlevini ve etkileşimlerini inceleyen bir bilim dalıdır. Temel ve ileri moleküler biyoloji yöntemleri, genomik ve proteomik analizler, moleküler biyolojinin temel araçlarıdır. Bu yöntemler, DNA, RNA ve proteinlerin yapısını, işlevini ve etkileşimlerini anlamak için kullanılır.

Temel Moleküler Biyoloji Yöntemleri

  • DNA Ekstraksiyonu: DNA, hücrelerden veya dokulardan izole edilir. Bu işlem, çeşitli yöntemlerle yapılabilir. En yaygın yöntemlerden biri, fenol-kloroform ekstraksiyonudur.
  • DNA Amplifikasyonu: DNA, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak çoğaltılır. PCR, DNA’nın belirli bir bölgesini milyonlarca kez çoğaltan bir yöntemdir.
  • DNA Elektroforezi: DNA, elektroforez kullanılarak boyutlarına göre ayrılır. Elektroforez, DNA’nın elektrik akımı altında hareket etmesiyle yapılır.
  • DNA Dizilemesi: DNA’nın nükleotid dizisi, DNA dizileme yöntemleri kullanılarak belirlenir. En yaygın DNA dizileme yöntemlerinden biri, Sanger dizilemesidir.
  • RNA Ekstraksiyonu: RNA, hücrelerden veya dokulardan izole edilir. Bu işlem, çeşitli yöntemlerle yapılabilir. En yaygın yöntemlerden biri, Trizol ekstraksiyonudur.
  • RNA Amplifikasyonu: RNA, ters transkriptaz PCR (RT-PCR) kullanılarak çoğaltılır. RT-PCR, RNA’nın önce DNA’ya dönüştürülmesi ve ardından DNA’nın PCR kullanılarak çoğaltılması işlemidir.
  • RNA Elektroforezi: RNA, elektroforez kullanılarak boyutlarına göre ayrılır. Elektroforez, RNA’nın elektrik akımı altında hareket etmesiyle yapılır.
  • RNA Dizilemesi: RNA’nın nükleotid dizisi, RNA dizileme yöntemleri kullanılarak belirlenir. En yaygın RNA dizileme yöntemlerinden biri, Illumina dizilemesidir.

İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri

  • Genomik Analizler: Genomik analizler, bir organizmanın genomunun yapısını ve işlevini anlamak için kullanılan yöntemlerdir. Genomik analizler, DNA dizileme, DNA mikrodizi analizi ve RNA dizileme gibi yöntemlerle yapılır.
  • Proteomik Analizler: Proteomik analizler, bir organizmanın proteomunun yapısını ve işlevini anlamak için kullanılan yöntemlerdir. Proteomik analizler, protein elektroforezi, kütle spektrometrisi ve protein dizileme gibi yöntemlerle yapılır.
  • Metabolik Analizler: Metabolik analizler, bir organizmanın metabolizmasının yapısını ve işlevini anlamak için kullanılan yöntemlerdir. Metabolik analizler, gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi (GC-MS), sıvı kromatografisi-kütle spektrometrisi (LC-MS) ve nükleer manyetik rezonans (NMR) gibi yöntemlerle yapılır.
  • Biyoinformatik Analizler: Biyoinformatik analizler, biyolojik verileri analiz etmek ve yorumlamak için kullanılan bilgisayar bilimi yöntemleridir. Biyoinformatik analizler, DNA dizisi analizi, RNA dizisi analizi, protein dizisi analizi ve metabolik veri analizi gibi alanlarda kullanılır.

Anahtar Fark – Genomik ve Proteomik

Genomik ve proteomik, moleküler biyolojinin iki önemli dalıdır. Genom, bir organizmanın genetik materyalidir. Organizmaların genetik bilgileri (genetik kodlar) ile yazılmış genleri içerir. Genom hakkında bilgi bulmak için yapılan çalışmalara genomik denir. Bir genin nükleotid dizisi, genetik kod aracılığıyla bir proteinin amino asit dizisini belirtir. Genler, mRNA’ya kopyalanır ve mRNA, gerekli proteinleri üretmek için çevrilir. Proteom, bir organizmanın toplam ifade edilen proteinlerini temsil eder. Bir hücredeki tüm protein setinin özelliklerini, yapılarını, işlevlerini ve ifadelerini bulmak için yapılan çalışmalara proteomik denir. Bu nedenle, genomik ve proteomik arasındaki temel fark, genomik, bir organizmanın genlerini inceleyen bir moleküler biyoloji dalıdır, proteomik ise bir hücredeki toplam proteinleri inceleyen moleküler biyolojinin bir dalıdır. Genomik çalışmalar, bir organizmanın genlerinin yapısını, işlevini, yerini, düzenlenmesini anlamak için önemlidir. Proteinler hücrelerdeki gerçek fonksiyonel moleküller olduğundan ve gerçek fizyolojik koşulları temsil ettiğinden proteomik çalışmaları daha faydalıdır.

