R Programlama 02
R Programlama 01
R PROGRAMLAMA NEDİR? | R DERSLERİ #1
R PROGRAMMING IN 1 VIDEO | DATA ANALYSIS with R | R …
R Programlama Kursu – Ders 1
R Programlama Dili Temel Eğitimi (1. Kısım)
R Programlama Dili Nedir? Kimler Neden R Öğrenmelidir?

- Nedir bu R?
Veri analizi konusunun daha da popülerlik kazandığı günümüzde R adından sıkça söz edilen bir programlama dili haline gelmiştir. Peki nedir bu R ?
1993 yılında Yeni Zelanda’nın Auckland Üniversitesinden Ross Ihaka ve Robert Gentleman tarafından geliştirilen R adını iki geliştiricisinin baş harflerinden almaktadır. R genel bir tabirle istatistiksel hesaplama, grafik ve veri analizi için kullanılan açık kaynaklı özgür bir yazılım dilidir. Özgür bir yazılım dili olmasıyla kullanıcılarını da geliştirme sürecinin bir parçası haline getiren R, kullanıcıların ilgili olduğu spesifik alanlarla ilgili paketleri zamanla geliştirmesi ve yeni kullanıcılar geldikçe aynı oranda da gelişti.
Şimdilerde ise R Core Development Team adı verilen bir ekip tarafından geliştirilmeye devam etmektedir. Bugün yaklaşık 12000 paketi kullanıcılarına sunmaktadır.
S programlama diliyle de benzerlikleri oldukça fazladır. Kütüphanelerinin çoğu R ile yazılmış olsa da daha yoğun hesaplamalar gerektiren kütüphaneler ise C, C++ ve Fortran diliyle yazılmıştır. Windows, MacOS ve Linux sürümleri mevcuttur.
- Kimler içindir bu R?
R, çok geniş istatistiki (doğrusal ve doğrusal olmayan modelleme, klasik istatistik testleri, zaman serileri analizi, sınıflandırma, kümeleme ve diğer) ve grafik çizim teknikleri sunmaktadır. Bu nedenle veri bilimciler ve analistler arasında oldukça popülerdir.
Kullanıldığı popüler alanlardan birkaçı makine öğrenmesi (machine learning), büyük veri (big data) ve biyoinformatiktir.
- Neden R?
Bilim adamları, görüntüleme mantığını yeniden tasarlayarak mikroskopide devrim yaratıyor.
Bilim adamları, gereken süreyi ve radyasyonu önemli ölçüde azaltan son teknoloji mikroskopları kullanarak yenilikçi bir görüntüleme yöntemi geliştirdiler. Çalışmaları, malzeme biliminden tıbba kadar çeşitli disiplinlere fayda sağlayacak önemli bir atılımı temsil ediyor, çünkü yöntem, özellikle hasara karşı savunmasız olan biyolojik dokular gibi hassas malzemeler için gelişmiş görüntüleme sağlamayı vaat ediyor.
Trinity College Dublin liderliğindeki uluslararası bir bilim insanı ekibi, gereken süreyi ve radyasyonu önemli ölçüde azaltan son teknoloji mikroskoplar kullanarak yenilikçi bir görüntüleme yöntemi geliştirdi. Çalışmaları, malzeme biliminden tıbba kadar çeşitli disiplinlere fayda sağlayacak önemli bir atılımı temsil ediyor, çünkü yöntem, özellikle hasara karşı savunmasız olan biyolojik dokular gibi hassas malzemeler için gelişmiş görüntüleme sağlamayı vaat ediyor.
Şu anda, taramalı transmisyon elektron mikroskopları (STEM’ler), numuneler arasında yüksek oranda odaklanmış bir elektron demetini yönlendirerek görüntüleri nokta nokta oluşturur. Geleneksel olarak, her noktada, ışın sabit, önceden tanımlanmış bir süre boyunca durur ve sinyal(ler)i biriktirmek için duraklar. Fotoğraf filmi kullanan kameralar gibi, bu da görüntü alanındaki özelliklerden bağımsız olarak her yerde sabit pozlama süresine sahip görüntüler verir. Elektronlar, her piksel için “bekleme süresi” olarak adlandırılan süre geçene kadar sürekli olarak numunenin üzerine düşer. Konvansiyonel yaklaşımın uygulanması basittir, ancak numune dönüşümüne veya tahribatına yol açabilecek aşırı zarar verici ışınlama kullanma riski taşır.
Bununla birlikte, yeni yöntem, görüntülemenin temel mantığını yeniden gözden geçirerek temel yaklaşımda devrim yaratıyor. Sabit bir süre boyunca gözlemlemek ve tespit edilen “olayların” sayısını ölçmek yerine – elektronlar bir görüntü oluşturmak için numunenin farklı kısımlarından saçılırken – ekip, bu olayların belirli bir sayısını tespit etmek için geçen süreyi ölçtükleri olay tabanlı bir algılama sistemi geliştirdi.
Her iki yaklaşım da eşdeğer “algılama oranı” görüntü kontrastı verebilir, ancak yaklaşımlarının arkasındaki yeni matematiksel teori, her bir sondalama konumunda tespit edilen ilk elektronun görüntünün oluşturulmasında çok fazla bilgi sağladığını, ancak aynı noktaya sonraki elektron çarpmalarının hızla azalan bilgi geri dönüşleri sağladığını göstermektedir. Ve numune üzerindeki her elektron aynı hasar riskini beraberinde getirir.
