Home – Protein – NCBI

NCBI (Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi), biyolojik bilgileri toplayan, düzenleyen ve halka açık hale getiren dünyanın önde gelen merkezlerinden biridir. Bu merkez bünyesindeki Protein Veritabanı, biyolojik sistemlerin temel yapı taşlarından biri olan proteinler hakkında kapsamlı bir bilgi kaynağı sunar.

Protein Veritabanı Ne İşe Yarar?
Protein Sekansları: Veritabanı, binlerce farklı organizmadan elde edilen proteinlerin amino asit sıralamalarını (sekanslarını) içerir. Bu sayede bilim insanları, bir proteinin yapısını, işlevini ve diğer proteinlerle olan ilişkilerini inceleyebilirler.
Yapısal Bilgi: Proteinlerin üç boyutlu yapılarını gösteren veriler de bu veritabanında bulunur. Bu bilgiler, proteinlerin nasıl çalıştığını anlamak için çok önemlidir.
Fonksiyonel Bilgi: Proteinlerin hücre içindeki görevleri, hangi biyolojik süreçlerde yer aldıkları gibi bilgiler de veritabanında yer alır.
Evrimsel İlişkiler: Proteinlerin evrimsel süreçteki değişimleri ve farklı türler arasındaki benzerliklerini ortaya koyan karşılaştırmalı analizler için kullanılır.


Veritabanında Bulunan Bilgiler
Protein Sekansları: GenBank, RefSeq, SwissProt gibi farklı kaynaklardan toplanan protein sekansları.
Yapısal Bilgiler: Protein Data Bank (PDB) veritabanından elde edilen üç boyutlu yapı bilgileri.
Fonksiyonel Bilgiler: Proteinlerin biyolojik süreçlerdeki rolleri, enzimatik aktiviteleri gibi bilgiler.
Eşleştirme Araçları: BLAST gibi araçlarla protein sekanslarını diğer proteinlerle karşılaştırarak benzerliklerini bulabilir, evrimsel ilişkilerini inceleyebilirsiniz.


Veritabanının Kullanım Alanları
Yeni İlaç Tasarımı: Hedef proteinlerin yapılarını bilerek, bu proteinlere bağlanabilecek ve hastalıkları tedavi edebilecek yeni ilaç molekülleri tasarlanabilir.
Hastalıkların Anlaşılması: Genetik hastalıkların neden olduğu protein yapı ve fonksiyon bozukluklarının anlaşılmasına yardımcı olur.
Evrimsel Biyoloji: Farklı türlerin proteinlerinin karşılaştırılmasıyla evrimsel süreçler hakkında bilgi edinilebilir.
Biyoinformatik Araştırmalar: Proteinlerin yapı ve fonksiyonlarını bilgisayar destekli yöntemlerle analiz etmek için kullanılır.
NCBI Protein Veritabanına Nasıl Erişilir?
NCBI’nin resmi web sitesi üzerinden protein veritabanına ücretsiz olarak erişebilirsiniz. Arama motorunu kullanarak protein ismi, sekans veya diğer anahtar kelimelerle arama yapabilirsiniz.

Özetle, NCBI’nin Protein Veritabanı, proteinler hakkında kapsamlı bir bilgi kaynağıdır. Biyoloji, biyoteknoloji ve tıp alanında çalışan araştırmacılar için vazgeçilmez bir araçtır.

Daha fazla bilgi için:

NCBI Protein Veritabanı: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
Ek Bilgiler:

Protein Veritabanı, sürekli olarak güncellenmekte ve yeni proteinler eklenmektedir.
Veritabanında bulunan bilgiler, farklı formatlarda indirilebilir ve analiz edilebilir.
NCBI, protein veritabanı dışında da birçok biyolojik veri tabanına ev sahipliği yapmaktadır.

Kaynak : Yapay zekadan alınmıştır.

https://gemini.google.com/app/8855b8706705f887?hl=tr

AlphaFold Protein Structure Database

AlphaFold Protein Yapı Veritabanı Hakkında Detaylı Bilgi
AlphaFold, DeepMind tarafından geliştirilen ve proteinlerin üç boyutlu yapılarını tahmin etmek için yapay zeka kullanan devrim niteliğinde bir sistemdir. Bu sistem, biyoinformatik alanında büyük bir sıçrama yaratarak, daha önce yıllar alabilecek protein yapı tahminlerini sadece birkaç saat içinde yapabilmektedir.

Veritabanı Ne Sunuyor?
AlphaFold Protein Yapı Veritabanı, tahmin edilen protein yapılarına ücretsiz ve açık erişim imkanı sunar. Bu veritabanı sayesinde bilim insanları, şu konularda önemli adımlar atabilirler:

Yeni İlaç Tasarımı: Proteinlerin üç boyutlu yapılarını bilmek, yeni ilaçların hedef proteinlere daha etkili bir şekilde bağlanmasını sağlayacak moleküllerin tasarlanmasına yardımcı olur.
Hastalıkların Anlaşılması: Birçok hastalık, proteinlerin yapısındaki bozukluklardan kaynaklanır. AlphaFold, bu bozuklukların nasıl oluştuğunu ve hastalıkların gelişimini nasıl etkilediğini anlamamıza yardımcı olabilir.
Evrimsel Biyoloji: Protein yapıları, organizmaların evrimi hakkında önemli bilgiler taşır. AlphaFold, bu bilgileri ortaya çıkararak evrimsel süreçlerin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlar.
Biyolojik Süreçlerin Anlaşılması: Proteinler, hücre içindeki hemen hemen tüm biyolojik süreçlerde rol oynar. AlphaFold, bu süreçlerin nasıl işlediğini daha detaylı bir şekilde incelememizi sağlar.
Veritabanına Nasıl Erişilir?
AlphaFold Protein Yapı Veritabanına, DeepMind’ın resmi web sitesi üzerinden erişebilirsiniz. Bu veritabanı, sürekli olarak güncellenmekte ve yeni protein yapıları eklenmektedir.

