Kategori Atölyeler

Nesli tükenme tehlikesi altında olan timsahlar Kamboçya’da geri döndü

Nesli tükenme tehlikesi altında olan timsahlar Kamboçya’da geri döndü için yorumlar kapalı

Kelly Ng tarafından , BBC haberleri

Bros Pov/Fauna & Flora Bir Siyam timsahı yavrusu
Siyam timsahları nesli tükenmekte olan bir türdür

Korumacılar, Kamboçya’nın 60 yavru Siyam timsahını dünyaya getirdiğini ve bunun bu yüzyılda nesli tükenme tehlikesi altında olan türler arasında bir rekor olduğunu söylüyor.

Uzak Cardamom Dağları’nda sürüngenlerin sayısını yeniden canlandırmak için 20 yıldan fazla süren çabaların ardından, bunu “gerçek bir umut işareti” olarak adlandırdılar.

Zeytin yeşili tatlı su sürüngeninin başının arkasında belirgin bir kemik çıkıntısı vardır; bazı tahminlere göre 3 metreye veya yaklaşık 10 ft’ye kadar büyüyebilir.

Korumacılar, perşembe günü yaptığı açıklamada, yerel halkın mayıs ayında beş yuva keşfettiğini ve yavru timsahların haziran ayı sonunda doğduğunu söyledi.

Hor Leng/Fauna ve Flora Timsah yumurtalarını keşfeden yerel korumacılar
Yerel halk Mayıs ayında beş timsah yuvası keşfetti

Siyam timsahları bir zamanlar Güneydoğu Asya’nın büyük bölümünde yaygın olarak bulunuyordu.

Ancak onlarca yıllık avlanma ve yaşam alanı kaybı, onları koruma kuruluşlarının “kritik derecede tehlike altında” türler olarak sınıflandırdığı türlere alıştırdı. Dünyada sadece 400 tane kaldılar – ve bunların çoğu Kamboçya’da.

Koruma grubu Fauna & Flora’nın Kamboçya programını yöneten Pablo Sinovas, vahşi doğada azalan popülasyonları göz önüne alındığında “60 yeni timsahın yumurtadan çıkması muazzam bir destek” dedi.

Bunun “ortak koruma çabaları” için son derece cesaret verici olduğunu da sözlerine ekledi; bu durumda çabalara korumacılar, yerel STK’lar ve Kamboçya hükümeti dahil oldu.

Timsahların, 2000 yılında Kamboçya’da yeniden keşfedilene kadar soylarının tükendiğinden endişe ediliyordu.

Sinovas, Fauna & Flora’nın, Cardamom Dağları’ndaki uygun yaşam alanlarına salınmadan önce esaret altında üremeleri için yerel yetkililerle birlikte bir program oluşturmak üzere çalıştığını söyledi.

Yerel toplum bekçileri, timsahların serbest bırakıldıktan sonra güvende olduğundan emin olmak için düzenli olarak dağları dolaşarak devriye geziyor.

Program 2012 yılından bu yana 196 Siyam timsahının doğaya geri bırakılmasını sağladı.

Mayıs ayında yerel halk, timsahların daha önce serbest bırakılmadığı bir alanda yuvalar keşfetti; bu, türün doğal yaşam alanında ürediğini gösteriyor.

Koruma ekibi daha sonra yuvaların 7/24 korunmasını sağlamak için görevli kişileri görevlendirdi; ta ki tüm yumurtalar çatlayana kadar ve 60 yavru Siyam timsahı dünyaya geldi.

Kaynak: https://www.bbc.com/news/articles/c87r3ygzljdo

Biyoinformatik Disiplinin Alt Alanları ( uğraşı alanları)

Biyoinformatik Disiplinin Alt Alanları ( uğraşı alanları) için yorumlar kapalı

Biyoinformatik oldukça yeni bir disiplin olmasına rağmen, bu disiplin içerisinde amaçları, teknikleri ve yaklaşımları birbirinden farklı birçok alt disiplin alanları mevcuttur. Bunları derli toplu listelemek gerekirse:

