Escherichia coli gibi model mikroplar bilim adamlarının dikkatini çekerek bilinen bakterilerin çoğunu kendilerine adanmış birkaç yayınla bırakır.
Ann Arbor’daki Michigan Üniversitesi’nde mikrobiyal sistem biyoloğu olan Paul Jensen, büyük dil modelleri gibi yapay zeka (AI) araçlarının farklı mikroorganizmalar üzerindeki araştırmaları sentezleyip sentezleyemeyeceğini görmek istedi. Bu yüzden laboratuvarının üzerinde çalıştığı bir bakteri türüyle ilgili tüm makaleleri buldu – Streptococcus sobrinus adı verilen diş çürümesine neden olan bir organizma – ancak hepsini zaten okuduğunu keşfetti, toplamda birkaç düzine.
Birçok mikrobiyolog benzer bir konumda veya daha kötü bir konumda olacaktır. Geçen hafta ön baskı sunucusu bioRxiv1’de yayınlanan bir çalışmada Jensen, tüm yayınların yarısını yalnızca 10 bakteri türünü oluşturduğunu, oysa adlandırılmış tüm bakterilerin yaklaşık dörtte üçünün kendilerine ayrılmış tek bir makaleye sahip olmadığını buldu.
Jensen, “Az sayıda tür hakkında çok şey öğrendik,” diyor. Ancak “birçok bakteri için, bir dil modeli için, bir yapay zekanın okuyacağı hiçbir şey yoktur”. Araştırmacılar, insan – ve Dünya’nın – sağlığı için önemli olan mikropların özellikle yeterince çalışılmadığını söylüyor.
Model mikrop
Diğer yaşam bilimcileri gibi, mikrobiyologlar da Escherichia coli gibi iyi davranan laboratuvar sevgililerinden elde edilen içgörülerin diğer organizmalarla ilgili olacağı umuduyla model organizmaları inceler.
Çoğu durumda bunlar: moleküler biyolojinin temelleri E. coli’deki deneylerden inşa edilmiştir. Ancak bilim insanları, sıraladıkları her cilt sürüntü, kaka veya toprak örneği ile mikrobiyal yaşam kataloğunu genişlettikçe, yeni ve sıra dışı içgörüleri ortaya çıkarma şansı artar.
Mikrobiyolojinin az sayıda model organizmaya karşı önyargısını ölçmek için Jensen, 43.409 benzersiz bakteri türünden oluşan bir veritabanına danıştı ve ABD hükümeti tarafından yönetilen bir biyomedikal literatür deposu olan PubMed tarafından indekslenen ve her türden başlıkta veya özette bahseden makale sayısını saydı.
Şaşırtıcı olmayan bir şekilde, E. coli, toplamın %21’i olan 312.000’den fazla yayınla zirveye çıktı. İlk 10’un geri kalanı esas olarak fırsatçı bir enfeksiyon olan Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis ve ülserlere ve hatta kansere neden olabilen bir mide mikrobu olan Helicobacter pylori gibi insan patojenlerinden oluşuyordu (bkz. “En çok çalışılan bakteriler”).
Ancak bakteri türlerinin %74’ü herhangi bir endeksli makalenin başlığında veya özetinde belirtilmemiştir (“Göz ardı edilen mikroplar”). Ve bilinen ve çalışılan bakteriler arasındaki boşluk, kısmen mikropları toplu olarak sıralayan mikrobiyom çalışmaları nedeniyle son 25 yılda daha da büyüdü.
Az çalışılmış organizmalar
İtalya’daki Trento Üniversitesi’nde mikrobiyom bilimcisi olan Nicola Segata, çalışmanın sonuçlarından dehşete düştü – ancak şaşırmadı. Bir veya iki istisna dışında, sağlıklı insan mikrobiyomlarında bol miktarda bulunan mikroplar, en iyi çalışılan 50 bakteri listesini kırmaz. Ve Segata ve diğerlerinin bulduğu insan sağlığı için önemli olan birçok organizma, incelenmek bir yana, isimlendirilmemiştir. “Bu türlerin hak ettikleri seviyede çalışılmadan önce hala uzun bir yolu var” diye ekliyor.
Austin’deki Teksas Üniversitesi’nde mikrobiyal ekolojist olan Brett Baker, okyanuslar ve toprak gibi çeşitli ekosistemlerde bulunan mikropların da göze çarpan bir şekilde az çalışıldığını belirtiyor. “Doğadaki baskın organizmaların hiçbiri bu listede yok,” diyor. “Bu bir sorun.”
Kaynak ve devamına Buradan ulaşabilirsiniz.