AlphaFold’un Önemi
AlphaFold, biyoloji ve tıp alanlarında bir dönüm noktası olarak kabul edilir. Bu sistem sayesinde, daha önce çözülemeyen birçok biyolojik soruya cevap bulunması ve yeni tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi mümkün hale gelebilir. AlphaFold, temel bilimden ilaç endüstrisine kadar birçok alanda büyük bir etki yaratması beklenmektedir.

Özetle, AlphaFold Protein Yapı Veritabanı, proteinlerin üç boyutlu yapılarını tahmin etmek için güçlü bir araçtır. Bu veritabanı, biyoloji ve tıp alanında yapılan araştırmalara önemli katkılar sağlayacak ve birçok hastalığın tedavisinde çığır açıcı gelişmelere yol açabilir.

Kaynak : Yapay zekadan alınmıştır.

https://gemini.google.com/app/8855b8706705f887?hl=tr

AlphaFold Protein Structure Veri Tabanı ve Kullanımı

Kaynak : https://youtu.be/Uv3FN81coLg?si=uRVyeQAS5jPelJFw

InterPro Veri Tabanı

InterPro, proteinlerin yapısı, fonksiyonu ve evrimsel ilişkileri hakkında kapsamlı bir bilgi sunan bir veri tabanıdır. Aslında tek bir veri tabanı olmaktan ziyade, farklı protein imza veri tabanlarını bir araya getiren bir çatı görevi görür. Bu sayede, proteinlerin karakterizasyonu ve sınıflandırılması için güçlü bir araç haline gelir.

InterPro Neden Önemli?
Çoklu Veri Tabanı Entegrasyonu: CATH-Gene3D, CDD, Pfam gibi birçok farklı veri tabanındaki bilgileri tek bir çatı altında toplar. Bu sayede, araştırmacılar için veriye erişimi kolaylaştırır ve farklı kaynaklardan elde edilen bilgilerin karşılaştırılmasına olanak tanır.
Protein Fonksiyonunun Tahmini: Proteinlerin hangi aileye ait olduğunu, hangi bölgelerinin diğer proteinlerle benzerlik gösterdiğini ve dolayısıyla hangi işlevi yerine getirdiğini tahmin etmeye yardımcı olur.
Yeni Proteinlerin Karakterizasyonu: Yeni keşfedilen proteinlerin daha önce karakterize edilmiş proteinlerle olan ilişkilerini belirlemek için kullanılır.
Evrimsel Analizler: Proteinlerin evrimsel süreçte nasıl değiştiğini ve farklı türlerdeki proteinlerin birbirleriyle olan ilişkilerini incelemek için kullanılır.
InterPro Nasıl Çalışır?
InterPro, farklı protein imza veri tabanlarında bulunan bilgileri birleştirerek, proteinlerin belirli bölgelerine (domainler) karşılık gelen imzaları tanımlar. Bu imzalar, proteinlerin yapısı, fonksiyonu ve evrimsel ilişkileri hakkında önemli ipuçları verir.

InterPro’nun temel işleyişi şu şekilde özetlenebilir:

Protein Dizisinin Analizi: Bir protein dizisi InterPro’ya yüklenir.
İmza Karşılaştırması: Yüklenen dizi, veri tabanındaki tüm imzalarla karşılaştırılır.
Eşleşmelerin Belirlenmesi: Eşleşen imzalar belirlenir ve bu imzalara karşılık gelen protein aileleri ve fonksiyonel bilgiler elde edilir.
Sonuçların Sunulması: Sonuçlar, genellikle grafiksel bir arayüz üzerinden kullanıcıya sunulur.
InterPro’nun Kullanım Alanları
Biyoinformatik: Protein dizisi analizleri, filogenetik analizler
Genomik: Yeni genomların annotasyonu
Proteomik: Protein-protein etkileşimlerinin incelenmesi
İlaç Tasarımı: Yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi
Özetle
InterPro, proteinlerin yapısı, fonksiyonu ve evrimsel ilişkileri hakkında kapsamlı bir bilgi sunan güçlü bir araçtır. Farklı veri tabanlarını bir araya getirmesi, proteinlerin karakterizasyonu ve sınıflandırılması için önemli bir kaynak haline gelmesini sağlar. Biyoinformatik, genomik, proteomik ve ilaç tasarımı gibi birçok alanda yaygın olarak kullanılmaktadır.

Daha fazla bilgi için şu kaynakları inceleyebilirsiniz:

InterPro Resmi Web Sitesi: [InterPro web sitesi linki]
EMBL-EBI: Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü

Proteinleri sınıflandırırken “signature” isimli tahmin edilebilir modeller kullanılmaktadır.

