Wobble Hipotezi

Wobble hipotezi, genetik kodun çevirisi sırasında tRNA’nın antikodonunun üçüncü bazının mRNA’daki kodonun üçüncü bazına bağlanma şekliyle ilgilidir. Bu hipotez, Francis Crick tarafından 1966 yılında önerilmiştir ve tRNA moleküllerinin genetik kodun esnekliğini nasıl sağladığını açıklar.

  1. Genetik Kod ve tRNA:
    • Genetik kod, mRNA üzerinde üç nükleotitlik diziler (kodonlar) tarafından belirlenir.
    • Her kodon bir amino asidi kodlar ve protein sentezinde bu kodlar tRNA molekülleri tarafından tanınır.
    • tRNA molekülleri, mRNA’daki kodonlarla eşleşen antikodon bölgelerine sahiptir.
  2. Klasik Eşleşme:
    • Normal şartlar altında, tRNA antikodonu ve mRNA kodonu arasında Watson-Crick baz eşleşmesi vardır (A-U, G-C).
  3. Wobble Pozisyonu:
    • Wobble hipotezine göre, tRNA’nın antikodonunun üçüncü bazının (5′ ucunda yer alan) mRNA’nın kodonunun üçüncü bazıyla (3′ ucunda yer alan) eşleşmesi, klasik Watson-Crick eşleşmesine tam olarak uymayabilir.
    • Bu üçüncü pozisyonda, daha esnek (wobble) eşleşmeler mümkündür. Örneğin, G, U ile; U ise G veya I (inosin) ile eşleşebilir.

Örnekler:

  • Klasik Eşleşme:
    • Kodon: AUG
    • Antikodon: UAC
  • Wobble Eşleşmesi:
    • Kodon: CCA, CCU, CCG
    • Antikodon: GGU

Önemi:

  1. Genetik Kodun Esnekliği:
    • Wobble hipotezi, genetik kodun “savrulma” (degeneracy) doğasını açıklar. Aynı amino asidi kodlayan farklı kodonlar, aynı tRNA tarafından tanınabilir.
  2. Protein Sentezinin Verimliliği:
    • Bu esneklik, tRNA stoklarının daha verimli kullanılmasını sağlar ve protein sentezini hızlandırır.

Kaynaklar:

  1. Crick, F. H. (1966). Codon—anticodon pairing: The wobble hypothesis. Journal of Molecular Biology, 19(2), 548-555.
  2. Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S. L., Matsudaira, P., Baltimore, D., & Darnell, J. (2000). Molecular Cell Biology (4th ed.). W. H. Freeman.

Biyokimya da Temel Hesaplamalar Nelerdir?

Biyokimya moleküler biyoloji ve genetik alanının bel kemiği niteliğindeki bilgileri edindiğimiz bir alandır. Biyokimyasal hesaplamalar hem moleküler biyologların hem de birçok biyolojik bilim dalı ile ilgilenen bireyin işini kolaylaştırır bu bağlamada, Biyokimya da kullanılan bazı hesaplamaları aşağıda yer alan makale sayesinde örnek soru çözümleri ile kavrayabilirsiniz.

Kaynak: Çakatay, U., Aydın, S., Belce, A., Biyokimya da Temel Hesaplamalar, libre.pdf, 390.

Spektrofotometrik Yöntemin Kullanımına Bir Örnek: Çeşitli Gıda Ürünlerinde Karminin Belirlenmesi

Zeynep Kübra Arslan, Şule Aycan

Bilindiği gibi laboratuvar destekli fen öğretimi öğrenci başarısını artırmaktadır. Laboratuvar çalışmaları sadece ders programındaki konuları öğretmek için değil aynı zamanda gıda ürünlerindeki katkı maddelerini belirlemek için de kullanılmaktadır. Okul kantinlerinde satışı yasak olan birçok gıda ürünü bulunmaktadır. Bu tür ürünlerin satışının neden yasak olduğunun öncelikle öğretmenler tarafından öğrenilmesi ve ardından öğrencilere aktarılması gerekmektedir. Bu tür katkı maddeleri az miktarda kullanıldığından ancak enstrümantal analiz yöntemleri ile tespit edilebilmektedir. En yaygın ve pratik araçlardan biri olan spektrofotometre ile birçok analiz kolaylıkla yapılabilmektedir. Bu çalışmada, böcek özütünden elde edilen karmin maddesinin spektrofotometre kullanılarak kırmızı reçeller, vişne suyu ve kola gibi birçok gıda ürününde ve kırmızı allık ve ruj gibi kozmetik ürünlerinde varlığının gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu sayede öğretmen adaylarının günlük yaşamlarında kullandıkları ürünlerin içeriklerini merak etmelerini ve bilinçli tüketiciler olmalarını sağlamak ve ayrıca istihdam edilecekleri muhtemel okullarda öğrencilerini bu konu hakkında aydınlatmak amaçlanmaktadır. Çalışmanın örneklemini Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Eğitim Fakültesi Fen ve Teknoloji Öğretmenliği Bölümünde halen öğrenim gören 40 öğrenci oluşturmaktadır.

Kaynak; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877042814010131

Arslan, Z.K., 2014, An Example of the Use of Spectrophotometric Method: Determining the Carmine in Various food products, 4622-4625.

Karbonhidratlar

Genel yapıları CnH2nO olarak bilinen, çözünür formları halkasal yapıda olan bileşenlerdir. Bazı türevleri vardır bunlar;

Monosakkarit; karbonhidratların basit yapılı ve tek şekerli olan formlarıdır. Örneğin; glikoz, fruktoz, galaktoz yapıları monosakkaritler grubunda yer almaktadır.

