Protein fonksiyon araştırmaları, hücrelerde meydana gelen karmaşık biyolojik süreçlerin anlaşılmasına yardımcı olur. Ancak, protein yapı ve fonksiyonlarının karmaşık yapısı ve protein dizi verilerinin hızla artması, doğru protein açıklamaları için verimli hesaplama yöntemleri geliştirme konusunda acil bir zorluk oluşturmaktadır.