Kaynak : Protein Veri Tabanları | by TeknoVudu | Medium

https://gemini.google.com/app/8855b8706705f887?hl=tr

EuGenes Veri Tabanı

euGenes veri tabanı, ökaryotik organizmalardaki genler hakkında kapsamlı bir bilgi kaynağıdır. Bu veri tabanı, farklı ökaryotik türlerin genleri hakkında standardize edilmiş bir formatta bilgi sunarak, genetik araştırmalarda önemli bir araç olarak kullanılmaktadır.

euGenes’in Sunduğu Bilgiler
euGenes, aşağıdaki gibi çeşitli genetik bilgilere erişim sağlar:

Gen sembolü ve tam adı: Genlerin kısaltılmış ve tam isimleri
Kromozom: Gene ait olduğu kromozom bilgisi
Genetik ve moleküler harita bilgisi: Genin kromozom üzerindeki konumu
Gen Ontolojisi (GO): Genin işlevi, bulunduğu yer ve yer aldığı süreçler hakkında bilgi
Gen homolojisi: Farklı türlerdeki benzer genler arasındaki ilişkiler
Ürün bilgisi: Genin ürettiği protein veya RNA hakkında bilgi
Diğer veri tabanlarına bağlantılar: Gen hakkında daha detaylı bilgiye ulaşmak için diğer veri tabanlarına bağlantılar
euGenes’in Önemi
Standardizasyon: Farklı kaynaklardan elde edilen genetik bilgileri tek bir formatta sunarak, veri karşılaştırmasını kolaylaştırır.
Kapsamlılık: Çok sayıda ökaryotik türün genleri hakkında bilgi içerir.
Erişim kolaylığı: Kullanıcı dostu arayüzü sayesinde istenilen genetik bilgiye hızlıca erişim sağlar.
Araştırma araçları: Veri analizi ve görselleştirme için çeşitli araçlar sunar.
euGenes’in Kullanım Alanları
Evrimsel biyoloji: Farklı türler arasındaki genetik ilişkileri incelemek
Genetik hastalıkların incelenmesi: Hastalıklarla ilişkili genleri belirlemek
Yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi: Potansiyel ilaç hedefleri olarak yeni genler bulmak
Biyoinformatik araştırmaları: Genetik verileri analiz etmek ve yorumlamak
euGenes’e Nasıl Erişilir?
euGenes’e web sitesi üzerinden erişebilir ve arama yapabilirsiniz. Veritabanı, gen sembolü, organizma adı, GO terimleri gibi farklı kriterlere göre arama yapma imkanı sunar.

Not: euGenes veri tabanının son güncelleme tarihi 2003 olduğu için, daha güncel genetik bilgilere ihtiyaç duyuyorsanız, diğer veri tabanlarını (örneğin, Ensembl, NCBI GenBank) da kullanmanız önerilir.

Daha fazla bilgi için şu adresi ziyaret edebilirsiniz: http://eugenes.org/

Kaynak : Yapay zekadan alınmıştır (gemini.google.com).

DDBJ VERİ TABANI?


DDBJ (DNA Data Bank of Japan), Japonya’da bulunan bir nükleotid dizisi veri tabanıdır. Genetik bilgiyi depolayan en büyük üç kamu veri tabanından biridir (diğerleri GenBank ve EMBL-EBI). DDBJ, dünyadaki bilim insanlarına genetik araştırmalarında önemli bir kaynak sunar.

DDBJ’nin Temel İşlevleri
Nükleotid Dizilerinin Depolanması: DDBJ, dünyanın her yerinden bilim insanlarının ürettiği DNA ve RNA dizilerini toplar ve depolar.
Veriye Erişimi: Bilim insanları, DDBJ’ye web arayüzü veya programatik olarak erişerek, belirli genler, organizmalar veya diziler hakkında bilgi alabilirler.
Veri Analizi Araçları: DDBJ, veri analizini kolaylaştıran çeşitli araçlar ve hizmetler sunar.
Veri Paylaşımı: DDBJ, diğer veri tabanlarıyla (GenBank, EMBL-EBI) veri alışverişi yaparak, genetik bilginin küresel olarak paylaşılmasını sağlar.
DDBJ’de Bulunan Veri Türleri
DDBJ’de çeşitli biyolojik organizmalardan elde edilen çok sayıda nükleotid dizisi bulunur.

Bu diziler arasında:

Genom Dizileri: Kompleks organizmaların tüm genetik materyalini içeren diziler.
Transkriptom Dizileri: Bir hücre veya dokuda ifade edilen tüm RNA moleküllerinin dizileri.
Gen Dizileri: Tek bir genin nükleotid dizisi.
Mitokondriyal Diziler: Hücrenin enerji santrali olan mitokondrinin genetik materyali.
DDBJ’yi Kullanmanın Faydaları
Yeni Genlerin ve Organizmaların Keşfi: Bilim insanları, DDBJ’deki verileri kullanarak yeni genler ve organizmalar keşfedebilirler.
Evrimsel İlişkilerin Çözümlenmesi: DDBJ’deki dizileri karşılaştırarak, farklı organizmalar arasındaki evrimsel ilişkiler hakkında bilgi edinilebilir.
Hastalıkların Genetik Temellerinin Anlaşılması: Genetik hastalıklarla ilişkili genler, DDBJ’deki veriler kullanılarak incelenebilir.
Yeni İlaçların Geliştirilmesi: DDBJ’deki veriler, yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesinde kullanılabilir.
DDBJ’ye Nasıl Erişilir?
DDBJ’ye web sitesi üzerinden veya programatik olarak erişilebilir. Web sitesi, kullanıcıların basit arama sorguları yapmasına, dizileri indirmelerine ve çeşitli analiz araçlarını kullanmalarına olanak tanır. Programatik erişim ise daha gelişmiş analizler yapmak isteyen programcılar için önemlidir.

Özetle, DDBJ, genetik araştırmalar için vazgeçilmez bir kaynaktır. Bilim insanlarına, genetik bilgiye erişim, analiz ve paylaşım konusunda geniş imkanlar sunar. DDBJ’deki veriler, biyoloji, tıp, tarım ve diğer birçok alanda yapılan araştırmalar için temel bir yapı taşıdır.

Kaynak : Yapay zekadan alınmıştır( Gemini.google.com).