  1. Yapısal Biyoinformatik (Structural Bioinformatics)
  2. İlaç Tasarımları (Drug Designing)
  3. Filogenetik (Phylogenetics)
  4. Hesaplamalı Biyoloji (Computational Biology)
  5. Moleküler Popülasyon Analizleri (Molecular Population Analyses)
  6. Genotipleme ve Genotip Analizleri ( Genotyping And Genotype Analysis)
  7. Uç Bağlama Analizleri (Splicing Site Prediction)
  8. miRNA Tahmini ve Analizleri (miRNA Prediction And Analyses)
  9. RNA Yapı Tahminleri ( RNA Structure Prediction)
  10. Gen Tahminleri ( Gene Prediction)
  11. Transkripsiyon Faktörleri Bağlanma Bölgeleri Tahminleri (Transcription Factor Binding Site Prediction)
  12. Genom Anotasyonları (Genome Annotation)
  13. Ata Tahminleri (Ancestry Prediction)
  14. Matematiksel Modellemeler ( Mathematical Modelling)
  15. Etnik Köken Tahminleri (Ethnicity Prediction)
  16. Fonksiyonel Bölge Tahminleri ( Functional Domains Prediction)
  17. Motif Tahmini ve Eşleştirmesi ( Motif Prediction / Pattern Matching)
  18. Protein- Protein Etkileşimi ( Protein-Protein Interaction)
  19. Protein Katlanması (Protein Folding)
  20. Veritabanı Geliştirme (Database Development)
  21. Yazılım Geliştirme   (Software Development)
  22. Yeni Biyoinformatik Metotları ve Yaklaşımları Geliştirme (Developing Bioinformatics Methods/ Approaches)
  23. Primer Tasarımı (Primer Designing)
  24. Genetik Tarihin Modellenmesi (Modeling Genetics History)
  25. Kadim DNA (Ancient DNA)
  26. Popülasyon Genetiği Simülasyonları (Population Genetics Simulations)
  27. SNP Bulma (Finding SNPs)
  28. Tüm Genom İlişkilendirme Haritalamaları (Genomewide Association Studies)
  29. Sistem Biyolojisi (Systems Biology)
  30. Homoloji Araştırma (Homology Search)
  31. İşlemsel Genomik (Computational Genomics)

Kaynak: Şakiroğlu, M.  2021. “Genomik Analizler için Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ ANKARA: 3-4.

Biyoinformatikte Keşif Amaçlı Veri Analizi

Biyoinformatikte Keşif Amaçlı Veri Analizi için yorumlar kapalı

1977 yılında yazdığı kitabına verdiği aynı adla yaygınlaştırdığı bu yaklaşım ile john D. Tukey, verilerin net ve parametrik istatiksel modeller ile sınanmasından ziyade, devamlı olarak etkileşimli bir biçimde irdelenmesi ile yeni ipuçları ve cevaplar bulmayı önermiş ve veri analizinde bir prespektif değişimi önermiştir. bu yaklaşımda, verilere bir dedektif gibi yaklaşarak ipuçları bulmayı ve değerlendirme yapmayı daha üretken bir bakış açısı olarak formüle etmiştir. bu yaklaşım, sekans teknolojisinin bu kadar yaygınlaştığı ve moleküler araştırma laboratuvarları için rutin bir veri metodu haline geldiği bir düzlemde, üretilen bu devasa veri yığınlarının içerisinden biyolojik olarak anlamlı, tekrar edilebilir ve rutin olarak üretilebilir cevaplar bulmanın da yegane yolu bu yaklaşımdır. Bu nedenle genomik analiz için biyoinformatik yöntemler kitabı boyunca sunulan tüm biyoinformatik araç, yöntem ve platformlar verilerin bu keşif amaçlı analizlerini esas almaktadır.

Kaynak: Şakiroğlu, M.  2021. “Genomik Analizler için Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ ANKARA: 4-5

Biyoinformatik Veri Üretme Dinamiği ve Geleceğe Dair Perspektif

Biyoinformatik Veri Üretme Dinamiği ve Geleceğe Dair Perspektif için yorumlar kapalı