Genomik nedir?

Genomik, bir organizmanın tüm genomunun incelenmesidir. Genomun (organizmaların eksiksiz DNA seti) yapısını ve işlevini araştırmak için rekombinant DNA teknolojisi, DNA dizilimi ve Biyoinformatik ile ilgilenen moleküler biyolojinin önemli bir dalıdır. DNA dört bazdan oluşur ve bir gen içindeki genetik bilgi, organizmayı oluşturmak için gerekli olan dört temel dilde yazılır. Genler protein yapımından sorumludur ve bir hücrede belirli bir proteini veya protein kümesini yapmak için talimatları taşıyan DNA birimleridir. Bu nedenle genlerle ilgili yapılan çalışmalar, karmaşık hastalıkların, genetik bozuklukların, mutasyonların, önemli gen düzenlemelerinin, genler ve çevresel faktörler arasındaki etkileşimlerin, hastalık teşhisinin, tedavi ve tedavilerin geliştirilmesi vb. gibi konuların anlaşılması için gerçekten önemlidir. Bu nedenle genomik çalışmalar çok önemlidir. tüm genlere ve bunların etkileşimlerine ve davranışlarına hitap ettiği için önemlidir.

Proteomik nedir?

Proteinler, hücrelerde bulunan temel makromoleküllerdir. Bir organizmada meydana gelen birçok fizyolojik fonksiyon için önemlidirler. Hemen hemen tüm biyokimyasal reaksiyonlar, hücrelerde bulunan proteinler tarafından katalize edilir. Genler, protein üretmek için genetik talimatlarla depolanır. Genetik kod, belirli bir proteini belirleyen bir amino asit dizisine dönüştürülür. Bu süreç bilinen gen ifadesidir. Gerektiğinde genler protein olarak eksprese edilir ve sentezlenir. Bir hücrenin tüm protein seti, proteom olarak bilinir. Bir hücrenin proteomunun incelenmesi, proteomik olarak bilinir. Proteinlerin hücresel süreçleri nasıl etkilediğini araştırmak için proteinlerin yapıları, özellikleri, etkileşimleri ve işlevleri proteomik altında incelenir.

Organizmalar, hücrelerde çeşitli işlevlere hizmet eden binlerce farklı protein içerir. Genler mRNA moleküllerini kodladığından ve mRNA proteinleri kodladığından, genomik çalışmalar proteomik çalışmaları gerçekleştirmek için önemli bilgiler sağlar. Proteomik çalışmaları birçok alanda önemlidir; bu özellikle kansere yol açan anormal proteinleri ortaya çıkarmak için kullanılabileceği kanser biyolojisinde faydalıdır.

Genomik ve Proteomik Arasındaki Fark | Bilim 2024 (what-difference.com): Anahtar Fark – Genomik ve Proteomik

Gerçek kan basıncını sürekli olarak ölçen ilk noninvaziv yöntem..

Cihaz, kan damarlarından kan basıncı verilerini toplamak için ses dalgalarını kullanır ve yanıtı ultrason ile izler.
Kaynak: Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü

Özet: Yeni cihaz, kan damarlarından kan basıncı verilerini toplamak için ses dalgalarını kullanıyor ve yanıtı ultrason ile izliyor. Rezonans sonomanometri adı verilen yeni teknik, evde, hastanelerde ve hatta muhtemelen uzak yerlerde daha iyi yaşamsal belirti izlemesi sağlama sözü veriyor.

Onlarca yıllık bir sorunu çözen Caltech araştırmacılarından oluşan multidisipliner bir ekip, vücudun herhangi bir yerindeki kan basıncını noninvaziv ve sürekli olarak ölçmek için bir yöntem buldu. Yeni tekniğe dayanan bir cihaz, evde, hastanelerde ve hatta muhtemelen kaynakların sınırlı olduğu uzak yerlerde daha iyi yaşamsal belirti izleme sözü veriyor.

Rezonans sonomanometrisi adı verilen yeni patentli teknik, bir arterdeki rezonansı nazikçe uyarmak için ses dalgalarını kullanır ve daha sonra arterin rezonans frekansını ölçmek için ultrason görüntülemeyi kullanır ve gerçek bir kan basıncı ölçümüne ulaşır. Küçük bir klinik çalışmada, hastalara ciltte hafif bir uğultu hissi veren cihaz, bakım standardı kan basıncı manşonu kullanılarak elde edilenlere benzer sonuçlar üretti.