DDBJ kullanımı

Kaynak : https://youtu.be/UF640aBB_c0?si=h2tufWqZ1F0YdVRR

Kenara Çekilin Atomik Saatler: Nükleer Saatler Geliyor

Gaz jetinin üzerine güçlü bir lazer yansıtılıyor ve parlak bir plazma meydana getirip morötesi ışık üretiyor. Bu ışık, vakum odasında arta kalan gaz ile etkileşime girdikçe beyaz renkli, görünür bir çizgi bırakıyor. Bu süreç ise bilim insanlarının, gelecekteki bir nükleer saatin çekirdeği olacak toryum-229 çekirdeğini uyarmak için gereken enerjiyi hassas şekilde ölçmesine yardımcı oluyor. Fotoğraf: Chuankun Zhang/JILA

Fizikçiler altta yatan ilkeleri gösterdi. Sırada prototip var.

Atomik saatler 70 yılı aşkın süredir zamanı ölçmenin en kesin araçları olarak hizmet verdi. Fakat saltanatları artık sona eriyor olabilir. Amerikan Standartlar ve Teknoloji Enstitüsünün (NIST) geçtiğimiz hafta yaptığı bir duyuruya göre uluslararası bir araştırma takımı, ilk nükleer saat prototipini tamamlamaya hiç olmadığı kadar yaklaştı. Uzmanlar saatin geliştirilmiş hassasiyetinin GPS’ten internet hızlarına ve dijital güvenliğe kadar her şeyi daha iyi hale getireceğini düşünüyor. Böyle bir cihaz ayrıca karanlık maddenin ve diğer temel parçacık fiziği kuramlarının tabiatını araştırmaya da yardımcı olabilir.

İki saat arasında ilk bakışta çok fark yokmuş gibi gelebilir fakat her şey ölçekle ilgili. Atomik saatlerin zaman tutma kabiliyetleri, tekil atomların kesin titreşimlerini ölçerek bir saniyenin uzunluğunu belirlemeye dayanıyor. Bunu yapmak içinse yüksek güçlü bir lazer ışını, bir sezyum-133 atomuna doğrultuluyor ve sonrasında atomun elektronlarını uyararak, enerji seviyeleri arasında bir saniye boyunca tam 9.192.631.770 titreşimle geçiş yapmasını sağlıyor. Sonrasında gezegen çapındaki atomik saat ağları, sistemlerini bu ölçümle eş zamanlayarak internet iletişimleri, haritalama, uzaya fırlatılan roketler ve diğer pek çok kullanım alanı için son derece kesin bir eş güdüm sağlıyor. 2014 yılından beri ABD’de geçerli olan ana standart (NIST’te yer alan bir sezyum çeşmesi saati), 300 milyon yılda sadece 1 saniyelik sapmayla zaman tutma kabiliyetine sahipti.

Fakat nükleer saatler bu konseptleri katbekat daha ince ayarlanmış parametrelerde uygulayacak. Adından da anlaşılacağı üzere bu cihazlar, daha büyük atomların titreşimlerinin aksine tek bir çekirdeğin titreşimlerine odaklanıyor. Çekirdeğe yöneltilen lazer ışığı (atomun tamamından 100.000 kat daha ufak) daha yüksek frekanslar gerektiriyor ve ayrıca saniye başına daha fazla dalga döngüsünü garanti ediyor. Böylelikle saniye başına titreşim artıyor ve sonrasında daha büyük hassasiyete olanak sağlanıyor. Kuramsal olarak bu durum, 300 milyon yılda gerçekleşen zaman belirsizlikleriyle kıyaslandığında onları güvenilmez hale getiriyor.

NIST ve ABD Ortak Laboratuvar Astrofiziği Enstitüsünde (JILA) çalışan fizikçi Jun Ye, Çarşamba günü yapılan duyuruda şöyle aktarıyor: “Milyarlarca yıl çalışsa dahi bir saniye bile kaybetmeyecek bir kol saati düşünün. Henüz oraya gelmedik ama bu araştırma bizi o hassasiyet seviyesine daha da yaklaştırıyor.”

Genel olarak konuşacak olursak çekirdekler, benzer faz sıçramaları yapmak için uyumlu X-ışınları gerektiriyor; fakat mevcut teknoloji, bunun yapılması için gereken enerji seviyelerini üretemiyor. Araştırmacılar bu engelin üstesinden gelmek için toryum-229’a yönelmişler. Bu elementin çekirdeği bilinen diğer tüm atomlardan daha düşük bir sıçrama sergilerken, uyarım için de daha düşük enerjili morötesi ışığa ihtiyaç duyuyor.

Toryum çekirdekleri küçük bir kristalde asılı tutulduklarında, araştırmacılar üzerlerine tahmin edilebilir aralıklarla UV lazer ışınları yansıtmış. Bu esnada da optik frekans tarağı şeklinde bilinen bir şeyi (“son derece hassas bir ışık cetveli” şeklinde tanımlanıyor) kullanarak proton ve nötronların titreşimsel “tıkırtılarını” saymışlar. Sonuç ise dalga boyuna dayanan önceki ölçümlerden yaklaşık 1 milyon kat daha yüksek olan bir hassasiyet seviyesi olmuş. Araştırma takımı, UV frekanslarını dünyanın strontiyuma dayalı diğer en doğru atomik saatlerinin optik frekansıyla da karşılaştırarak, bir nükleer geçiş ile atomik blok arasındaki ilk “doğrudan frekans bağlantısını” da kurmuşlar. NIST’e göre bu gelişme, “nükleer saatin geliştirilmesi ve mevcut zaman tutma sistemleriyle bütünleştirilmesi yolunda atılan çok önemli bir adım.”

Kaynak ve yazının devamını okumak için tıklayın: https://popsci.com.tr/kenara-cekilin-atomik-saatler-nukleer-saatler-geliyor/

Kanseri kokuyla tespit etmek mümkün mü?