Sadece insan genomu düşünüldüğünde genom sekanslama ve bilgi üretmede fiyat düşüşü bilgisayar teknolojilerindeki gelişmenin 5 katı hızla gerçekleşmektedir. Kişilerin özel olarak kendi genomlarını sekanslamanın ötesinde hastalık ve diğer genetik faktörlerin araştırılması için de laboratuvarlarda yoğun bir sekanslama ve veri üretme işlemi devam etmektedir. Üretilen bu verinin analiz edilmesi bir tarafa sadece saklanması ciddi bir sorun teşkil etmektedir ve bu verinin kaydedilmeksizin bütünüyle ve kolaylıkla depolanması için birçok sistem önerilmiştir. Basitçe rakamlara dönüştürülecek olursa her bir basın dijital depolanması yaklaşık 2 bit yer tutmaktadır. İnsanda 3.200.000.000 kadar baz vardır ve sadece bir insana ait DNA bilgisinin dijital kodu 800MB civarında yer tutmaktadır. Ancak bu temiz genomun elde edilmesi sırasında aynı bölgenin tekrar tekrar okunması gerekmektedir. Eldeki en iyileri teknoloji olan Illummina cihazı insan genomu için yaklaşık 100 GB veri üretmektedir. Dünyada yaşayan tüm insanın genom verilerinin depolanması dünyadaki tüm dijital veri depolama araçlarından daha fazladır. Buna diğer canlılarda devam eden sekansama çalışmaları da eklenince sorunun ne kadar büyük olduğu anlaşılacaktır. Bundan dolayı etkin veri depolama ile ilgili olarak farklı önerilerde dile getirilmektedir.
Makine sayısındaki bu artışla beraber özellikle de illumina sakatlama platformunun ortaya çıkması ile beraber sekanslama fiyatlarında sert düşüş buna paralel olarak da sekanslardan genomlarda artış gözlenmiştir.

Şekil) Bir genoma ait sekanslama maliyetlerindeki düşüşün tarihsel seyri (Kaynak : Illummina web kaynaklarından değiştirilerek)

Kaynak : Şakiroğlu, M. 2021.”Genomik Analizler İçin Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ Ankara 1-4

DNA Ekstraksiyonu

DNA Ekstraksiyonu için yorumlar kapalı

Bir numune içerisindeki kan, tükürük saç gibi genetik bilgiyi taşıyan yapılardan DNA izole edilebilir. Bu işlem genellikle genetik materyalin laboratuvar ortamında steril bir şekilde izole edilerek; akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi, hastalık çalışmaları, yeni tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi ve daha birçok işlevde kullanılmaktadır. Bunun yanı sıra günlük yaşamda dahi kolay bir şekilde meyve ve sebzelerden DNA elde etmek mümkündür, aşağıdaki videoda görüldüğü gibi DNA izolasyonu sabun türü çözücü ve DNA’ya zarar vermeyecek yöntemlerle gerçekleştirilebilir. Bu işlem genetik mühendisliği, moleküler biyoloji ve genetik, biyomedikal araştırmalar ve forensik bilimler gibi birçok alanda kullanılır.

kaynak: https://www.youtube.com/watch?v=nq3raQX2mlA

İnsan ve Biyoinformatik

İnsan ve Biyoinformatik için yorumlar kapalı

Biyolojik sistemler ve olaylar hakkında toplanan bilgilerin sağlıklı biçimde değerlendirilmesi;
biyoloji yanında biyokimya, kimya ve tıp ile bilişim bilimleri, matematik ve istatistiğin
birleştirilmesi sonucu doğan yeni ve disiplinler arası bir bilim dalı olan biyoinformatik
sayesinde mümkündür. Biyoinformatik, biyolojik verinin işlenmesinde ve biyolojik
problemlerin çözümünde bilişim teknolojilerinin kullanılması esasına dayanmaktadır, ayrıca
biyolojik olayların moleküler düzeyde açıklanmasına da yardımcı olmaktadır. İnsan genomu
proje sonuçlarının 2001’de yayınlanması, biyoinformatiği multidisipliner bir bilim dalı haline
getirmiştir (Hogue, 2002). Biyoinformatiğin en temel hedefi, genetik kodumuzun yazılı olduğu
DNA’daki nükleotid diziliminden yola çıkarak hastalıklara sebep olan mekanizmayı anlamaya
çalışmak ve bu doğrultuda tedavi yöntemlerinin gelişimine katkı sağlamaktır.
Neden DNA’ya odaklanıyoruz? Vücudumuzda her biri kendine özgü işlevlere sahip organların
olduğunu hatırlayın. Organlar dokulardan oluşur. Dokular, benzer işlevleri yerine getiren
benzer türde hücre kümeleridir. Bu nedenle, hücrelerle çalışmak kolay ve ekonomiktir çünkü
bunlar organizmalardan daha basittirler, fakat yine de genetik olarak yeterince karmaşık kodlara
sahiplerdir. Hücreleri bir Petri kabına aktarıp uygun ortamları sağladığımız zaman gelişmiş
organizmalara kıyasla daha hızlı ve kolay büyüyebilir, çoğalabilirler. Her canlı tek bir hücre
olarak yaşamına başlar ve ebeveynlerinin fenotiplerinin çoğunu miras alır.