Elektrik mühendisliği ve bilgisayar bilimleri profesörü ve PNAS Nexus dergisinde tekniği ve cihazı tanımlayan yeni bir makalenin yazarlarından biri olan Yaser Abu-Mostafa (PhD ’83), “Mutlak kan basıncını ölçebilen bir cihazla sonuçlandık – sadece kan basıncı manşetlerinden almaya alışkın olduğumuz sistolik ve diyastolik sayıları değil – tam dalga formunu da ölçebildik” diyor. “Bu cihazla kan basıncını sürekli olarak ve vücudun farklı bölgelerinde ölçebilirsiniz, bu da size bir kişinin kan basıncı hakkında çok daha fazla bilgi verir.”

“Bu ekip neredeyse on yıldır çalışıyor, fark yaratan, gerçek bir klinik sorunu çözecek kadar iyi bir şey inşa etmeye çalışıyor” diyor Aditya Rajagopal (BS ’08, PhD ’14), Caltech’te elektrik mühendisliği alanında misafir araştırmacı, USC’de biyomedikal mühendisliği araştırma yardımcı doçenti ve yeni makalenin ortak yazarı. “Apple ve Google gibi teknoloji devleri de dahil olmak üzere birçok grup, hastaneden eve kadar çeşitli hasta izleme olasılıklarını mümkün kıldığı için böyle bir çözüm üzerinde çalışıyor. Yöntemimiz, kan basıncı ve kalp sağlığı ölçümlerinin hastane düzeyinde izlenmesine erişimi genişletiyor.”

Gerçek kan basıncını sürekli olarak ölçen ilk noninvaziv yöntem | Bilim Günlüğü (sciencedaily.com): Gerçek kan basıncını sürekli olarak ölçen ilk noninvaziv yöntem..

Yeni biyomateryal eklemlerdeki hasarlı kıkırdağı yeniden büyütüyor..

Eklemlerde çok önemli bir bileşen olan kıkırdağın onarımı herkesin bildiği gibi zordur.

aynak:Kuzeybatı Üniversitesi

Özet: Bilim adamları, büyük bir hayvan modelinin diz eklemlerinde yüksek kaliteli kıkırdağı başarıyla rejenere eden yeni bir biyoaktif malzeme geliştirdiler. Yeni malzeme, doğal kıkırdağın mikro yapısını taklit eden peptitler, proteinler ve polisakkaritler içerir. Altı ay içinde, araştırmacılar yeni kıkırdak büyümesi gözlemlediler.Northwestern Üniversitesi bilim adamları, büyük bir hayvan modelinin diz eklemlerinde yüksek kaliteli kıkırdağı başarıyla yeniden oluşturan yeni bir biyoaktif malzeme geliştirdiler.

Lastik gibi bir yapışkan gibi görünse de, malzeme aslında kıkırdağın vücuttaki doğal ortamını taklit etmek için birlikte çalışan karmaşık bir moleküler bileşenler ağıdır.

Yeni çalışmada, araştırmacılar materyali hayvanların diz eklemlerindeki hasarlı kıkırdağa uyguladılar. Araştırmacılar, sadece altı ay içinde, eklemlerde ağrısız mekanik esneklik sağlayan doğal biyopolimerleri (kollajen II ve proteoglikanlar) içeren yeni kıkırdakların büyümesi de dahil olmak üzere gelişmiş onarım kanıtları gözlemlediler.

Araştırmacılar, daha fazla çalışma ile yeni malzemenin bir gün tam diz protezi ameliyatlarını önlemek, osteoartrit gibi dejeneratif hastalıkları tedavi etmek ve ACL yırtıkları gibi sporla ilgili yaralanmaları onarmak için potansiyel olarak kullanılabileceğini söylüyorlar.

Çalışma, Proceedings of the National Academy of Sciences dergisinde yayınlanacak.

“Kıkırdak eklemlerimizde kritik bir bileşendir,” diyor çalışmayı yöneten Northwestern’den Samuel I. Stupp. “Kıkırdak zamanla hasar gördüğünde veya parçalandığında, insanların genel sağlığı ve hareketliliği üzerinde büyük bir etkisi olabilir. Sorun şu ki, yetişkin insanlarda kıkırdak doğal bir iyileşme yeteneğine sahip değildir. Yeni tedavimiz, doğal olarak yenilenmeyen bir dokuda onarıma neden olabilir. Tedavimizin ciddi, karşılanmamış bir klinik ihtiyacı karşılamaya yardımcı olabileceğini düşünüyoruz.”

