Accession number (GenBank): Bir dizi GenBank’a kaydedildiği zaman bu kayıt için
verilen ve kayda özel kimlik numarasıdır. Bir büyük harf ve ardından gelen 5 rakam veya 2
büyük harf ve 6 rakamdan oluşur. Girilen dizi ile ilgili bilgilerin güncellenmesi durumunda
dahi hiçbir şekilde değiştirilmez.

Accession number (RefSeq): Bütün bir RefSeq dizisine atanmış kimlik numaralarıdır.
Sırasıyla iki büyük harf, bir alt çizgi (_) ve 6 rakamdan oluşur (ör: NT_123456). İlk iki rakam
dizi tipini gösterir:

• NT_123456 birleştirilmiş genomik kontigler
• NM_123456 mRNA’lar (mRNA’dan oluşturulmuş cDNA’lar)
• NP_123456 proteinler
• NC_123456 kromozomlar

Bit score: Kullanılan skorlama sisteminin istatistiksel özelliklerinin hesaba katılmasıyla ham
karşılaştırma skoru S’ten türetilmiş S değeridir. Skorlama sistemine göre normalize edilmiş
değerler olduklarından farklı karşılaştırmalar arasında ilişki kurmak için kullanılabilirler.BLAST (Basic Local

Alignment Search Tool): Aynı ya da farklı organizmalar arasında
nükleotid ya da protein dizisi karşılaştırılması ve benzer bölgelerin araştırılması için
kullanılan yüksek hızda bir bilgisayar programıdır.

Blosum (block substitution matrix): Proteinlerin karşılaştırılması ile elde edilen blokların
değişim frekansının gözlemlesinden türetilmiş değerlerden oluşan bir değişim matrisidir. Her
matris özel bir evrimsel uzaklığa uyarlanır.

CDS: Bir nükleotid dizisinin kodonları oluşturan bölgesi ya da kodlayan dizi.

Conserved sequence (korunmuş dizi): Bir DNA moleklünde (bir proteindeki aminoasi dizisinde) evrim sürecinde değişmeden kalmış olan baz dizisi.

Contig: Bir kromozomun üst üste çakışma gösteren, klonlanmış farklı DNA parçaları grubu.

Domain: Bir proteinin bağımsız olarak katlanabildiği ve çalışabildiği kabul edilen parçası.

E value (expectation value): Beklenti değeri. Veritabanı taramasında şans eseri çıkması beklenen, S değerine denk ya da daha büyük skorlara sahip benzer dizilerin sayısı. Düşük E değeri büyük skora işaret eder.

EST (expressed sequence tag): Bir cDNA molekülünün, bir genin kimliği olarak kullanılabilecek kısa bir parçası. Genlerin konumlanmasında ve haritalanmasında kullanılır.

Homologue: Dizisi büyük oranda başka bir gene benzeyen gen. Bu genlerin ortak bir ataya
sahip olduğu ve benzer fonkiyonlar taşıdığı düşünülür.

Motif: Protein dizisi içinde kısa, korunmuş bir bölge. Motifler genellikle domainlerin yüksek
derecede korunmuş bölgeleridir.

Orthologous: Ortak bir atadan geldikleri düşünülen, benzer bir fonksiyonu olabilen, farklı
türlere ait homolog dizilerdir.

Paralogous: Aynı tür içinde, gen duplikasyonu sonucu oluşmuş homolog diziler.

Query: Veritabanındaki tüm dizilerin karşılaştırılacağı giriş dizisidir.

Kaynak: Kaya ve ark. ‘t.y.’