Biyoinformatik oldukça yeni bir disiplin olmasına rağmen, bu disiplin içerisinde amaçları, teknikleri ve yaklaşımları birbirinden farklı birçok alt disiplin alanları mevcuttur. Bunları derli toplu listelemek gerekirse:
- Yapısal Biyoinformatik (Structural Bioinformatics)
- İlaç Tasarımları (Drug Designing)
- Filogenetik (Phylogenetics)
- Hesaplamalı Biyoloji (Computational Biology)
- Moleküler Popülasyon Analizleri (Molecular Population Analyses)
- Genotipleme ve Genotip Analizleri ( Genotyping And Genotype Analysis)
- Uç Bağlama Analizleri (Splicing Site Prediction)
- miRNA Tahmini ve Analizleri (miRNA Prediction And Analyses)
- RNA Yapı Tahminleri ( RNA Structure Prediction)
- Gen Tahminleri ( Gene Prediction)
- Transkripsiyon Faktörleri Bağlanma Bölgeleri Tahminleri (Transcription Factor Binding Site Prediction)
- Genom Anotasyonları (Genome Annotation)
- Ata Tahminleri (Ancestry Prediction)
- Matematiksel Modellemeler ( Mathematical Modelling)
- Etnik Köken Tahminleri (Ethnicity Prediction)
- Fonksiyonel Bölge Tahminleri ( Functional Domains Prediction)
- Motif Tahmini ve Eşleştirmesi ( Motif Prediction / Pattern Matching)
- Protein- Protein Etkileşimi ( Protein-Protein Interaction)
- Protein Katlanması (Protein Folding)
- Veritabanı Geliştirme (Database Development)
- Yazılım Geliştirme (Software Development)
- Yeni Biyoinformatik Metotları ve Yaklaşımları Geliştirme (Developing Bioinformatics Methods/ Approaches)
- Primer Tasarımı (Primer Designing)
- Genetik Tarihin Modellenmesi (Modeling Genetics History)
- Kadim DNA (Ancient DNA)
- Popülasyon Genetiği Simülasyonları (Population Genetics Simulations)
- SNP Bulma (Finding SNPs)
- Tüm Genom İlişkilendirme Haritalamaları (Genomewide Association Studies)
- Sistem Biyolojisi (Systems Biology)
- Homoloji Araştırma (Homology Search)
- İşlemsel Genomik (Computational Genomics)
Kaynak: Şakiroğlu, M. 2021. “Genomik Analizler için Biyoinformatik Yöntemler”. Palme yayıncılık/ ANKARA: 3-4.