Disakkarit; karbonhidratların iki şekerli formlarına denir. örneğin; maltoz, sakkaroz, laktoz yapıları disakkarit grubunda yer almaktadır.

Polisakkarit; karbonhidratlarda eğer 10 dan fazla karbon içeren yapıya sahip formlar inceleniyorsa bunlar polisakkarit grubunda yer alır. Örneğin; glikojen, selülöz, kitin, nişasta

Oligosakkaritler; karbonhidrat türevlerinin 2 ila 10 karbon atomu içeren formlarıdır.

Örneğin; inülin

Karbonhidratlar temel besin kaynağıdır

insanlar bitkilerden karbonhidrat alır. bitkiler de karbonhidratı fotosentez yoluyla üretirler. karbonhidrat türevlerinin canlılarda bulunduğu bazı noktalar şöyle sıralanabilir;

  • Destek maddesi olarak insanda kıkırdaklar arda karbonhidrat türevleri vardır
  • Böceklerde dış iskelet karbonhidrat türevleri ile oluşur
  • Bitkilerde selüloz yapısında karbonhidrat görevleri bulunur
  • Mikroorganizmalarda hücre duvarını oluştururlar
  • DNA’ nın temel iskeletinde 5 karbonlu şeker bulunur

Karbonhidratlar bakır ile renk oluştururlar bu yüzden idrar testlerinde bakır demir gibi indirgeyici maddeler bulunur sebebi ise bu yapıların 2 halinin de stabil olmasıdır.

Karbonhidratlar kendini hidroksil grubu ile gösterir, bir yapıda eğer hidroksil grubunun fazla bulunması söz konusu ise bu yapının çözünürlüğü fazla olmaktadır. Karbonhidratların hidroksil grubu artarsa çözünürlükleri de aynı doğrultuda artar.

Örneğin; nişasta çözünmez bir yapıdadır fakat nişastanın çözünür yapısı glikozdur.

Glikoprotein nedir?

Proteinler ve karbonhidratların birbirine bağlanmış haline glikol proteinler denir. sinyal moleküllerini de bulunur protein alınırsa karbonhidrat çalışmaz karbonhidrat alınırsa protein çalışmaz. Yapısal olarak reseptörleri oluşturur ve mukus yapısında bulunurlar

serin ;oksijen bağlı amino asittir   + asperjin; azot bağlı aminoasittir.   = Bu iki yapı  glikoproteinleri oluşturmaktadır.

İnsanlarda bağ doku elemanlarının büyük bir kısmı karbonhidrat türevidir. Birçok metabolizmal hastalık kıkırdaklardan kaynaklanan kıkırdak hastalıkları ile ilişkilidir, Metabolizmal olan bir hastalığı kontrol etmek çok zordur çünkü karbonhidratlar dışarıdan alınır.

Yazar; Kifayet BEŞİRİK

Biyokimyasal Benzerlik

Tüm canlıların hücrelerden oluşması çeşitli organizmaların dış görünüşlerinin aksine birbirlerine benzerlik göstermeleri bunun yanı sıra pek çok organizmanın temel metabolik işlemlerin de aynı olması örneğin glukoz ve oksijenin,  karbondioksit ve suya dönüştü kimyasal tepkimeler dizisi E.coli ve insanda temelde aynıdır.

Biyokimyasal özelliklerine dayanarak modern dünyanın farklı organizmaları 3 temel gruba ayrılır

  1. Ökaryotlar
  2. Prokaryotlar
  3. Arkealar.

Ökaryotlar; Genel olarak terimine baktığımızda çekirdeği olan ve genetik materyalinin çoğunu bu çekirdekte bulunduran hücreler bütünüdür. ayrıca bu hücreler stoplu asmada bir dizi iç membrana çevrili organel olan mitokondri endoplazmik retikulum golgi aygıtı lizozom gibi yapılara sahiptir. bu canlı grubuna hayvanlar bitkiler mantarlar ve protistler de ayla olmak üzere geniş bir biyolojik çeşitliliği kapsar.

Hayvan Hücresi: Hücre duvarları bulunmaz

Kaynak: resmin kaynağını görüntüle

Bitki Hücresi: hücre duvarları bulunur

kaynak: resmin kaynağını görüntüle

Prokaryotlar: Basit hücre organizasyonuna sahip mikroskobik organizmalardır. bu organizmaların hücreleri, müzik çekirdekleri olmayan ve genetik materyallerini bir nükleotid adı verilen bir alan içinde bulunduran basit bir yapıya sahiptir. ayrıca pro gayret gübrelerde stop lazım için de bulunan kübo zamlar gibi organel bulunmaz. genellikle tek hücreli organizmalardır.

Kaynak : resmin kaynağını görüntüle

Arkealar: Prokaryotik mikro organizmaların özel bir grubunu oluşturan organizmalardır. Bunlar genetik ve biyokimyasal özellikleriyle bakterilere benzerlik gösterse de ayrı bir evrimsel kökene sahiptirler. ekstremofiller olarak bilinirler; örneğin çok yüksek sıcaklıklara, yüksek tuzlu ortamlara, asidik veya alkali ortamlara, yüksek basınçlı derin deniz ortamlarına yani ekstrem koşullara uyum sağlayarak yaşayabilirler. bu bağlamda bakıldığında arkeaların hücre duvarları bakterilerden farklı kimyasal bileşimlere sahiptir ve genellikle lipid bileşimleri benzersizdir.

Yazar: Kifayet BEŞİRİK

Görsellerin kaynağı: Resimlerin kaynağını görüntülemek için tıklayınız