Yorumlar: Elmi Spektr Öğretmenlik Programı 2021, staj raporu
Konular: Genomik (q-bio.GN)
Tek hücre analizi, “omik” çalışmalarında giderek daha da önemli bir yaklaşım haline geliyor. Son on yılda, kanser biyolojisi, sinir bilimi ve özellikle gelişim biyolojisi dahil olmak üzere çeşitli alanlara uygulandı. Bu popülerlik artışına, modern yazılımların yaratılması, yeni hatların geliştirilmesi ve yeni algoritmaların tasarlanması eşlik etti. Birçok yerleşik algoritma da farklı etkinlik seviyelerinde uygulandı. Şu anda, genel iş akışının tüm adımları için bol miktarda algoritma bulunmaktadır. Bazı bilim insanları hazır hatları kullanırken (Seurat gibi), daha fazla esneklik sağladığı için manuel analiz de popülerdir. Kendi analizlerini gerçekleştiren bilim insanları, algoritma seçimi söz konusu olduğunda birden fazla seçenekle karşı karşıyadır. En yaygın kullanılan algoritmalardan bazılarını test etmek için iki farklı veri kümesi kullandık. Bu makalede, aralarındaki temel farkları bildireceğiz, her adım için asgari sayıda algoritma önereceğiz ve önerilerimizi açıklayacağız. Belirli aşamalarda, daha fazla bağlam olmadan net bir seçim yapmak imkansızdır.
Kaynak ve bilgilendirme notunun devamını okumak için linke tıklayın: https://arxiv.org/list/q-bio.GN/new