Pathoplexus, Ebola suşları ve diğer iki riskli virüs için dizilerle başlıyor.

COVID-19 salgını sırasında araştırmacılar, SARS-CoV-2 dizilerini paylaşmak için kullanılan ana veri tabanı ve onun denetleyicisi, resmi bir bilimsel eğitimi olmayan ve inişli çıkışlı bir geçmişi olan, kontrolcü ve gizli bir iş adamı hakkında keskin şikayetlerde bulundular. Şimdi, küçük bir bilim insanları grubu, patojenleri dizileyen ve genomlarını analiz eden araştırmacılar tarafından çalıştırılacağını söyledikleri dünyanın en tehlikeli virüslerinden bazıları için açık kaynaklı bir veri tabanı başlattı.

Pathoplexus adı verilen ve bu hafta başlatılan veritabanı ilk olarak Ebola virüsünün Sudan ve Zaire suşlarına, ayrıca Kırım-Kongo hemorajik ateşi virüsüne ve Batı Nil virüsüne odaklanacak. Benzer veritabanları gibi, toplumların salgınları büyümeden önce rayından çıkarmasına yardımcı olmayı ve bu başarısız olursa salgınlara ve pandemilere daha iyi yanıt vermeyi umuyor. Pathoplexus’un kurucu ortağı ve All for Health Institute’ta hesaplamalı biyolog olan Anderson Fernandes de Brito, “Şeffaflık yoluyla güven oluşturmanın, veri paylaşımına daha geniş katılımı teşvik etmek için elzem olduğuna inanıyoruz” diyor.

Ancak Pathoplexus, diğer şekillerde farklılaşmayı hedefliyor; özellikle de COVID-19, influenza, mpox, pnömoni, chikungunya, dang humması ve Zika’ya neden olan virüslerin dizilerinin merkezi bir deposu haline gelen Küresel Tüm Grip Verilerini Paylaşma Girişimi (GISAID) veritabanıyla karşılaştırıldığında. GISAID, mali kaynaklarını ve yönetimini gizlediği için sert bir şekilde eleştirildi ve birkaç bilim insanı, kurucusu, eski iş adamı Peter Bogner ve temsilcilerinin veritabanını nasıl kullandıkları ve hatta anlaşmazlıklar sırasında erişimi nasıl kestikleri konusunda onları azarlamalarından şikayet etti.

Pathoplexus, beş kıtadan dizileme bilim insanlarından oluşan bir yönetim kurulu tarafından yönetilecek. Projenin bir diğer kurucu ortağı olan İsviçre Tropikal ve Halk Sağlığı Enstitüsü moleküler biyoloğu Emma Hodcroft, “Yönetimimiz, Pathoplexus değerleri olarak adlandırdığımız ve herhangi bir tek kişiden daha uzun süre yaşaması gereken şeylerin merkezine koymaya çalıştığımız şey tarafından yönlendiriliyor” diyor. Bu değerler, patojen dizi verisi üreten kişilerin çalışmalarının tanınmasını ve teşhis, tedavi ve aşı gibi faydalardan pay almasını sağlamayı içeriyor. Bu konular, Dünya Sağlık Örgütü üye devletlerinin Haziran ayında bir pandemi anlaşması üzerinde anlaşmaya varma girişiminde kilit bir sorun noktası olduğu kanıtlandı.

GISAID’in aksine Pathoplexus, virüs dizilerini depolayan bilim insanlarının verilerini tamamen açık hale getirip getirmeme veya kullanımını kısıtlama şartlarını belirlemelerine izin verecek. Ancak GISAID’in aksine yeni veritabanı, aldığı tüm kısıtlanmamış verileri, viral dizilerin analizlerini yayınlayan birçok derginin gerektirdiği gibi, dünyanın üç ana hükümet tarafından finanse edilen genom veritabanıyla (GenBank, EMBL-EBI ve Japonya Veritabanı) paylaşmayı planlıyor. Ayrıca, gönderenlerin verilerine erişimi kısıtlayabilecekleri zamanı da sınırlayacak, böylece yayınlarda öne çıkmayacaklar. GISAID bunu yapma sözünü hiçbir zaman yerine getirmedi.

“GISAID bu sorunları ele almak ve gönderenleri korumak için kuruldu, ancak son birkaç yıldır toplum güveninde büyük bir bozulma yaşandı,” diyor Pathoplexus’un yaratılmasında yer almayan ve bunun hızla benimsenip yaygınlaşmasını umut eden Sydney Üniversitesi’nden evrimsel biyolog Edward Holmes. “Bu yüzden, bir alternatife açıkça ihtiyaç var.”