Rejeneratif nanotıbbın öncülerinden biri olan Stupp, Northwestern’de Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Kimya, Tıp ve Biyomedikal Mühendisliği Mütevelli Heyeti Profesörüdür ve burada Simpson Querrey Biyonanoteknoloji Enstitüsü ve ona bağlı merkezi Rejeneratif Nanotıp Merkezi’nin kurucu direktörüdür. Stupp’un McCormick Mühendislik Okulu, Weinberg Fen Edebiyat Fakültesi ve Feinberg Tıp Okulu’nda randevuları var. Stupp’un laboratuvarında eski bir doktora öğrencisi olan Jacob Lewis, makalenin ilk yazarıdır.

Yeni biyomateryal eklemlerdeki hasarlı kıkırdağı yeniden büyütüyor | Bilim Günlüğü (sciencedaily.com): Yeni biyomateryal eklemlerdeki hasarlı kıkırdağı yeniden büyütüyor..

Bakteriler genomlarının dışında gizli genleri kodlarlar – öyle mi?

Kaynak: Columbia Üniversitesi Irving Tıp Merkezi

Özet:Bakterilerdeki ‘döngüsel’ bir keşif, kendi genomumuzun yapısı hakkında temel soruları gündeme getiriyor ve yeni genetik tedaviler için potansiyel bir materyal kaynağını ortaya çıkarıyor.

Bakterilerdeki “döngüsel” bir keşif, kendi genomumuzun yapısı hakkında temel soruları gündeme getiriyor ve yeni genetik tedaviler için potansiyel bir malzeme kaynağını ortaya çıkarıyor.

Genetik kod ilk kez 1960’larda çözüldüğünden beri, genlerimiz açık bir kitap gibi görünüyordu. Kromozomlarımızı bir romandaki cümleler gibi doğrusal harf dizileri olarak okuyarak ve kodunu çözerek, genomumuzdaki genleri tanımlayabilir ve bir genin kodundaki değişikliklerin sağlığı neden etkilediğini öğrenebiliriz.

Bu doğrusal yaşam kuralının, insanlardan bakterilere kadar tüm yaşam formlarını yönettiği düşünülüyordu.

Ancak Columbia araştırmacıları tarafından yapılan yeni bir çalışma, bakterilerin bu kuralı çiğnediğini ve serbest yüzen ve geçici genler oluşturabildiğini ve benzer genlerin kendi genomumuzun dışında var olma olasılığını artırdığını gösteriyor.

“Bu keşfin alt üst ettiği şey, kromozomun, hücrelerin protein üretmek için kullandığı tüm talimatlara sahip olduğu fikridir” diyor Vagelos Doktorlar ve Cerrahlar Koleji’nde biyokimya ve moleküler biyoloji profesörü olan Samuel Sternberg, araştırmayı tıp fakültesinde MD / PhD öğrencisi olan Stephen Tang ile birlikte yürütüyor.

“Artık biliyoruz ki, en azından bakterilerde, genomda korunmayan ve yine de hücrenin hayatta kalması için gerekli olan başka talimatlar olabilir.”

“Şaşırtıcı” ve “uzaylı biyolojisi”

Bilimsel tepki, birkaç ay önce, makale ilk kez bir ön baskı olarak ortaya çıktığında haber olmuştu. Bir Nature News makalesinde, bilim adamları keşfi “uzaylı biyolojisi”, “şaşırtıcı” ve “şok edici” olarak nitelendirdiler.

Tang, “Bizi defalarca inançsızlık içinde bıraktı” diyor ve “mekanizma yavaş yavaş ortaya çıktıkça şüpheden şaşkınlığa geçtik.”

Bakteriler ve virüsleri, DNA’larını bakteri genomuna enjekte etmeye çalıştıkları ve bakteriler kendilerini savunmak için kurnaz yöntemler (örneğin CRISPR) geliştirdikleri için çağlar boyunca savaşa kilitlenmiştir. Birçok bakteri savunma mekanizması keşfedilmemiştir, ancak yeni genom düzenleme araçlarına yol açabilir.

Bakteriler genomlarının dışındaki gizli genleri kodlarlar… Öyle mi? | Bilim Günlüğü (sciencedaily.com): Bakteriler genomlarının dışında gizli genleri kodlarlar – öyle mi?

Stresli beyin bağışıklık sistemini nasıl zayıflatabilir?

Stres, bağırsak mikrobiyomunun düzensizliğine yol açar ve bu da iltihaplanmaya ve vücudun enfeksiyonu savuşturma yeteneğinde bir düşüşe neden olur.