Haber bilgisi: William Kremer, BBC Muhabiri

Yakında hastalıkları kokularından teşhis etmek mümkün olabilecek.

Uzmanlar geçtiğimiz yıllarda koku alan bir makinanın meme kanserini teşhis etmekte meme röntgeni kadar başarılı olduğunu ortaya koydu.

Bunu, diğer hastalıkları da aynı yöntemle tespit edebilen aletlerin izleyebileceği düşünülüyor.

Kanser geçiren insanlar ve yakınlarının oluşturduğu bir dayanışma grubundan Joanie, eşi prostat kanseri olduğunda burnuna hep bir çürük kokusu geldiğini anlatıyor. Joanie, “Size delice gelebilir ama inanın, aklım başımda” diyor. Pis koku, kanser tedavisi başarılı olunca geçmiş.

Ama Joanie 2012’de yeniden aynı kokuyu almaya başlayınca korkuya kapılmış. Ve haklı çıkmış. Bu kez kendisine akciğer kanseri teşhisi konmuş.

Birçok kanser hastası ve yakınları böyle bir kokuyu hiç fark etmiyor.

Ama Joanie gibi koku aldığını söyleyen çok kişi var.

Philadelphia’daki Monell Kimyasal Duyular Merkezi’nden George Preti “Bana bu konuda yazan çok kişi oldu” diyor.

Preti’ye göre bu kişiler arasında hemşireler ve uzmanlar da var ama bu anlatıların hemen hiçbiri kapsamlı bir araştırmaya dayanmıyor.

Tarih boyunca kullanıldı

Tarih boyunca doktorlar teşhis sırasında, hastalarının nefesini, idrarını, dışkısını, terini, cildini koklayagelmiş.

2011 yılında yazılan bir makalede onlarca hastalıkla ilgili “koku notları” incelenmişti.

Yakınlarda yapılan bir deney de insanların hastalandıklarında kötü kokular yaydıklarına dair kanıtlar sundu.

Stockholm’daki Karolinska Enstitüsü’nden Mats Olsson liderliğindeki bir araştırma ekibi sekiz sağlıklı gönüllüye dar pamuklu tişörtler giydirdiler.

Deneklerin yarısına içinde bir şey olmayan bir sıvı, yarısına da hafif grip benzeri belirtilere yol açan bir kimyasal karışım enjekte ettiler.

Bir ay sonra deneye katılanlar geri çağırıldı ve bu sefer iki gruba geçen sefer yapılan enjeksiyonun tersi verildi.

Sonra bütün tişörtler toplandı ve kol altı kısımları kesilerek şişelendi.

Bu şişelerden püskürtülen havayı koklyana gönüllü jüriden kokuları yoğunluk, kötülük ve sağlıksızlık bakımından sıralamaları istendi.

Sonuçta olumsuz özellikleri en öne çıkan kokuların hasta gruba ait tişörtlerden geldiği belirlendi.

Tabii Olsson, Psychological Science adlı bilim dergisinde sonuçları yayımlanan bu deneyin çok küçük çaplı olduğunu kabul ediyor.

Ama yine de hasta insanların vücutlarının hem diğer insanları bulaşıcı hastalığa karşı uyarma hem de yardıma ihtiyacı olduğu sinyallerini vermek için belli kimyasal maddeler salgıladığına inanıyor.

Tişört deneyi

Londra’daki Hijyen ve Tropik hastalıklar Okulu’ndan (London School of Hygiene and Tropical Medicine) Val Curtis de kötü kokunun bir sebebi olduğunda hemfikir.

“Beyindeki tiksinme duyusunu yaratan sistem bizi, hastalığa yol açabilecek şeylerden uzak tutmak üzere evrilmiş,” diyor.

Mats Olsson açısından, yürüttüğü tişört deneyinin ilginç yanı, insanların hastalığın kokusunu çok keskinleşmeden önce, çok daha hafif rahatsızlıklarda bile alabildiğini görmek olmuş.

Kanser için erken teşhis çok önemli ama bizlere doktora gitmeyi düşündürecek belirtiler ortaya çıktığında hastalık genellikle çok ilerlemiş oluyor.

George Preti yumurtalık kanseri örneğini veriyor.

“Karabiber çekirdeğini düşünün bir de soğan büyüklüğünü. Hastalığın karabiber çekirdeği kadarken teşhis edilmesi gerekiyor ama genellikle soğan büyüklüğüne geldiğinde tanı konuyor” diyor.

Preti yumurtalık kanserinin kokusu sayesinde doktorların hastalığı çok küçükken fark edebilmesini umuyor.

Vücutlarımız günlük normal işleyişleri içinde çeşitli kimyasal maddeler salgılıyorlar.

Preti kanserli hücrelerin metabolizması, yani işleyişinin normal hücrelerden farklı olduğunu, dolayısıyla farklı bir kimyasal madde ve farklı bir koku salgıladığını söylüyor.

Bu insanın koklayarak fark edebileceğinden çok daha hafif bir koku olabilir ama çeşitli kanser türlerinin ya da başka hastalıkların kokularını tanımak üzere eğitilmiş köpekler pekala hastalığı erken teşhis edebilir. (İnsanların beş milyon köpeklerin 300 milyon koku reseptörü var.)

Kaynak ve yazının devamını okumak için tıklayın: https://www.bbc.com/turkce/articles/c8erzye8y8ro

Kendi kendilerini tedavi eden goriller yeni ilaçların ipucunu verebilir

Orta ve Batı Afrika'da 150 bin kadar Batı Afrika Düzlük Gorili kaldığı düşünülüyor
Orta ve Batı Afrika’da 150 bin kadar Batı Afrika Düzlük Gorili kaldığı düşünülüyor

Gorillerin kendilerini tedavi süreçlerini takip eden bilim insanları, farklı ilaçların keşifleri için umutlu konuşuyor.