Esasen, yeni yöntem, benzer veya daha iyi kalitede bir görüntü oluşturmak için daha az elektrona ihtiyaç duyarak, görüntüleme verimliliğinin zirvesinde aydınlatmayı “kapatabileceğiniz” anlamına gelir.
Bilim insanları, görüntüleme mantığını yeniden tasarlayarak mikroskopide devrim yaratıyor | Bilim Günlüğü (sciencedaily.com): Bilim adamları, görüntüleme mantığını yeniden tasarlayarak mikroskopide devrim yaratıyor.Tüm modern kuşların atası muhtemelen yanardöner tüylere sahipti.
Kuşlar tropik bölgelerde daha renkli olma eğilimindedir ve bilim adamları oraya nasıl geldiklerini öğrenmek istediler: tropik bölgelerde renkli tüyler evrimleşip evrimleşmediğini veya tropikal kuşların bölgeye başka bir yerden gelen parlak renkli ataları olup olmadığını. Bilim adamları, renklerin dünya çapında yayılmasını keşfetmek için 9.409 kuştan oluşan bir veri tabanı oluşturdu. Yanardöner, renkli tüylerin kuş yaşam ağacı boyunca 415 kez ortaya çıktığını ve çoğu durumda tropiklerin dışında ortaya çıktığını buldular – ve tüm modern kuşların atasının da muhtemelen yanardöner tüyleri vardı.
Pencerenizden gördüğünüz kuşların renk paleti, nerede yaşadığınıza bağlıdır. Ekvator’dan uzaktaysanız, çoğu kuş sıkıcı renklere sahip olma eğilimindedir, ancak tropiklere ne kadar yakın olursanız, muhtemelen daha fazla renkli tüy göreceksiniz. Bilim adamları, tropik bölgelerde neden diğer yerlere göre daha parlak renkli kuşlar olduğu konusunda uzun zamandır şaşkınlar ve ayrıca bu parlak renkli kuşların ilk etapta oraya nasıl geldiklerini merak ettiler: yani, bu renkli tüylerin tropik bölgelerde evrimleşip evrimleşmediği veya tropikal kuşların bölgeye başka bir yerden gelen renkli ataları olup olmadığı. Nature Ecology and Evolution dergisinde yayınlanan yeni bir çalışmada, bilim adamları dünya genelinde renk yayılımını keşfetmek için 9.409 kuştan oluşan bir veri tabanı oluşturdular. Yanardöner, renkli tüylerin kuş hayat ağacı boyunca 415 kez ortaya çıktığını ve çoğu durumda tropiklerin dışında ortaya çıktığını ve tüm modern kuşların atasının da muhtemelen yanardöner tüylere sahip olduğunu buldular.
Chicago’daki Field Müzesi’nde araştırma bilimcisi ve makalenin baş yazarı Chad Eliason, “Onlarca yıldır, bilim adamları tropik bölgelerde daha parlak veya daha renkli kuş türleri olduğuna dair bir hipoteze sahipler” diyor. “Bu eğilimleri anlamamıza yardımcı olacak mekanizmayı bulmak istedik – bu parlak renklerin oraya nasıl ulaştığı ve zaman içinde kuş aile ağacına nasıl yayıldığı.”
Hayvanlarda rengin üretilmesinin iki ana yolu vardır: pigmentler ve yapılar. Hücreler, siyah ve kahverengi renklenmeden sorumlu olan melanin gibi pigmentler üretir. Bu arada, yapısal renk, ışığın hücre yapılarının farklı düzenlemelerinden yansıma biçiminden gelir. Işığın bir nesneye nasıl çarptığına bağlı olarak değişen gökkuşağı parıltısı olan yanardönerlik, yapısal renge bir örnektir.
Tropikal kuşlar renklerini parlak pigmentler ve yapısal renklerin bir kombinasyonundan alırlar. Eliason’un çalışmaları yapısal renge odaklanıyor, bu yüzden tropikal kuş renklenmesinin bu unsurunu keşfetmek istedi. O ve meslektaşları, bilimin bildiği 10.000 canlı kuş türünün büyük çoğunluğu olan 9.409 kuş türünün fotoğraflarını, videolarını ve hatta bilimsel çizimlerini taradılar. Araştırmacılar, hangi türlerin yanardöner tüylere sahip olduğunu ve bu kuşların nerede bulunduğunu takip ettiler.
Bilim adamları daha sonra kuş renklenmesi ve dağılımı hakkındaki verilerini, bilinen tüm kuş türlerinin birbiriyle nasıl ilişkili olduğunu gösteren DNA’ya dayanan önceden var olan bir aile ağacıyla birleştirdiler. Yanardönerliğin kökenlerini ve yayılmasını tahmin etmek için bilgileri bir modelleme sistemine beslediler. “Temel olarak, çok fazla matematik yaptık,” diyor Eliason
Tüm modern kuşların atası muhtemelen yanardöner tüylere sahipti | Bilim Günlüğü (sciencedaily.com): Tüm modern kuşların atası muhtemelen yanardöner tüylere sahipti.