NSANVEBYONFORMATKT.ATICI_İndir

https://www.researchgate.net/profile/Tahir-Atici/publication/347899077_Insan_ve_Biyoinformatik/links/649471098de7ed28ba4ca9d8/Insan-ve-Biyoinformatik.pdf

Multidisipliner Yeni Bir Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Tıpta Uygulamaları

Multidisipliner Yeni Bir Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Tıpta Uygulamaları için yorumlar kapalı
https://prezi.com/p/70qeujo9ecda/biyoinformatik/

Biyolojik sistemler ve olaylar hakkında toplanan bilgilerin sağlıklı biçimde değerlendirilmesi; biyoloji yanında biyokimya, kimya ve tıp ile bilişim bilimleri, matematik ve istatistiğin entegrasyonunun sonucu doğan yeni ve interdisipliner bir bilim dalı olan biyoinformatik sayesinde mümkündür. Biyoinformatik, problemlerin çözümünde teknolojilerinin kullanılması esasına göre araştırmaların sonuçlarının ve araştırmaların çeşitliliğinin belirlenmesine yardımcı olur. Biyoinformatik, biyolojik bilgilerin yaratılması ve verilerinin saklanması için kullanılan araçtır.
Biyologmatik, tıbbi bilimlerde çok önemli bir rol Medikal bilimlerde son yıllardaki uygulamaların genel ekspresyon analizleri üzerine yoğunlaşmıştır. Genellikle farklı hastalıklardan etkilenen müşterilerin dinamikleri derlenerek, sağlıklı şirketlerinki ile karşılaştırılarak ve farklılıklardan hastalık güvenlik ve hedef ilaç tasarımına geçilmektedir. Bu sayede ekspresyona ulaşan proteine ​​erişilebilen noktaların tasarımı ve daha da önemlisi ekspresyon seviyesinde değişime neden olan transkripsiyon regülatörünün değişmesini sağlar. Bu bağlamda, ortamda mikro-dizi deneyleri gerçekleştirilerek, farmakolojik uygulamalarda cevabın değerlendirilmesi ve test edilmesi istenen toksikoloji verilerinin tahmininde ön bilgi edinilmesi söz konusudur.
Bu Makalede oldukça yeni bir bilim dalı olan biyoinformatikin tıpta ve farmakolojide kullanımı açıklanmaya çalışılmıştır.

Anahtar Kelimeler : Biyoinformatik, İlaç Dizaynı, Genomik.

Özet

Yeni bir çok disiplinli bilimsel dal: Biyoinformatik ve tıptaki uygulamaları

Biyolojik olarak toplanan bilgilerin sağlıklı bir şekilde değerlendirilmesi sistemler ve olaylar, tıp, biyokimya, kimya, bilişim, matematik ve istatistik ile biyolojinin birleştirilmesinden doğan yeni ve disiplinler arası bir bilim dalı olan biyoenformatik sayesinde mümkündür. Biyoenformatik, bilişim teknolojilerinden yararlanarak sorunları çözmek için temel alır. biyolojik problemler ve biyolojik olayların moleküler düzeyde açıklanmasına yardımcı olur. Biyoenformatik, biyolojik bilgi oluşturmak ve depolamak için veritabanlarının oluşturulmasıdır.
Biyoenformatik tıp bilimlerinde önemli bir rol oynar. Tıp bilimlerindeki son uygulamalar gen ifadesi analizlerine odaklanmıştır. Genel olarak, farklı hastalıklardan etkilenen hücrelerin ifadeleri derlenerek sağlıklı hücrelerin ifadeleriyle karşılaştırılır ve aralarındaki farklar hastalığı teşhis etmek ve hedef ilacı tasarlamak için kullanılır. Bu sayede, ifadeye konu olan proteine ​​bağlanabilecek bileşenler tasarlanabilir ve dahası, ifade düzeyinde değişikliğe neden olan transkripsiyon düzenleyiciler belirlenebilir. Bu bağlamda, mikro-dizi deneylerinin yapılması ve farmakolojik uygulamalarda yanıtın değerlendirilmesi, böylece test edilecek ilaçların toksisitesi hakkında ön bilgi edinilmesi söz konusudur. Bu derlemede,
çok yeni bir bilim dalı olan biyoenformatiğin tıp ve farmakolojideki kullanımını açıklamaya çalıştık.