Araştırmacılar, Gabon’da yabani olarak yaşayan gorillerin yediği tropikal bitkilerin en az dört tanesinin tıbbi etkileri olduğunu tespit etti.

Bu bitkiler aynı zamanda bölge yerlisi olan şifacı kişiler tarafından da kullanılıyor.

Yapılan laboratuvar çalışmaları, bu bitkilerin antioksidan ve antimikrobiyal bakımdan zengin olduğunu ortaya koydu. Aralarından biri ise süper bakteriler ile mücadele konusunda umut vadediyor. Büyük maymunların, bitkileri iyileştirici özellikleri üzerinden seçerek, kendilerini tedavi ettikleri biliniyor.

Bu yıl içinde gözaltından yara alan bir orangutanın bitki özünü kullanarak yarasını tedavi etmeye çalışması dünyada haber olmuştu.

Yapılan çalışmada araştırmacılar, Gabon’un Moukalaba-Doudou Milli Parkı’ndaki gorillerin yedikleri bitkileri kaydetti.

Bilim insanları yerli şifacı kişilerle de görüştü ve ilaç olma ihtimali yüksek dört ağaç belirledi.

Bunlar, Ceiba pentandra – fromager ağacı, Myrianthus arboreus – dev sarı dut , Milicia excelsa – Afrika tik ağacı ve Ficus – incir ağacıydı.

Bu dört bitkinin tamamı, en az bir çoklu ilaca karşı dirençli olan Koli Basili bakterisine karşı antibakteriyel etki gösterdi.

Araştırmacılar özellikle fromager ağacının test edilen tüm türlere karşı “dikkat çekici bir etki” gösterdiğini aktarıyor.

Kaynak ve yazının devamını okumak için tıklayın https://www.bbc.com/turkce/articles/c4gegeq43ddo

Kulak Memelerimiz Neden Var? Evrimsel Açıdan Mantıklı Değiller

Ne zaman sevdiğiniz bir melodiye ritim tutsanız veya arkadaşınızla sohbet etseniz, bunu mümkün kılan karmaşık bir sistem iş başında oluyor. Kulaklarınız biyolojinin birer harikası. İçlerinde bir sürü şey oluyorPopular Science‘a konuşan ve Avusturya’daki Konrad Lorenz Enstitüsünde çalışan evrimsel biyolog, biyolojik antropolog ve doktora sonrası araştırma görevlisi Anne Le Maître, “Çok karmaşık bir yapı” diyor.

Bu karmaşıklık, milyonlarca yıl boyunca daha iyi duymaya yönelik yoğun seçilim baskısının bir sonucu. Fakat kulağın bir kısmı hariç: Bu kısım ile loblar. Tüm ince ayarlanmış kısımlar arasında, bu parçalar pek akla yatkın durmuyor. İşte bilim insanlarının duyu organlarımızı nasıl anlamlandırdıkları…

Kulaklarımızın hikayesi

Kulaklar, dış dünyadaki sesi kafanızdan dışarı doğru çıkan kıkırdaklı yapılarla yakalar ve bunu bir kanaldan geçirerek zarsı bir davula iletir. Bu ses daha sonra bir dizi ufak orta kulak kemiğine ve kulak salyangozu adı verilen, salyangoz şeklindeki labirente gidiyor. Bu labirent, sinir sinyallerini ta beyninize kadar iletiyor. Le Maître memelilerin, sürüngenlerde ve kuşlarda olduğu gibi sadece bir tane yerine üç tane orta kulak kemiğiyle beraber özellikle karmaşık bir kulakları olduğunu belirtiyor. Üstelik, diğer omurgalılarda bulunmayan geniş dış kulak yapılarımız (kulak kepçesi) var. Peki nasıl böylesine girift kulaklarımız oldu? Evrim yoluyla tabii ki.

Le Maître, binlerce yıl boyunca pek de memeli olmayan atalarımızdaki çene kemiği parçalarının yer değiştirip ayrıldığını ve orta kulak kemiklerinden ikisinin yanısıra kulak zarını destekleyen kemiği de meydana getirdiğini açıklıyor. Çin ve başka yerlerde bulunan fosiller, bu evrimsel sürecin günümüzdeki memelilerin evrimsel öncülleri olan ve uzun süre önce yok olmuş mammaliaforme’lerde Kretase dönemi boyunca gerçekleşen başlangıç ve bitişlerini gösteriyor. “[Farklı tür ve fosiller arasındaki] farklı ara formları görüyorsunuz… Fakat memeli formuna doğru bir gidişat var” diyor Le Maître. Bu özel, ses ileten kemikler ve benzersiz, ekstra uzun, sarmal halindeki kulak salyangozuyla birlikte memelilerin, diğer çoğu omurgalıdan daha geniş bir frekans aralığını duyabildiğini ekliyor bilim insanı.

Bahamalar’daki Western Atlantic Üniversitesi Tıp Fakültesinde yardımcı anatomik profesörü olarak çalışan Mark Coleman, belirgin kıkırdak ve deri kıvrımları olan dış kulaklarımızın da memelilere özgü olduğunu ve sesleri artırıp biz ve akrabalarımızın seslerin yerini bulmamızı sağlayarak ilave bir yardımcı rol oynadığını söylüyor. Primat ve memelilerdeki işitsel sistem üzerinde çalışan Coleman, farklı hayvanların kulaklarının akort şeklini ve bunun yapıyla olan ilgisini karşılaştırıyor.

“Evrimleşmiş her özellik uyumsal değil.”

