Yapay zeka aracı kullanılarak oluşturulan yeni tasarımcı proteinler, hastalıklı kanser hücrelerindeki belirteçlere bağlanan peptit segmentlerini seçici olarak hedefleyebiliyor ve bağışıklık hücrelerine tehditlere saldırmaları ve onları yok etmeleri için sinyal veren moleküler bayraklar gibi davranabiliyor.

Son dönemde yapılan bir atılımda , ABD’li bir araştırmacı ekibi, vücuttaki hemen hemen tüm hücrelerin yüzeyinde bulunan ve bağışıklık sisteminin anormal veya hastalıklı hücreleri, örneğin kanser hücrelerini tanıma ve bunlara yanıt verme yeteneğinde merkezi bir rol oynayan amino asit parçaları olan 11 farklı pMHCI kompleksinin peptit kısmını özel olarak tanıyan protein bağlayıcıları sundu.

Science dergisinde yayımlanan bulgulara göre, yapay zeka yardımıyla tasarlanan bu proteinler, insan bağışıklık hücrelerinin doğru hedefleri belirlemesine ve daha etkili bir şekilde çalışmasına yardımcı oluyor .

Bir tür beyaz kan hücresi olan T hücreleri, bağışıklık sistemimizin ön saflarındaki savunuculardır ve hastalık belirtilerini sürekli olarak izlerler. Bunu, hücre yüzeyindeki pMHCI komplekslerinin varlığını tarayarak yaparlar. Bu peptitlerden herhangi biri bir anormallik veya hastalık sinyali verirse, T hücresi reseptörü (TCR) bunu tanır ve bağışıklık hücresi ordusunu etkilenen hücreyi yok ederek derhal yanıt vermeye yönlendirir.

pMHC kompleksleri, hastalık savaşçılarımızın enfekte hücreleri sağlıklı hücrelerden ayırt etmesine yardımcı olduğundan, spesifik hedefleme yeteneği hassas tedavi yaklaşımlarında devrim yaratabilir. Ancak, hastalığa özgü peptitleri tanımak için gereken doğal TCR’leri keşfetmek, maliyet ve zaman kısıtlamaları nedeniyle oldukça zordur.

Ayrıca, insan popülasyonunun genetik çeşitliliği nedeniyle geniş hasta kapsamını sağlamak ve tedaviler sırasında toksisiteye neden olabilecek istenmeyen etkileşimleri önlemek için yüz binlerce TCR’den oluşan bir repertuvara ihtiyaç duyulacaktır.

Araştırmacıların sunduğu yeni yaklaşım, TCR’lerin işlevsel ikameleri olarak görev yapan ve spesifik pMHCl komplekslerini tanıyan küçük, kararlı protein bağlayıcıları geliştirerek bu sorunları aştı.

Protein Tasarım Enstitüsü tarafından geliştirilen yapay zeka araçları, TCR–pMHCl, RFdifüzyonu ve ProteinMPNN arasındaki etkileşimlere ilişkin bilgilerden yararlanarak, kompleksin hastalık veya anormalliği gösteren kısmı olan peptit kısmına geniş çapta bağlanacak proteinler üretebildi.

Kaynak ve devamına Buradan ulaşabilirsin.