Sanatçı: Sara Reardon

Vagus siniri, amigdala (kırmızı; sanatçının illüstrasyonu) adı verilen beyin bölgesini bağırsaktaki Brunner bezleri için sinirlere bağlar.Kredi: Sebastian Kaulitzki / Bilim Fotoğraf Kütüphanesi

Bir araştırmaya göre, stres insanları hasta hissettirebilir ve bağırsaktaki bakteriler suçlanabilir1 farelerde. Araştırma, stresli bir beynin bağırsaktaki belirli bezleri doğrudan kapattığını, bağırsak bakterilerini ve vücudun daha geniş bağışıklık sistemini etkilediğini gösteriyor.

Çalışmayı gözden geçiren İrlanda’daki University College Cork’tan sinirbilimci John Cryan, çalışmanın “teknik bir güç gösterisi” olduğunu söylüyor. Bağırsak-beyin bağlantısı üzerine yapılan çalışmaların çoğu, bakterilerin beyni nasıl etkilediğine odaklanmıştır, bu nedenle Cryan, psikolojik durumların bakterileri ‘yukarıdan aşağıya’ nasıl kontrol edebileceğine dair araştırmaları memnuniyetle karşılamaktadır. “Bu, yapbozun gerçekten harika bir parçası” diyor. Araştırma 8 Ağustos’ta Cell bülteninde yayımlandı.

Bağırsak-beyin muhabbeti

Araştırmacılar uzun zamandır bağırsak ve beynin birbiriyle ‘konuştuğunu’ biliyorlar. Stres altında beyin, inflamatuar bağırsak hastalığı gibi bağırsak rahatsızlıklarını tetikleyebilecek hormonların salınımını teşvik eder. Bağırsaktaki bazı bakteriler beyni ve davranışı etkileyen kimyasal sinyalleri serbest bırakabilir.

Ancak sinirsel iletişim yolları daha az anlaşılmıştır. Daha fazla bilgi edinmek için, Almanya’nın Tübingen kentindeki Max Planck Biyolojik Sibernetik Enstitüsü’nden sinirbilimci Ivan de Araujo ve meslektaşları, ince bağırsağın duvarlarında bulunan Brunner bezleri adı verilen küçük organlara odaklandı. Bu bezler hakkında çok az şey bilinmektedir, bunun dışında mukus üretirler ve çok sayıda nöron içerirler.

De Araujo’nun ekibi, farelerin Brunner bezlerinin çıkarılmasının hayvanları enfeksiyona karşı daha duyarlı hale getirdiğini buldu. Aynı zamanda iltihaplanma belirteçlerini, bir bağışıklık kimyasalları selini ve dokulara zarar verebilecek hücreleri de artırdı. Ekip, insanlarda da benzer bir etki gördü: Brunner’in bezlerini içeren bağırsakların bir kısmından tümörleri çıkarılan insanlar, diğer bölgelerden tümörleri çıkarılmış olan insanlardan daha yüksek seviyelerde beyaz kan hücrelerine (iltihaplanma belirteci) sahipti.

Kat hizmetleri bakterileri

Daha yakın analizler, Brunner bezlerinin farelerden çıkarılmasının, ince bağırsakta yaşayan Lactobacillus cinsindeki bakterileri ortadan kaldırdığını gösterdi. Sağlıklı bir gastrointestinal sistemde, Lactobacilli, bağırsağı kaplayan hücreler arasında harç görevi gören proteinlerin üretimini uyarır ve belirli besinlerin kan dolaşımına girmesine izin verirken bağırsak içeriğinin çoğunu içeride tutar. Ancak Lactobacilli gittiğinde, bağırsak ‘sızdırır’ ve “kana geçmemesi gereken şeyler bunu yapar”, diyor Araujo. Bağışıklık sistemi bu yabancı moleküllere saldırarak Brunner bezleri olmayan farelerde görülen iltihaplanma ve hastalığa neden olur.

Araştırmacılar daha sonra bezlerin nöronlarını incelediler. Nöronların, bağırsak ve beyin arasındaki bir iletişim yolu olan vagus sinirindeki liflere bağlandığını buldular. Bu lifler doğrudan beynin duygu ve stres tepkisinde rol oynayan amigdalaya gider. Sağlam Brunner bezlerine sahip fareleri kronik stres altına yerleştirmek, bezleri çıkarmakla aynı etkiye sahipti: Lactobacillus seviyeleri düştü ve iltihaplanma arttı. Bu, stresin Brunner bezlerini kapattığını gösteriyordu.

Stresli beyin bağışıklık sistemini nasıl zayıflatabilir? (nature.com): Stresli beyin bağışıklık sistemini nasıl zayıflatabilir?