Çeşitli türlerin, farklı ses tiplerini yakalamak üzere özelleşmiş kulakları olduğunu söylüyor. Örneğin kanguru farelerinin, boyutları için özellikle düşük frekanslı olan sesleri tespit etmelerini ve çıngıraklı yılanlar gibi yırtıcılardan kaçınmalarını sağlayan çok büyük orta kulakları var. İnsan kulakları şempanzelerinkine benziyor fakat aradaki ufak farklılıklar, şempanzelerin işitsel sisteminin yüksek ve düşük frekansları en iyi şekilde yakaladığı anlamına geliyor. Coleman, insanların işitme duyusunun ise orta aralıktaki frekanslara (yaklaşık 1.000 ve 4.000 Hertz arasında) karşı en hassas olduğunu söylüyor.

Ayrıca Le Maître, benzer yaşam alanları olan hayvanların sık sık aynı tür kulaklara sahip olduğunu söylüyor. Yer altında yaşayan türler, sucul memelilerde olduğu gibi ne kadar yakın akraba olurlarsa olsunlar, genelde birbirlerine önemli ölçüde benzer görünen orta kulaklara sahipler. “Memeliler genelinde yakınsak adaptasyon var” diyor bilim insanı.

Kulak kepçemizdeki yükseltiler bile özel olarak evrimleşmiş bir amaca sahip. Kulak topografimizdeki yükseltiler ve çukurlar, sesleri çok daha hassas şekilde filtreleyip saptıyor. Yarasalar ve makiler gibi gece vakti avlanan canlıların, böcekleri karanlıkta yakalamalarını sağlayan ve özellikle engebeli olan dış kulakları olduğunu belirtiyor Coleman. İnsan kulakları nispeten basit olsa da dış kulaklarımız değiştiğinde beyinlerimizin hâlâ uyum sağlaması ve bir sesin kaynağını nasıl belirleyeceğini yeniden öğrenmesi gerekiyor.

Tüm bunlar bizi gizemli bir şeye götürüyor.

Kaynak ve yazının devamını okumak için tıklayın: https://popsci.com.tr/kulak-memelerimiz-neden-var-evrimsel-acidan-mantikli-degiller/

Erken menopoz gerçekten korkunç bir şey mi?

Kadın üreme organlarını gösteren bir ilüstrasyon

Farklı ülkelerde değişiklik göstermekle birlikte, bir kadının adet döngüsünün 40-45 yaşlarından önce sona ermesi erken menopoz olarak tanımlanıyor.

Peki bir kadının yumurtalarının ortalamadan daha erken bir yaşta bitmesi bu kadınlara neler hissettiriyor, süreç nasıl geçiyor?

Erken menopoz deneyimiyle ilgili bir kitap da yazmakta olan Pınar Mavi, yaşadıklarını BBC Türkçe için kaleme aldı:

Neyi yanlış yaptım?

Ben anne olma umudumu ilk olarak jinekoloğumun bekleme salonundan odasına yürüdüğüm dokuz adımda kaybettim. Adım sayımı biliyorum çünkü adımlarımı saymazsam donup kalacağımı biliyordum.

Test sonuçlarımı masaya bıraktığımda doktorumun yüzünden bir üzüntü dalgası geçti.

Ancak yine de sakin ve yumuşak ses tonuyla cümleler kurdu, ben yalnızca birkaçını duyabildim.

“Menopoz, sebebini bilmiyoruz, genetik, travma, ağır metal. Üzgünüm, keşke…”

Derin bir nefes aldıktan sonra kafamda tek bir soruda birleşen tüm seslerin bağırdığı cümleyi söyledim: “Neyi yanlış yaptım?”

Aylardır yanımda biri varken durdurmayı başardığım gözyaşları bu sefer otoriteme karşı gelerek aktılar.

Dişiliğimi mi kaybettim?

Doğumdan sonra ilk duyacağım o sihirli koku bir anda uçup gitti, yeğenlerimle Ege kumsallarında kumdan kale yapacak çocuklarımın görüntüsü, annemle beraber doğumdan önce kıyafet alışverişine çıkacağımız an, babamın koca elleriyle ilk mama yedireceği anla beraber havaya karıştı.

Ablama yeğenini ilk kucağına aldığında artık sen de anne yarısısın cümlesini asla söyleyemeyecek olmak canımı o kadar yaktı ki nefes alamadım.

Kendimi sokaklara bırakırken, ilk kez bir sonraki adımımın ne olacağına dair hiçbir fikrim yoktu. Hayatta hiçbir şey kontrolümde değildi.

Hayat beni pas geçip kendi yoluna gitmişti, artık öteki olmuştum. Asla normal olamayacaktım.

Yalnız anne olma ihtimalimi değil, aynı zamanda artık kadınlığın neresinde durduğumu bilmeden 32 yaşımda dişiliğimi de kaybetmiştim.

Nereye gittiğimi umursamadan yere bakarak, donuk gözlerle yürürken, çok uzun sürecek yas döneminin başında olduğumu bilmiyordum.

Doğacağı hayalini kurduğum çocuklarımın mı, yoksa kadınlığımın mı yasını tuttuğumu da uzun süre anlayamayacaktım.

Her şey çok hızlı oldu

Her şey o kadar hızlı olmuştu ki, iki ay regl olmayınca, strestendir diye düşünüp yine de emin olmak için kan testi yaptırmış, sonuçların ‘Post-meno’ referans aralığında olduğunu görünce inanamıştım.

Post-meno’nun menopoz sonrası anlamında olmasına imkan olamazdı, kesin yanlış anlamıştım. Ancak internette açtığım her sayfa aşağı yukarı aynı kelimelerle açıklıyordu.

Belki de menopozun annemin arkadaşlarıyla 50’li yaşlardan sonra espri konusu yaptıkları, çok da ilgimi çekmeyen, vakti gelince düşünürüm dediğim reglinin bitmesinden farklı bir anlamı vardı?

