Avrupa tabanlı olan PDBe ( Protein DataBank in Europe) ve Amerikan tabanlı olan PDB (Protein Databank) ortak çalışmakta olup proteinlerin üç boyutlu (3D) yapısını depolar. Her bir yapı için ayrı ayrı detaylı analizler ve şematik sistemler içerir. UniProt  protein  veri tabanında   araştırılan  bir proteinin   yapısı   hakkında   bilgi   edinmek   için,  PDBe veri tabanı UniProt’ dan elde edilen kimlik numarası ile sorgulanabilir.

      

Yukarıda bahsettiğimiz veri tabanları sayesinde nükleotidler, proteinler ve bu yapıların işlevleri, fonksiyonları ile ilgili verilere rahatlıkla ulaşabiliriz. Fakat istenmeyen verileri filtrelemek, elde edilen veriler arasında bağlantılar kurmak ve daha kapsamlı araştırmalar yapabilmek için biyoinformatikte analiz araçları geliştirilmiştir.

•  Veri Madenciliği: BioMART

•  Dizi hizalama: CLUSTAL

•  Dizi karşılaştırma: BLAST

Bu analiz araçlarından olan BLAST hakkında bir sonraki yazımızda detaylı bilgiler vereceğiz.

Kaynak : Biyoinformatikte Veri Tabanları (biyoinformatikdunyasi.blogspot.com)

PDB Kullanımı