Pathoplexus şu anda GISAID’in yaklaşık 18 milyon dizisine kıyasla 15.000’den az dizi barındırıyor. Araştırmacılar, bilim insanlarının sunduğu dizi sayısı arttıkça ve bu verileri açıkça paylaşmaları ne kadar hızlı olursa Pathoplexus’un o kadar değerli olacağını söylüyor. Ebola ve Kırım-Kongo hemorajik ateşi virüslerini inceleyen Mount Sinai’deki Icahn Tıp Fakültesi’nden virolog Gustavo Palacios, “Tüm sorunları çözebileceğinden emin değilim, ancak doğru yönde bir girişim” diyor.

Science Insider, Hodcroft ile bu hafif düzenlenmiş röportajda konuştu.

S: Bunu neden yapıyorsunuz?

A:  Pathoplexus’un arkasındaki fikir, insanların patojen veri paylaşımını teşvik etmelerine yardımcı olmak için başka bir seçenek yaratmaya çalışmaktır. Bazen insanlar gerçekten henüz paylaşmaya hazır hissetmezler, ancak veri yüklemek isterler. Ancak bu çok karmaşıktı, bu nedenle bu verileri çevrimiçi olarak nasıl elde edeceklerini anlamak için zamanları ve kaynakları yoktu. Belki de en büyük şey, yükleme çıtasını gerçekten düşürmeye çalışmamızdır.

S: GISAID’in yönetişim sorunlarının bununla bir ilgisi var mı?

A:  Dünya çapındaki bilim insanlarının ortak çabalarıyla oluşturulmuş milyonlarca diziniz olduğunda, yönetim ve şeffaflıktan memnun olduğumuzdan emin olmak gerçekten önemlidir. Topluluktaki insanlarla, sıfırdan bir veritabanı tasarlayabilselerdi ne isteyeceklerini düşündükleri konusunda konuşmaya çalıştık.

S: Pathoplexus nasıl farklılık gösterir?

A:  Kararların nasıl alındığını, alınmadan önce açıklığa kavuşturmak istiyoruz. İtiraz edebilir misiniz? Açıklama isteyebilir misiniz? Toplantılarımızın özetlerini herkese açık hale getiriyoruz, böylece insanlar neye karar verdiğimizi bilsin ve bize geri bildirimde bulunabilsin. Umuyoruz ki, yönetim kurulunda kim olursa olsun ve üyeler kim olursa olsun, topluluğa hizmet etmek için orada bulunan güvenilir, açık kaynaklı bir veritabanı olur.

S: Yani Peter Bogner diye biri yok.

A:  Pathoplexus’un günlük işleyişi, üyeler tarafından seçilen ve hesap verebilir tutulan beş kişilik bir yönetim kuruludur. Sorumlu olan tek bir kişi yoktur.

S: Finansmanınız nereden geliyor?

A:  Genel olarak, bu gerçekten büyük bir gönüllü çabasıydı. Şu anda aktif olarak fon arıyoruz. Bunu gökkuşağı ve tek boynuzlu atlar üzerine inşa etmek harika, ancak sonsuza kadar bu şekilde devam edemeyiz.

S: Neden bu dört virüsü seçtiniz?

A:  Şu anda iyi bir paylaşım çözümü olmayan halk sağlığı endişesi patojenlerine odaklanmaya karar verdik. Ayrıca bu topluluklarla bağlantılarımız da vardı. Daha sonra neyin eklenmesinin yararlı olabileceği konusunda görüşmelerde bulunuyoruz.

S: Pathoplexus patojen dizilerine erişim ve bunları paylaşmanın faydalarıyla ilgili sorunları azaltacak mı?

A:  Bu, dünyanın en büyük beyinlerinin son birkaç aydır üzerinde çalıştığı ve çözemediği bir şey, peki biz, küçük bir veri tabanı olarak, cevabı bulacak olanlar mı olacağız? Bence dürüst olmak gerekirse cevap hayır. Ancak bir çözüm olduğunda çözümün bir parçası olmak istiyoruz.

S: Güven nasıl inşa edilir?

A:  Küresel Kuzey ve Küresel Güney’deki gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde veri paylaşımı ve veri kullanımı arasında sürtüşme var ve biz bunu görmezden gelmek istemedik. Bu yüzden bunu geliştirirken çeşitli girdiler aldık ve sonra gerçekten çeşitli bir kurulumuz var. Kurulda gerçekten prestijli, büyük isimli bilim insanlarının olması ne kadar harika olsa da, kariyerlerinde genellikle oturup artık veri madenciliği yapmadıkları bir noktada oluyorlar. Ve şimdi topluluğa onlardan gerçekten haber almak istediğimizi ve bunun sadece güzel, birinci gün resminden daha fazlası olduğunu göstermemiz gerektiğini düşünüyorum.

Kaynak ve devamına Buradan ulaşabilirsin.