Nadir genetik hastalıkların tespiti ve tümörlere özgü mutasyonların belirlenmesi artık mümkün. Bu başarı, yıllar önce biyomedikal araştırmalarda devrim yaratan DNA dizileme teknolojileri sayesinde elde edildi. Özellikle son dönemde geliştirilen yeni nesil dizileme (NGS) yöntemleri, genetik araştırmalarda büyük bir veri patlamasına yol açtı.

Amerikan Sequence Read Archive (SRA) ve Avrupa’daki European Nucleotide Archive (ENA) gibi dev veri merkezlerinde artık toplamda yaklaşık 100 petabayt genetik bilgi bulunuyor. Bu miktar, internetteki tüm metin verilerine eşdeğer. Ancak bu kadar büyük bir veriyi aramak bugüne kadar son derece maliyetli ve zaman alıcıydı.

ETH Zurich araştırmacıları, bu engeli aşmak için yeni bir çözüm geliştirdi.

TH Zurich’teki araştırma ekibi, MetaGraph adını verdikleri yeni bir araçla bu süreci kökten değiştirdi. MetaGraph, araştırmacıların tüm veri setlerini indirmesine gerek kalmadan, doğrudan DNA veya RNA dizileri içinde tam metin araması yapmalarını sağlıyor.

ETH Zürih Bilgisayar Bilimi Bölümü’nden Prof. Gunnar Rätsch, sistemi “DNA için Google” olarak tanımlıyor: “Eskiden araştırmacılar sadece açıklayıcı meta verilerde arama yapabiliyor, ham veriye ulaşmak için devasa dosyalar indirmek zorunda kalıyordu. MetaGraph bunu saniyeler içinde yapabiliyor.”

Araştırmaya göre sistem son derece maliyet verimli: Tüm kamuya açık biyolojik dizilerin temsil edilmesi yalnızca birkaç sabit diske sığabiliyor ve büyük sorguların maliyeti megabaz başına yaklaşık 0,74 dolar düzeyinde kalıyor.

Bu özellik, MetaGraph’i özellikle yeni patojenlerin tespiti, antibiyotik direnci genlerinin analizi veya yararlı virüslerin (bakteriyofajlar) belirlenmesi gibi alanlarda son derece değerli hale getiriyor.

Kaynak ve devamına Buradan ulaşabilirsin.