10.17343-sdutfd.11012-196783İndir

Embriyo Oluşumu ve Gelişim Süreci

Embriyo Oluşumu ve Gelişim Süreci için yorumlar kapalı

Sağlıklı bir embriyo doğal yollar ile oluşabildiği gibi ebeveynlerin tüp bebek merkezlerine, kadın doğum polikliniklerine, uzman doktorlara veya uzman embriyologlara başvurması sonucunda kontrollü bir şekilde de gerçekleşebilir. Bir embriyo; yumurta ve spermin birleşmesi sonucunda hücrelerin oluşup bölünmeye başlaması ve ardından çoğalan hücrelerin zigotu oluşturması, zigotun mitoz bölünmelerle hücre sayısını artırarak embriyoyu oluşturması ve gelişimin başlaması safhalarını takip etmesiyle oluşmakta olduğu görülür. B süreçler sırasıyla şöyle gerçekleşmektedir;

ilk olarak zigot oluşumu gözlemlenmektedir: yumurta ve spermin doğru bir şekilde birleşmesine bağlı olarak oluşan zigot 3-4 gün içerisinde gösterdiği hızlı hücre bölünme ve çoğalmaları ile morulayı oluşturur. Morula denilen yapı 16-32 hücrelidir ve bu süreçte bölünme hızı yine hızlı bir şekilde devam etmekte olup 6-7 gün içerisinde anne karnındaki embriyonun neredeyse 100 tane hücresi kesin olarak oluşum gösterir. Bu hücreler orta kısmında sıvı dolu olan blastula yapısını oluşturur. Oluşan blastula yapısı anne rahmine tutunmak için endometriyuma ulaşarak rahim iç duvarına tutunur. Oluşan blastula yapısı gastrulasyon süreci ile ektoderm, mezoderm, endoderm yapılarını oluşturacaktır bu yapılardan da zamanla farklı organ ve yapılar meydana gelecektir. Embriyonun organogenez safhasında üç germ tabakasında farklılıkların başladığı görülmektedir; ektoderm sinir sistemi ve deri, mezoderm kas sistemi, iskelet sistemi ve dolaşım sistemi, endoderm yapısından da sindirim ve solunum sistemlerinin oluşumu gözlemlenmektedir. Tüm bu süreçler boyunca annenin ruh sağlığı dengede olmalı ve sağlıklı beslenmesine özen gösterilmelidir. Embriyo annenin sağlıklı beslenmesine bağlı olarak çok hızlı bir gelişim süreci göstermekte olup 1. aydan itibaren kordon bağı ile anneye bağlanır ve beslenmesini bu şekilde devam ettirir. Hamileliğin 8. haftasına kadar yani 2. ayının sonuna denk embriyo olarak nitelendirilen canlı 8. haftanın sonunda fetüs olarak nitelendirilmekte olup artık bir bireydir ve 40. haftaya kadar rahim içinde gelişimini devam ettirir. Tüm bu hamilelik aşamasında birey ebeveynlerinin genetik yapılarını hücrelerinde taşır fakat birebir anne ya da babaya benzemeyebilir çünkü hücre bölünmesi esnasında gerçekleşen mutasyonlar, annenin maruz kaldığı dış faktörler (UV, kimyasal, vs) ve bazı etkenler bireyin genlerine etki eder ve farklılıkların oluşmasına yol açar.

Yazar: Kifayet Beşirik

Moleküler veri depolama, işleme ve analiz için kullanılan temel dosya formatları

Moleküler veri depolama, işleme ve analiz için kullanılan temel dosya formatları için yorumlar kapalı

moleküler araçlar kullanılarak üretilen veriler verilerin doğasından( protein zincir verisi, DNA/RNA sekans verisi ya da moleküler markır verisi), üretildikleri platformların sunumundan, analizler sırasında kullanılan bilgisayar programlarının farklılıklarından ve en nihayetinde uzun vadeli depolama ve paylaşma veritabanlarının tercihinden dolayı farklı dosya formatları şeklinde depolanmaktadır. biyoinformatik analizlerin ilk basamağı da doğal olarak bu veri dosyası türlerini tanımak ve verilerin nasıl kodlandığını anlamak olacaktır. aşağıda sunum dosyasında en önemli ve yaygın dosya formatları ile ilgili genel bilgiler sunulmaktadır. Ayrıca her bir dosya ile ilgili verinin R programındaki görüntüsü de sunulmaktadır.

kaynak: Şakiroğlu, M.  2021. “Genomik Analizler için Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ ANKARA: 1-30.

bolum-2-4İndir