Daha 32 yaşımda yumurtalıklarım hormon musluklarını bir daha açmamacasına kapatmış olamazdı değil mi?

Daha birkaç ay önce kontrole gittiğimde jinekoloğum yumurtalıklarımın çok sağlıklı göründüğünü ve çocuk için zamanlamanın çok uygun olduğunu söylemişti.

Kesin bir hata vardı.

Prematür menopoz 40 yaşın altındaki kadınların yüzde birinde görülüyor

Sonraki haftalarda sonuçlara farklı bir açıklama umuduyla bulduğum her internet sitesini, her kaynağı okudum ancak bir kez menopoza girince bir daha geri dönüş olmadığını ve 40 yaştan önce menopoza prematür menopoz, 45 yaş öncesi menopoza ise erken menopoz dendiğini öğrendim.

Prematür menopoz kadınların yüzde 1’inde görülürken, 35 yaş altında yüzde 1’den de düşük olmalıydı diye düşünerek 1-2 kan testi daha yaptırdım.

Sonuçta menopoza yol açabilecek hiçbir hastalığım da yoktu.

Neredeyse aynı sonucu aldığım testlerle gittiğim jinekoloğum hormon tedavisi ve sonrasında yumurta sayısını ölçen AMH testi sonuçlarını görmeden teşhis koymanın yanlış olduğunu söylediğinde içimdeki umut daha da büyüdü.

Ta ki AMH test sonucunun da diğer sonuçlarını desteklediğini gördüğüm bekleme salonundan doktorun odasına attığım dokuz adıma kadar.

Artık kaçacak hiçbir köşe kalmamıştı.

‘Sen de artık bir çocuk yapıver’

Kafam o kadar karışıktı ki vicdan azabı, utanç, yalnızlık, dışlanma, ötekileşme, derin üzüntü, eksik kalmışlık, kayıp hislerinin arasında gidip gelirken, dışarıya yalnız güler yüzümü gösterebildim.

Bana sağlıklı ve mutlu yaşamak istiyorsam hemen hormon terapisine başlamam gerektiğini buyuran doktorlara, artık yaşın gelmiş çocuk yap diyen taksi şoförlerine, komşu teyzelere, rastgele yanlarına oturduğum insanların o hiç kendini tekrar etmekten sıkılmadıkları “Kaç çocuğun var?” sorusuna hep kaçamak şakalar ya da yalandan gülümsemelerle cevap verdim.

Hayatın bana karşı adaletsizliğine öfkelendim, içimi acıtan, insanların günaydın der gibi kendilerinde hak görerek “E sen de artık bir çocuk yapıver” sözlerine dürüstçe cevap vermekten yıllarca kaçtım.

Ne kendi hüznümle, ne de içimdeki kırıkla yüzleşemedim. Yüzleşmeye nereden başlayacağımı bilemedim.

Onun yerine bambaşka çözümlere odaklandım. Evlat edinme girişimleri, yumurta nakli operasyonu, mucizevi yumurtalık uyandırma operasyonu…

Hamilelik testi tutan bir kadın
Erken menopoz çocuk sahibi olma ihtimalini de etkiliyor

Ama birgün hepsinden yorgun düştüm. Sanki neden koştuğumu bilmeden dünyanın en uzun maratonuna katılmış, zaten yorgun olan ruhumu iyice itip kakmıştım.

Bu maraton aslında menopoza girdikten sonra başlamamıştı, kız çocuk olarak doğduğum gün anne olmaya da programlanmaya başlamıştım.

Çocukken kaç kişi “Büyünce kızın mı, oğlun mu olsun?” diye sormuştu, daha yumurtayı bir tek tavuktan gelir zannedecek kadar küçükken, “Yere çıplak ayak basma yumurtalıklarını üşütürsün, çocuğun olmaz” lafını acaba kaç kere duymuştum.

“Anne olunca anlarsın” demişlerdi, “Ancak o zaman kendinden çok başkasını düşünmeyi öğrenirsin”… Cennet bile annelerin ayağı altındaydı!

Felaket tellallığı

Maratona otomatik olarak girmiştim ancak beklemediğim menopozla beraber denediğim her yöntemden de başarısızlıkla çıktıktan sonra artık annelikten diskalifiye olmuştum.

Anne olmadan aile de kuramazdım ya, tanıma tersti, demek ki bütün olamadan, birey olarak ölecektim. Hem de kadınlığın “en kötü hastalığına” bir de erken kapılmış olduğumdan kesinlikle acı içinde…

Menopozla ilgili yazılıp çizilen her şey de bu görüşü destekliyordu:

“Kadınların kaçınılmaz Kabusu Menopoz”, “Yaşlandırır, şişmanlatır, cinsel isteği köreltir, vücudun şeklini bozar, göbek etrafında yağ biriktirir, kas ve kemikleri eritir, kemik kırıklarından ölüme sebep olur, sinirleri allak bullak eder, yüze ateş bastırır, toplum içinde utandırır, geceleri terletmekten uyku falan bırakmaz, gençliği alır götürür, unutkanlık yapar, içe kapandırır, kolay sinirlendirir, vajinayı sarktırır, deriyi inceltir, kırışıkları artırır, hormon kullanılırsa kanser yapma riski vardır, ama kullanılmazsa da kanser riski vardır…” ve daha nice olumsuz, korkutucu önerme.

Tek bir ağızdan yazılmış gibi “bilgi” adı altında felaket tellallığı yapan sitelerde tekrar tekrar aynı önermeleri okuduktan sonra içimden tek bir cümle yükseldi: “Öyle kadınlık olmaz olsun.”

kaynak ve yazının devamını okumak için tıklayın https://www.bbc.com/turkce/articles/c93542evg82o